PDB-7cmg: The Structure of the periplasmic domain of PorM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cmg

タイトル

The Structure of the periplasmic domain of PorM

要素

Por secretion system protein porM/gldM

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Type IX secretion system / trans-periplasmic core complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / GldM second domain / GldM third domain / Gliding motility-associated protein GldM / Gliding motility-associated protein GldM, C-terminal / Gliding motility-associated protein GldM, N-terminal / GldM C-terminal domain / GldM N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (ポルフィロモナス・ジンジバリス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Sato, K. / Okada, K. / Nakayam, K. / Imada, K.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	16K11450	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	19K10091	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	16K11450	日本

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: PorM, a core component of bacterial type IX secretion system, forms a dimer with a unique kinked-rod shape.
著者: Sato, K. / Okada, K. / Nakayama, K. / Imada, K.

履歴

登録	2020年7月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2020年10月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cmg.cif.gz	459.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cmg.ent.gz	316.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cmg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cmg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/7cmg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ey5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ue8-2 1tzh-d 4ui2-1 1nkq-4 1fdj-d 3bg0-2 6r0x-d 3bg1-2 3bg1-3 6bx7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Por secretion system protein porM/gldM

B: Por secretion system protein porM/gldM

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.140, 98.280, 209.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁
Space group name Hall	P22ab(y,z,x)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y,-z+1/2 #3: -x,y,-z #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Por secretion system protein porM/gldM 分子量: 58639.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (ポルフィロモナス・ジンジバリス) 株: ATCC 33277 / 遺伝子: porM, PGN_1674 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2RLE8

#1: タンパク質

Por secretion system protein porM/gldM

分子量: 58639.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 (ポルフィロモナス・ジンジバリス)
株: ATCC 33277 / 遺伝子: porM, PGN_1674 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2RLE8

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.87 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 14.6% (w/v) ethanol, 0.1 M Tris-HCl pH8.5, 150 mM NaCl, and 1mM taurine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月5日
放射	モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.7→88.99 Å / Num. obs: 19679 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 46.81 Å² / CC_1/2: 0.974 / R_pim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 3.7→4.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 4681 / CC_1/2: 0.884 / R_pim(I) all: 0.18

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BSS		データ収集
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ey5

6ey5

解像度: 3.7→80.47 Å / SU ML: 0.2673 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.6222
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2582	1961	9.99 %
R_work	0.213	17665	-
obs	0.2177	19626	98.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.7→80.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7435	0	0	0	7435

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	7536
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4495	10192
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0409	1194
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	1321
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.2784	4648

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.7-3.79	0.287	141	0.2536	1273	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.79-3.9	0.2962	138	0.2491	1241	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.9-4.01	0.2884	140	0.2197	1252	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.01-4.14	0.2757	140	0.2194	1270	X-RAY DIFFRACTION	99.58
4.14-4.29	0.2474	139	0.2214	1245	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.29-4.46	0.246	140	0.1959	1258	X-RAY DIFFRACTION	99.64
4.46-4.66	0.2415	140	0.1916	1257	X-RAY DIFFRACTION	99.5
4.66-4.91	0.2416	139	0.1863	1262	X-RAY DIFFRACTION	99.5
4.91-5.21	0.2551	140	0.2032	1254	X-RAY DIFFRACTION	98.94
5.21-5.62	0.2787	139	0.2191	1252	X-RAY DIFFRACTION	99.07
5.62-6.18	0.2752	142	0.2392	1278	X-RAY DIFFRACTION	98.13
6.18-7.08	0.3237	140	0.2417	1262	X-RAY DIFFRACTION	97.91
7.08-8.91	0.1947	140	0.2017	1274	X-RAY DIFFRACTION	96.52
8.91-80.47	0.2283	143	0.1899	1287	X-RAY DIFFRACTION	92.02

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.92438511484	-0.080743626658	1.00193416287	3.99359281052	-0.251345455956	2.6149344715	0.322310869968	0.17745513456	0.253223645471	0.133906674176	0.0365465872383	-0.187660931713	-0.721322253223	0.466131327241	-0.112444276486	0.493267297255	-0.0598681021581	0.196189861853	0.109575281859	-0.0736680576463	0.884613864393	36.9498413678	37.7171796581	-50.1696385114
2	2.97006005541	0.482927635559	-1.947151471	0.109972139959	-0.0551019693619	1.98139335372	0.435648101477	0.00130466051355	0.807243119868	0.353046965016	0.135520114242	0.105908456313	-0.822503599018	-0.44924122403	-0.540312866654	0.28763120529	0.0982962895812	0.0842597296931	0.407447564673	0.0482893318473	0.464515811463	-9.37702268286	13.3131804994	-19.2949376075
3	4.71412112771	-0.818545931622	-4.85944587239	0.537593057577	1.52599707068	7.03789623434	0.200300699435	0.505628793825	0.316449068717	-0.0124034897457	0.134518350734	-0.202622917125	-0.36578913592	-0.326117985683	-0.318803162583	0.231187192946	0.0175001382454	0.0216603152426	0.491495711815	0.0794336632217	0.118784718032	-37.5522972753	-1.85123438661	8.85722469667
4	2.85819518993	-0.428551501979	-0.904816165459	2.86877470597	-0.283734251664	6.52909026781	-0.0644857222855	0.849891723785	0.164253861989	-0.176631815493	-0.239882125112	0.184597442417	-0.0999239127661	-0.700186610861	0.109692556003	0.0808377700811	-0.106125787607	-0.00633724296468	0.517524584347	0.0439427905095	0.08689200374	-55.3650771368	-1.43454584229	30.7665757475
5	4.75893586036	-0.0744522809137	-0.966460473788	1.6589521701	0.434471154246	3.14124655749	0.0843788690712	-0.0579122123233	0.465433890574	0.0818980079466	-0.193990288973	-0.390197456189	-0.373562329397	0.053396105275	0.0423076847086	-0.0428722441733	-0.149116891666	0.111457060864	-0.0559591422709	0.0635734799672	0.266375303635	39.4778602175	15.7929360071	-51.312580814
6	4.89625008222	-0.504645918551	-1.31983240894	4.5329707683	0.308633706645	1.63216443147	0.0687845734158	0.233283981236	0.203134140793	-0.0984803219375	0.0940868547956	0.234768349782	-0.0983214466696	-0.104323804118	-0.176151608144	0.132036797386	0.0711062170053	-0.034212954035	0.379728574432	0.0879307757591	0.0353721829681	-2.59683536766	3.15920422621	-28.106340533
7	2.393300386	0.640917628973	-1.99519950612	1.5920868682	-1.02477063915	3.30615867615	0.236158538916	0.464532185815	0.0409675792547	-0.439053125263	-0.357269151987	-0.37439589255	0.243573007309	0.996892402695	0.0125093135852	0.235618452821	-0.0232240857255	0.062961626113	1.00558840683	0.0277182916276	0.215821367907	-19.9096002125	3.30620498054	13.4992218971
8	5.41761113451	1.42603989352	-0.776892936804	3.465290895	-0.768039367884	3.90172717597	0.00150324386281	0.181941180849	-0.542828998619	0.429682023915	-0.263511800282	-0.195085371768	0.511334997878	0.0162010808672	-0.197443842113	0.24596983031	-0.136103263063	-0.0981956312329	0.145464062597	-0.172236617002	0.0112362958316	-40.7478838814	-9.10438705175	41.5260286742

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 217 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 218 through 336 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 337 through 431 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 432 through 518 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 30 through 219 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 220 through 313 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 314 through 409 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 410 through 517 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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