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万見
- PDB-7bcq: ASCT2 in the presence of the inhibitor Lc-BPE (position "up") in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bcq
タイトルASCT2 in the presence of the inhibitor Lc-BPE (position "up") in the outward-open conformation.
要素Neutral amino acid transporter B(0)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Solute carrier transporter / homology modeling / cancer metabolism / glutamine deprivation / cryo-EM (低温電子顕微鏡法)
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamine secretion / L-glutamine import across plasma membrane / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / L-serine transmembrane transporter activity / ligand-gated channel activity / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity ...glutamine secretion / L-glutamine import across plasma membrane / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / L-serine transmembrane transporter activity / ligand-gated channel activity / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / symporter activity / amino acid transport / antiporter activity / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / protein homotrimerization / RHOH GTPase cycle / transport across blood-brain barrier / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / basal plasma membrane / 赤血球形成 / メラノソーム / virus receptor activity / signaling receptor activity / extracellular exosome / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Sodium:dicarboxylate symporter family signature 2. / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TG2 / Neutral amino acid transporter B(0)
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Garibsingh, R.A. / Ndaru, E. / Garaeva, A.A. / Shi, Y. / Zielewicz, L. / Bonomi, M. / Slotboom, D.J. / Paulino, C. / Grewer, C. / Schlessinger, A.
資金援助 オランダ, 米国, 7件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)722.017.001 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)740.018.016 オランダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM108911 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)T32 CA078207 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1515028 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R15 GM135843-01 米国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)714.018.003 オランダ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Rational design of ASCT2 inhibitors using an integrated experimental-computational approach.
著者: Rachel-Ann A Garibsingh / Elias Ndaru / Alisa A Garaeva / Yueyue Shi / Laura Zielewicz / Paul Zakrepine / Massimiliano Bonomi / Dirk J Slotboom / Cristina Paulino / Christof Grewer / Avner Schlessinger /
要旨: ASCT2 (SLC1A5) is a sodium-dependent neutral amino acid transporter that controls amino acid homeostasis in peripheral tissues. In cancer, ASCT2 is up-regulated where it modulates intracellular ...ASCT2 (SLC1A5) is a sodium-dependent neutral amino acid transporter that controls amino acid homeostasis in peripheral tissues. In cancer, ASCT2 is up-regulated where it modulates intracellular glutamine levels, fueling cell proliferation. Nutrient deprivation via ASCT2 inhibition provides a potential strategy for cancer therapy. Here, we rationally designed stereospecific inhibitors exploiting specific subpockets in the substrate binding site using computational modeling and cryo-electron microscopy (cryo-EM). The final structures combined with molecular dynamics simulations reveal multiple pharmacologically relevant conformations in the ASCT2 binding site as well as a previously unknown mechanism of stereospecific inhibition. Furthermore, this integrated analysis guided the design of a series of unique ASCT2 inhibitors. Our results provide a framework for future development of cancer therapeutics targeting nutrient transport via ASCT2, as well as demonstrate the utility of combining computational modeling and cryo-EM for solute carrier ligand discovery.
履歴
登録2020年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12142
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutral amino acid transporter B(0)
B: Neutral amino acid transporter B(0)
C: Neutral amino acid transporter B(0)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,8516
ポリマ－169,9173
非ポリマー9343
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area8120 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area51610 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Neutral amino acid transporter B(0) / ATB(0) / Baboon M7 virus receptor / RD114/simian type D retrovirus receptor / Sodium-dependent ...ATB(0) / Baboon M7 virus receptor / RD114/simian type D retrovirus receptor / Sodium-dependent neutral amino acid transporter type 2 / Solute carrier family 1 member 5


分子量: 56638.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC1A5, ASCT2, M7V1, RDR, RDRC / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q15758
#2: 化合物 ChemComp-TG2 / 4-(4-phenylphenyl)carbonyloxypyrrolidine-2-carboxylic acid


分子量: 311.332 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ASCT2 in the presence of the inhibitor Lc-BPE in the outward-open conformation.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.4, 200 mM NaCl
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: at 5mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / 倍率（補正後）: 49407 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm / Calibrated defocus min: 300 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 105 K / 最低温度: 90 K
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 53 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 6233
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 1-60

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC2.14.2粒子像選択
2EPU2.3画像取得
4CTFFIND4.1.13CTF補正
7Coot0.9-preモデルフィッティング
8UCSF Chimera0.93モデルフィッティングChimeraX
10cryoSPARC2.14.2初期オイラー角割当
11RELION3.0.8最終オイラー角割当
13RELION3.0.8３次元再構成
14PHENIX1.18.2-3874-000モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3666842
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 300899 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6MPB

6mpb

拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0110044
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.06113692
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.2671431
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1531704
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071707

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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