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- PDB-7ats: The LIMK1 Kinase Domain Bound To LIJTF500127 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ats
タイトルThe LIMK1 Kinase Domain Bound To LIJTF500127
要素LIM domain kinase 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Kinase Inhibitor Active site CFL1 Actin cytoskeleton
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / RHO GTPases Activate ROCKs / axon extension / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / stress fiber assembly / RHO GTPases activate PAKs / Rho protein signal transduction / Sema3A PAK dependent Axon repulsion ...positive regulation of actin filament bundle assembly / negative regulation of ubiquitin-protein transferase activity / RHO GTPases Activate ROCKs / axon extension / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / stress fiber assembly / RHO GTPases activate PAKs / Rho protein signal transduction / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / positive regulation of axon extension / positive regulation of stress fiber assembly / EPHB-mediated forward signaling / heat shock protein binding / male germ cell nucleus / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / lamellipodium / nervous system development / actin cytoskeleton organization / 細胞骨格 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / nuclear speck / protein phosphorylation / focal adhesion / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / シグナル伝達 / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily ...LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RXQ / LIM domain kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mathea, S. / Chatterjee, D. / Preuss, F. / Yamamoto, S. / Tawada, M. / Nomura, I. / Takagi, T. / Ahmed, M. / Little, W. / Mueller-Knapp, S. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The LIMK1 Kinase Domain Bound To LIJTF500127
著者: Mathea, S. / Chatterjee, D. / Preuss, F. / Yamamoto, S. / Tawada, M. / Nomura, I. / Takagi, T. / Ahmed, M. / Little, W. / Mueller-Knapp, S. / Knapp, S.
履歴
登録2020年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIM domain kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5192
ポリマ－35,9951
非ポリマー5241
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法gel filtration
単位格子
Length a, b, c (Å)81.096, 81.096, 173.953
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 LIM domain kinase 1 / LIMK-1


分子量: 35994.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIMK1, LIMK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P53667, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-RXQ / N-[3-[5-(4-Chlorophenyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridine-3-carbonyl]-2,4-difluorophenyl]benzenesulfonamide / N-[3-[[5-(4-chlorophenyl)-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl]carbonyl]-2,4-bis(fluoranyl)phenyl]benzenesulfonamide / LIJTF500127


分子量: 523.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H16ClF2N3O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG3350 0.1 M bis-tris-propane pH 7.5 0.2 M potassium thiocyanate 10% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.71 Å / Num. obs: 8956 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 94.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1255

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC7.0.053精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NXC

5nxc


解像度: 2.8→44.71 Å / SU ML: 0.2732 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.57 / 位相誤差: 38.678
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3122 449 5.04 %
Rwork0.2478 8454 -
obs0.2511 8903 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 87.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1883 0 36 0 1919
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01141975
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34262718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0699309
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.4702319
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-3.210.34681520.27332717X-RAY DIFFRACTION99.97
3.21-4.040.32581440.27262774X-RAY DIFFRACTION99.93
4.04-44.710.3021530.23512963X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.2841886409 Å / Origin y: 32.145028667 Å / Origin z: -7.88985935969 Å
111213212223313233
T0.635629711395 Å2-0.0281263147259 Å2-0.0270613761225 Å2-0.693957867867 Å2-0.017309484848 Å2--0.579963937761 Å2
L1.63731232605 °20.880219880356 °2-0.305160095579 °2-1.17013150677 °20.45108340405 °2--0.588301841079 °2
S0.056830386854 Å °0.171652045231 Å °-0.20553232865 Å °-0.0629114457101 Å °0.0424772208982 Å °0.00431980323005 Å °0.0522710041761 Å °0.118832730826 Å °0.000189370033369 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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