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万見
- PDB-6yt0: Magnesium chelatase H subunit (ChlH) E660D variant from Synechocy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yt0
タイトルMagnesium chelatase H subunit (ChlH) E660D variant from Synechocystis sp.PCC6803
要素Mg-chelatase subunit ChlH
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Magnesium chelatase / chlorophyll (クロロフィル)
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium chelatase / magnesium chelatase activity / chlorophyll biosynthetic process / 光合成 / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Magnesium-chelatase, subunit H / Magnesium chelatase, subunit H, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3479) / CobN/magnesium chelatase / CobN/Magnesium Chelatase
類似検索 - ドメイン・相同性
magnesium chelatase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Bisson, C. / Hunter, C.N.
資金援助1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)
引用ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2020
タイトル: The active site of magnesium chelatase.
著者: Adams, N.B.P. / Bisson, C. / Brindley, A.A. / Farmer, D.A. / Davison, P.A. / Reid, J.D. / Hunter, C.N.
履歴
登録2020年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Mg-chelatase subunit ChlH
A: Mg-chelatase subunit ChlH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,7152
ポリマ－301,7152
非ポリマー00
水57632
1
B: Mg-chelatase subunit ChlH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,8571
ポリマ－150,8571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Mg-chelatase subunit ChlH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,8571
ポリマ－150,8571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)321.787, 321.787, 104.919
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Mg-chelatase subunit ChlH


分子量: 150857.469 Da / 分子数: 2 / 変異: E660D / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-tag and linker.
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa (バクテリア)
遺伝子: chlH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P73020
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.8 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.8-1.2 M sodium citrate and 2 mM dithiothreitol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→54.6 Å / Num. obs: 94580 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.85→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4748 / CC1/2: 0.56 / Rpim(I) all: 0.544 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Direct refinement from 6YSG

6ysg


解像度: 2.85→54.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 15.983 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.767 / ESU R Free: 0.351
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2603 4709 5 %RANDOM
Rwork0.2091 ---
obs0.2116 89591 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 169.33 Å2 / Biso mean: 59.712 Å2 / Biso min: 13.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20.35 Å20 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----2.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→54.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19327 0 0 32 19359
Biso mean---30.74 -
残基数----2455
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01319717
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01718223
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6041.63926742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2491.57242337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.38552436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.10223.1561071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.442153373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.69615122
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.22539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0222096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023974
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.924 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 346 -
Rwork0.37 6602 -
all-6948 -
obs--99.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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