ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.8.0158精密化 | HKL-2000 | | データスケーリング | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | HKL-3000 | | データ削減 | REFMAC | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法 : 分子置換 開始モデル: 5IL2 解像度: 3.01→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 23.18 / SU ML: 0.401 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.552 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.3001 | 515 | 4.5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.2404 | - | - | - |
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obs | 0.2431 | 10914 | 64.96 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 233.08 Å2 / Biso mean: 92.298 Å2 / Biso min: 11.19 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -3.38 Å2 | -0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -2.59 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 5.97 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.01→30 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2865 | 0 | 74 | 19 | 2958 |
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Biso mean | - | - | 139.2 | 40.35 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 347 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.011 | 0.019 | 3039 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.002 | 0.02 | 2739 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.595 | 1.982 | 4125 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg1.019 | 3 | 6353 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg9.049 | 5 | 344 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg37.842 | 23.649 | 148 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg20.277 | 15 | 502 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg15.672 | 15 | 17 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.082 | 0.2 | 436 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.006 | 0.021 | 3284 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.002 | 0.02 | 669 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.01→3.083 Å / Rfactor Rfree error: 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.349 | 12 | - |
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Rwork | 0.347 | 178 | - |
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obs | - | - | 14.84 % |
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