[日本語] English
万見
- PDB-7d5d: Left-handed G-quadruplex containing one bulge -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d5d
タイトルLeft-handed G-quadruplex containing one bulge
要素1xBulge-LHG4motif
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / Left-handed (利き手) / G-quadruplex (グアニン四重鎖) / Bulge / Z-G4
機能・相同性: / スペルミン / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者Das, P. / Ngo, K.H. / Winnerdy, F.R. / Maity, A. / Bakalar, B. / Mechulam, Y. / Schmitt, E. / Phan, A.T.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-NRFI2017-09 シンガポール
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Bulges in left-handed G-quadruplexes.
著者: Das, P. / Ngo, K.H. / Winnerdy, F.R. / Maity, A. / Bakalar, B. / Mechulam, Y. / Schmitt, E. / Phan, A.T.
履歴
登録2020年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 1xBulge-LHG4motif
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0906
ポリマ－8,5681
非ポリマー5225
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area4250 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)29.215, 40.037, 30.376
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.870, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: DNA鎖 1xBulge-LHG4motif


分子量: 8568.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.07 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.04 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.0, 55% v/v -2-methyl-2,4-pentanediol and 0.012 M spermine tetrahydrochloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→27.33 Å / Num. obs: 20747 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 8.52 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.182→1.224 Å / Rmerge(I) obs: 0.938 / Num. unique obs: 2060 / CC1/2: 0.5 / Rpim(I) all: 0.415 / Rrim(I) all: 1.028

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U5M

4u5m


解像度: 1.18→27.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 1.724 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1679 921 4.4 %RANDOM
Rwork0.1191 ---
obs0.1212 19779 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.28 Å2 / Biso mean: 14.786 Å2 / Biso min: 5.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20.3 Å2
2---0.58 Å2-0 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.18→27.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 569 59 158 786
Biso mean--21.13 33.27 -
残基数----27
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.011690
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.02413
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9791.2351038
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.0813976
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0410.02332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02116
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.18131103
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free34.543593
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.32551106
LS精密化 シェル解像度: 1.182→1.212 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 72 -
Rwork0.18 1468 -
all-1540 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る