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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cqv | |||||||||
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タイトル | Complex of TRP_CBS1 and Calmodulin_Nlobe | |||||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / Calmodulin (カルモジュリン) / TRP channel (TRPチャネル) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rhabdomere microvillus membrane / : / Ion homeostasis / TRPチャネル / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / detection of light stimulus involved in sensory perception / inaD signaling complex / light-activated monoatomic ion channel activity / cellular response to anoxia / rhabdomere ...rhabdomere microvillus membrane / : / Ion homeostasis / TRPチャネル / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / detection of light stimulus involved in sensory perception / inaD signaling complex / light-activated monoatomic ion channel activity / cellular response to anoxia / rhabdomere / detection of light stimulus involved in visual perception / store-operated calcium channel activity / cation channel complex / olfactory learning / phototransduction, visible light / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / retina homeostasis / inorganic cation transmembrane transport / response to light stimulus / phototransduction / regulation of cytosolic calcium ion concentration / mitochondrion organization / calcium-mediated signaling / calcium ion transmembrane transport / sensory perception of sound / calcium channel activity / protein localization / calcium ion transport / sensory perception of smell / calmodulin binding / protein heterodimerization activity / calcium ion binding / protein homodimerization activity / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å | |||||||||
データ登録者 | Shen, Z.S. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Calmodulin binds to Drosophila TRP with an unexpected mode. 著者: Chen, W. / Shen, Z. / Asteriti, S. / Chen, Z. / Ye, F. / Sun, Z. / Wan, J. / Montell, C. / Hardie, R.C. / Liu, W. / Zhang, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cqv.cif.gz | 55.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cqv.ent.gz | 37.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cqv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/7cqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/7cqv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8868.894 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Cam-RB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6SUZ2 #2: タンパク質 | | 分子量: 9353.659 Da / 分子数: 1 / Fragment: CBS1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: trp, CG7875 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19334 #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.78 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 2.5M Ammonium sulfate, 0.1M BIS-TRIS propane pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月21日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 24105 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.803 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 473415 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1up5 解像度: 1.78→49.22 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.19 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.67 Å2 / Biso mean: 30.8974 Å2 / Biso min: 9.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.78→49.22 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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