+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a6q | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human aldehyde dehydrogenase 1A3 in complex with selective NR6 inhibitor compound | ||||||
要素 | Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Dehydrogenase isoenzyme ALDH1A3 Selective Inhibitor High grade Glioma | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleus accumbens development / optic cup morphogenesis involved in camera-type eye development / olfactory pit development / Harderian gland development / retinoic acid biosynthetic process / embryonic eye morphogenesis / レチナールデヒドロゲナーゼ / embryonic camera-type eye development / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / RA biosynthesis pathway ...nucleus accumbens development / optic cup morphogenesis involved in camera-type eye development / olfactory pit development / Harderian gland development / retinoic acid biosynthetic process / embryonic eye morphogenesis / レチナールデヒドロゲナーゼ / embryonic camera-type eye development / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / RA biosynthesis pathway / righting reflex / retinal metabolic process / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase activity / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / inner ear morphogenesis / face development / thyroid hormone binding / neuromuscular process controlling balance / NAD+ binding / locomotory behavior / protein homotetramerization / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein homodimerization activity / extracellular exosome / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å | ||||||
データ登録者 | Gelardi, E.L.M. / Garavaglia, S. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Cancers (Basel) / 年: 2021 タイトル: A Selective Competitive Inhibitor of Aldehyde Dehydrogenase 1A3 Hinders Cancer Cell Growth, Invasiveness and Stemness In Vitro. 著者: Gelardi, E.L.M. / Colombo, G. / Picarazzi, F. / Ferraris, D.M. / Mangione, A. / Petrarolo, G. / Aronica, E. / Rizzi, M. / Mori, M. / La Motta, C. / Garavaglia, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7a6q.cif.gz | 208 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7a6q.ent.gz | 165.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7a6q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/7a6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/7a6q | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 5fhzS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 56177.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1A3, ALDH6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P47895, レチナールデヒドロゲナーゼ |
---|
-非ポリマー , 6種, 54分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-R2K / ( | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.19 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.4 M sodium malonate, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.956 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.956 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.95→48.32 Å / Num. obs: 25558 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.121 / Rsym value: 0.105 / Net I/av σ(I): 6.7 / Net I/σ(I): 10.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5FHZ 解像度: 2.95→48.32 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.2 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 179 Å2 / Biso mean: 70 Å2 / Biso min: 31.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.95→48.32 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
|