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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yum | ||||||
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タイトル | CK2 alpha bound to unclosed Macrocycle | ||||||
要素 | Casein kinase II subunit alphaカゼインキナーゼ2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Kinase (キナーゼ) / Macrocycle (大員環化合物) / Inhibitor / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Signal transduction by L1 / Hsp90 protein binding / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / PML body / Wntシグナル経路 / Regulation of PTEN stability and activity / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / positive regulation of protein catabolic process / rhythmic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / kinase activity / positive regulation of cell growth / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / negative regulation of translation / protein stabilization / regulation of cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / 細胞周期 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Kraemer, A. / Hanke, T. / Kurz, C. / Celik, I. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020 タイトル: Optimization of pyrazolo[1,5-a]pyrimidines lead to the identification of a highly selective casein kinase 2 inhibitor. 著者: Kramer, A. / Kurz, C.G. / Berger, B.T. / Celik, I.E. / Tjaden, A. / Greco, F.A. / Knapp, S. / Hanke, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yum.cif.gz | 153 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yum.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6yum.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yu/6yum | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン: (詳細: Chains A G) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45208.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5 0.2 ammonia sulphate 30% PEG 5000 MME 10 mg/mL protein |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000031 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.000031 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→44.36 Å / Num. obs: 26481 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.9 Å / Num. unique obs: 3806 / CC1/2: 0.923 / Rpim(I) all: 0.316 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3PE2 解像度: 2.75→44.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 21.771 / SU ML: 0.397 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.938 / ESU R Free: 0.37 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.329 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→44.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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