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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aah | ||||||
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タイトル | Structure of human pERp1 | ||||||
要素 | Marginal zone B- and B1-cell-specific protein | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Folding factor / Endoplasmatic Reticulum (小胞体) / IgM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of B cell proliferation / regulation of insulin receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum chaperone complex / integrin activation / positive regulation of immunoglobulin production / regulation of cell population proliferation / 小胞体 / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / extracellular region / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Sowa, S.T. / Moilanen, A. / Biterova, E. / Saaranen, M.J. / Lehtio, L. / Ruddock, L.W. | ||||||
資金援助 | フィンランド, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021 タイトル: High-resolution Crystal Structure of Human pERp1, A Saposin-like Protein Involved in IgA, IgM and Integrin Maturation in the Endoplasmic Reticulum. 著者: Sowa, S.T. / Moilanen, A. / Biterova, E. / Saaranen, M.J. / Lehtio, L. / Ruddock, L.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7aah.cif.gz | 188.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7aah.ent.gz | 159.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7aah.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aah ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aah | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18257.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MZB1, MEDA7, PACAP, HSPC190 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WU39 #2: 化合物 | ChemComp-CIT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.63 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Lithium citrate tribasic tetrahydrate, Glycerol ethoxylate, n-decyl-beta-D-maltopyranoside |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96863 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96863 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→47.8 Å / Num. obs: 58099 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.88 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / Num. unique obs: 5426 / CC1/2: 0.364 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.4→47.764 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→47.764 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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