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- PDB-7cfp: Crystal structure of WDR5 in complex with a H3Q5ser peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cfp
タイトルCrystal structure of WDR5 in complex with a H3Q5ser peptide
要素
  • H3Q5ser peptide
  • WD repeat-containing protein 5
キーワードGENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / complex / histone modification (ヒストン) / reader
機能・相同性
機能・相同性情報


MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / : / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation ...MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / : / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / MLL1 complex / regulation of embryonic development / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / methylated histone binding / skeletal system development / 糖新生 / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / 紡錘体 / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Neddylation / HATs acetylate histones / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
セロトニン / WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhao, J. / Zhang, X. / Zang, J.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the recognition of histone H3Q5 serotonylation by WDR5.
著者: Zhao, J. / Chen, W. / Pan, Y. / Zhang, Y. / Sun, H. / Wang, H. / Yang, F. / Liu, Y. / Shen, N. / Zhang, X. / Mo, X. / Zang, J.
履歴
登録2020年6月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5
B: H3Q5ser peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3073
ポリマ－38,1312
非ポリマー1761
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.748, 99.411, 80.615
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 36635.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: タンパク質・ペプチド H3Q5ser peptide


分子量: 1495.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-SRO / SEROTONIN / 3-(2-AMINOETHYL)-1H-INDOL-5-OL / セロトニン / セロトニン


分子量: 176.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1% Octylglucoside, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 22% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 42035 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 523644
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
1.6-1.6312.10.61220890.9470.1830.6390.55
1.63-1.6612.80.5620560.9470.1620.5840.594
1.66-1.6912.80.53620660.9430.1540.5580.618
1.69-1.7212.70.46220730.9430.1340.4810.683
1.72-1.7612.60.40121030.9390.1170.4180.754
1.76-1.812.40.35820560.9540.1060.3740.813
1.8-1.8511.90.30120780.9680.090.3140.974
1.85-1.911.80.25520890.9740.0770.2671.02
1.9-1.9512.20.21720840.9820.0640.2261.101
1.95-2.02130.18820950.9850.0540.1951.062
2.02-2.0912.90.14920870.9930.0430.1550.913
2.09-2.1712.80.11820960.9950.0350.1230.816
2.17-2.2712.60.12820930.9950.0380.1331.104
2.27-2.3911.80.09520920.9960.0290.10.965
2.39-2.5412.40.08521220.9960.0250.0890.9
2.54-2.7413.20.07320900.9980.0210.0761.032
2.74-3.0112.90.06521380.9970.0190.0680.956
3.01-3.4511.90.05621140.9970.0170.0591.075
3.45-4.3412.60.04821520.9990.0140.051.062
4.34-5011.90.05322620.9960.0160.0551.192

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2gnq

2gnq


解像度: 1.6→49.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.665 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1994 2046 4.9 %RANDOM
Rwork0.1743 ---
obs0.1755 39965 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.75 Å2 / Biso mean: 21.097 Å2 / Biso min: 13.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.11 Å20 Å2-0 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3----1.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→49.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2421 0 0 179 2600
Biso mean---27.12 -
残基数----311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0132497
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5111.6393391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3781.5955361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4015315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.06824.4998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.64715431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.26154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022750
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02496
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 153 -
Rwork0.222 2907 -
all-3060 -
obs--99.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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