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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zon | ||||||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Nsp1 bound to a human 43S preinitiation ribosome complex - state 1 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Translational Inhibition / SARS-CoV-2 / Immune Evasion / Human Ribosome | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / cap-dependent translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / IRES-dependent viral translational initiation / multi-eIF complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex ...positive regulation of mRNA binding / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / cap-dependent translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / IRES-dependent viral translational initiation / multi-eIF complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / cytoplasmic translational initiation / mRNA cap binding / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / eukaryotic 48S preinitiation complex / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of gastrulation / nucleolus organization / IRE1-RACK1-PP2A complex / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of DNA repair / negative regulation of RNA splicing / metal-dependent deubiquitinase activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / oxidized purine DNA binding / supercoiled DNA binding / neural crest cell differentiation / NF-kappaB complex / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / regulation of translational initiation / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of phagocytosis / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / rRNA modification in the nucleus and cytosol / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / protein kinase A binding / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / Ribosomal scanning and start codon recognition / ion channel inhibitor activity / Translation initiation complex formation / pigmentation / positive regulation of mitochondrial depolarization / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / negative regulation of Wnt signaling pathway / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / fibroblast growth factor binding / positive regulation of activated T cell proliferation / iron-sulfur cluster binding / regulation of cell division / Protein hydroxylation / monocyte chemotaxis / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / BH3 domain binding / mTORC1-mediated signalling / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / Peptide chain elongation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / Selenocysteine synthesis / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / phagocytic cup / ubiquitin ligase inhibitor activity / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / cyclin binding / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / TOR signaling / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of DNA repair / T cell proliferation involved in immune response / spindle assembly / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / regulation of translational fidelity / erythrocyte development / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Protein methylation / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / translation regulator activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Thoms, M. / Buschauer, R. / Ameismeier, M. / Denk, T. / Kratzat, H. / Mackens-Kiani, T. / Cheng, J. / Berninghausen, O. / Becker, T. / Beckmann, R. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structural basis for translational shutdown and immune evasion by the Nsp1 protein of SARS-CoV-2. 著者: Matthias Thoms / Robert Buschauer / Michael Ameismeier / Lennart Koepke / Timo Denk / Maximilian Hirschenberger / Hanna Kratzat / Manuel Hayn / Timur Mackens-Kiani / Jingdong Cheng / Jan H ...著者: Matthias Thoms / Robert Buschauer / Michael Ameismeier / Lennart Koepke / Timo Denk / Maximilian Hirschenberger / Hanna Kratzat / Manuel Hayn / Timur Mackens-Kiani / Jingdong Cheng / Jan H Straub / Christina M Stürzel / Thomas Fröhlich / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Frank Kirchhoff / Konstantin M J Sparrer / Roland Beckmann / 要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the causative agent of the current coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic. A major virulence factor of SARS-CoVs is the ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the causative agent of the current coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic. A major virulence factor of SARS-CoVs is the nonstructural protein 1 (Nsp1), which suppresses host gene expression by ribosome association. Here, we show that Nsp1 from SARS-CoV-2 binds to the 40 ribosomal subunit, resulting in shutdown of messenger RNA (mRNA) translation both in vitro and in cells. Structural analysis by cryo-electron microscopy of in vitro-reconstituted Nsp1-40 and various native Nsp1-40 and -80 complexes revealed that the Nsp1 C terminus binds to and obstructs the mRNA entry tunnel. Thereby, Nsp1 effectively blocks retinoic acid-inducible gene I-dependent innate immune responses that would otherwise facilitate clearance of the infection. Thus, the structural characterization of the inhibitory mechanism of Nsp1 may aid structure-based drug design against SARS-CoV-2. | ||||||||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 6zon.cif.gz | 2.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zon.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6zon.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zon_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zon_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6zon_validation.xml.gz | 231.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zon_validation.cif.gz | 402.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/6zon ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/6zon | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 11325MC 6zlwC 6zm7C 6zmeC 6zmiC 6zmoC 6zmtC 6zn5C 6zp4C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 apdQqrstcnmiyfjzRTwgbeuvokxhPSl
-タンパク質 , 4種, 4分子 UVYJ
#34: タンパク質 | 分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: sample / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P62979 |
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#35: タンパク質 | 分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: sample / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P63244 |
#47: タンパク質 | 分子量: 6656.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: sample / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
#48: タンパク質 | 分子量: 19801.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 解説: sample / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) 参照: UniProt: P0DTD1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, SARS coronavirus main proteinase, ...参照: UniProt: P0DTD1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, SARS coronavirus main proteinase, RNA-directed RNA polymerase, DNA helicase, RNA helicase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
-Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit ... , 11種, 11分子 IBACEFHKLMD
#36: タンパク質 | 分子量: 36543.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: sample / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13347 |
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#37: タンパク質 | 分子量: 92593.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: sample / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P55884 |
#38: タンパク質 | 分子量: 79249.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1, 602 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: sample / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14152 |
#39: タンパク質 | 分子量: 105503.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: sample / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99613 |
#40: タンパク質 | 分子量: 52281.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: sample / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60228 |
#41: タンパク質 | 分子量: 37593.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: sample / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: O00303, ubiquitinyl hydrolase 1 |
#42: タンパク質 | 分子量: 39979.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: sample / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: O15372 |
#43: タンパク質 | 分子量: 25083.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: sample / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBQ5 |
#44: タンパク質 | 分子量: 66803.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: sample / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y262 |
#45: タンパク質 | 分子量: 42555.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: sample / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7L2H7 |
#46: タンパク質 | 分子量: 64060.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: sample / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: O15371 |
-タンパク質・ペプチド / RNA鎖 / 非ポリマー , 3種, 5分子 W2
#20: RNA鎖 | 分子量: 602432.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: sample / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 337376 | ||
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#49: 化合物 | #6: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: sample / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P62945 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 44.8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13928 / 対称性のタイプ: POINT |