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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7csp | ||||||
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タイトル | Structure of Ephexin4 IDPSH | ||||||
要素 | Rho guanine nucleotide exchange factor 16 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Ephexin4 / GEF / Autoinhibition | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CDC42 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / RHOG GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / activation of GTPase activity / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cell chemotaxis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / PDZ domain binding / receptor tyrosine kinase binding ...CDC42 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / RHOG GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / activation of GTPase activity / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cell chemotaxis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / PDZ domain binding / receptor tyrosine kinase binding / small GTPase binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, M. / Lin, L. / Wang, C. / Zhu, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021 タイトル: Double inhibition and activation mechanisms of Ephexin family RhoGEFs. 著者: Zhang, M. / Lin, L. / Wang, C. / Zhu, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7csp.cif.gz | 193.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7csp.ent.gz | 153.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7csp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7csp_validation.pdf.gz | 442 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7csp_full_validation.pdf.gz | 451.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7csp_validation.xml.gz | 31.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7csp_validation.cif.gz | 42.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/7csp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/7csp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57456.906 Da / 分子数: 2 / 変異: 242-252 deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arhgef16 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3U5C8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.47 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.8 M Sodium acetate, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月13日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→46.83 Å / Num. obs: 59938 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.688 % / Biso Wilson estimate: 80.826 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.104 / Χ2: 0.867 / Net I/σ(I): 10.35 / Num. measured all: 221044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7CSO 解像度: 3→46.83 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.87 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 204.02 Å2 / Biso mean: 88.2665 Å2 / Biso min: 36.69 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→46.83 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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