PDB-6ytj: Magnesium chelatase H subunit (ChlH) E625K variant from Synechocy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ytj

タイトル

Magnesium chelatase H subunit (ChlH) E625K variant from Synechocystis sp.PCC6803

要素

Mg-chelatase subunit ChlH

キーワード

PHOTOSYNTHESIS (光合成) /

Magnesium chelatase /

chlorophyll (クロロフィル)

機能・相同性

機能・相同性情報

magnesium chelatase /

magnesium chelatase activity / chlorophyll biosynthetic process /

光合成 /

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Bisson, C. / Hunter, C.N.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2020
タイトル: The active site of magnesium chelatase.
著者: Adams, N.B.P. / Bisson, C. / Brindley, A.A. / Farmer, D.A. / Davison, P.A. / Reid, J.D. / Hunter, C.N.

履歴

登録	2020年4月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ytj.cif.gz	511.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ytj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ytj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/6ytj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/6ytj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ys9C 6ysgSC 6yt0C 6ytnC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6yt0-2 6ytn-1 6yt0-1 6ytn-2 6aw3-2 1qa3-2 5do2-d 1tyu-1 30080 3riq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Mg-chelatase subunit ChlH

BBB: Mg-chelatase subunit ChlH

302 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Mg-chelatase subunit ChlH

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Major form is a monomer, with some dimer by FPLC.
151 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Mg-chelatase subunit ChlH

登録者が定義した集合体
151 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	320.422, 320.422, 104.876
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Mg-chelatase subunit ChlH 分子量: 150871.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-tag and linker 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: chlH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P73020
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.18 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.8-1.2 M sodium citrate and 2 mM dithiothreitol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.79→80.11 Å / Num. obs: 99929 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.993 / R_pim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 2.79→2.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 7451 / CC_1/2: 0.583 / R_pim(I) all: 0.659

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YSG

6ysg

解像度: 2.79→80.105 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 17.004 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.643 / ESU R Free: 0.345 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2676	4926	4.967 %	Random
R_work	0.2089	-	-	-
all	0.212	-	-	-
obs	-	99184	99.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.264 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.225 Å²	0.612 Å²	0 Å²
2-	-	1.225 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.974 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.79→80.105 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19393	0	0	19	19412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	19777
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	18291
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.381	1.639	26823
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.171	1.571	42501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.963	5	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.841	23.224	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.609	15	3390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.515	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	22150
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3970
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	17507
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	9410
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	9058
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.153	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.134	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.819	6.482	9832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.819	6.481	9831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.02	9.712	12255
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.02	9.713	12256
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.585	6.757	9945
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.584	6.757	9946
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.778	10.018	14568
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.777	10.018	14569
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.812	75.136	21507
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.812	75.14	21508

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.79-2.862	0.408	316	0.398	6982	0.399	7449	0.626	0.641	97.9729	0.398
2.862-2.941	0.417	397	0.373	6588	0.376	7136	0.604	0.644	97.884	0.373
2.941-3.026	0.397	339	0.34	6525	0.342	6974	0.722	0.76	98.4227	0.34
3.026-3.119	0.389	335	0.329	6402	0.332	6821	0.741	0.774	98.7685	0.329
3.119-3.221	0.34	312	0.297	6228	0.299	6597	0.816	0.827	99.136	0.297
3.221-3.334	0.338	360	0.269	5946	0.273	6349	0.83	0.858	99.3227	0.269
3.334-3.459	0.331	274	0.245	5869	0.249	6185	0.85	0.884	99.3209	0.245
3.459-3.6	0.297	313	0.224	5559	0.228	5899	0.879	0.908	99.5423	0.224
3.6-3.76	0.287	256	0.209	5403	0.213	5680	0.893	0.921	99.6303	0.209
3.76-3.943	0.25	273	0.188	5153	0.191	5436	0.919	0.937	99.816	0.188
3.943-4.156	0.221	225	0.165	4949	0.167	5181	0.937	0.95	99.8649	0.165
4.156-4.407	0.208	254	0.144	4600	0.148	4858	0.949	0.963	99.9177	0.144
4.407-4.711	0.176	216	0.136	4399	0.137	4622	0.959	0.967	99.8485	0.136
4.711-5.087	0.212	220	0.141	4031	0.144	4256	0.948	0.965	99.8825	0.141
5.087-5.57	0.228	196	0.164	3713	0.167	3914	0.939	0.955	99.8723	0.164
5.57-6.224	0.24	190	0.182	3374	0.185	3572	0.932	0.946	99.776	0.182
6.224-7.179	0.237	157	0.169	2968	0.173	3131	0.931	0.947	99.8084	0.169
7.179-8.775	0.192	129	0.138	2533	0.14	2664	0.953	0.966	99.9249	0.138
8.775-12.336	0.174	112	0.145	1943	0.147	2055	0.963	0.975	100	0.145
12.336-80.105	0.328	52	0.294	1092	0.295	1149	0.864	0.901	99.5648	0.294

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