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- PDB-6ysq: The hC4Nb8 complement inhibitory nanobody in complex with C4b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ysq
タイトルThe hC4Nb8 complement inhibitory nanobody in complex with C4b
要素
  • Complement C4 beta chain
  • Complement C4 gamma chain
  • Complement C4-A alpha chain
  • hC4Nb8 nanobody
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Nanobody (ナノボディ) / inhibitor (酵素阻害剤) / complement C4b
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of molecule of bacterial origin / classical-complement-pathway C3/C5 convertase complex / positive regulation of opsonization / オプソニン化 / complement component C1q complex binding / symbiont cell surface / complement binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / Activation of C3 and C5 / 補体 ...detection of molecule of bacterial origin / classical-complement-pathway C3/C5 convertase complex / positive regulation of opsonization / オプソニン化 / complement component C1q complex binding / symbiont cell surface / complement binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / Activation of C3 and C5 / 補体 / endopeptidase inhibitor activity / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of immune response / carbohydrate binding / blood microparticle / 炎症 / 神経繊維 / 小胞体 / 自然免疫系 / neuronal cell body / 樹状突起 / シナプス / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / Complement C4, MG1 domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system ...: / Complement C4, MG1 domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Α2-マクログロブリン / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Α2-マクログロブリン / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C4-A / Complement C4-B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zarantonello, A. / Laursen, N.S. / Andersen, G.R.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
LundbeckfondenR155-2015-2666 デンマーク
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2020
タイトル: An Ultrahigh-Affinity Complement C4b-Specific Nanobody Inhibits In Vivo Assembly of the Classical Pathway Proconvertase.
著者: Zarantonello, A. / Presumey, J. / Simoni, L. / Yalcin, E. / Fox, R. / Hansen, A. / Olesen, H.G. / Thiel, S. / Johnson, M.B. / Stevens, B. / Laursen, N.S. / Carroll, M.C. / Andersen, G.R.
履歴
登録2020年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年8月19日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 3.02021年5月5日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom_lim / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _entity_src_gen.entity_id / _pdbx_branch_scheme.asym_id / _pdbx_branch_scheme.entity_id / _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id / _pdbx_entity_branch.entity_id / _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id / _pdbx_entity_branch_link.entity_id / _pdbx_entity_branch_list.entity_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 3.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C4 beta chain
C: Complement C4-A alpha chain
E: Complement C4 gamma chain
B: Complement C4 beta chain
D: Complement C4-A alpha chain
F: Complement C4 gamma chain
G: hC4Nb8 nanobody
H: hC4Nb8 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)392,42712
ポリマ－390,0818
非ポリマー2,3464
水0
1
A: Complement C4 beta chain
C: Complement C4-A alpha chain
E: Complement C4 gamma chain
G: hC4Nb8 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,2146
ポリマ－195,0404
非ポリマー1,1732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Complement C4 beta chain
D: Complement C4-A alpha chain
F: Complement C4 gamma chain
H: hC4Nb8 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,2146
ポリマ－195,0404
非ポリマー1,1732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.200, 89.510, 231.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.552, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSCYSCYSAA20 - 6691 - 650
121ALAALATYRTYRCB757 - 12291 - 473
131GLNGLNALAALACB1256 - 1413500 - 657
141GLNGLNARGARGEC1462 - 16049 - 151
151GLYGLYVALVALEC1611 - 1744158 - 291
161NAGNAGBMABMAII1 - 3
1151NAGNAGBMABMAJJ1 - 3
271LYSLYSCYSCYSBD20 - 6691 - 650
281ALAALATYRTYRDE757 - 12291 - 473
291GLNGLNALAALADE1256 - 1413500 - 657
2101GLNGLNARGARGFF1462 - 16049 - 151
2111GLYGLYVALVALFF1611 - 1744158 - 291
2121NAGNAGBMABMAKK1 - 3
2161NAGNAGBMABMALL1 - 3
1132GLNGLNSERSERGG1 - 1231 - 123
2142GLNGLNSERSERHH1 - 1231 - 123

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Complement C4 beta chain


分子量: 71761.688 Da / 分子数: 2
断片: Acidic complement C4,C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 2
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0C0L4, UniProt: P0C0L5*PLUS
#2: タンパク質 Complement C4-A alpha chain


分子量: 75509.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0C0L4
#3: タンパク質 Complement C4 gamma chain


分子量: 33085.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0C0L5
#4: 抗体 hC4Nb8 nanobody


分子量: 14683.265 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.44 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: The reservoir containing 100 mM HEPES-NaOH pH=7, 10% w/w PEG4000, 10% v/v 2-propanol was mixed 1:1 with the concentrated protein sample.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→48.26 Å / Num. obs: 80517 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 147.97 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.73
反射 シェル解像度: 3.3→3.418 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.65 / Num. unique obs: 7914 / CC1/2: 0.341 / % possible all: 99.94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JTW

5jtw


解像度: 3.3→48.26 Å / SU ML: 0.5986 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.0822
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2718 1566 1.95 %
Rwork0.2206 78887 -
obs0.2216 80453 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 195.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→48.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26297 0 0 0 26297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004626860
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.929136442
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0584100
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00864733
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.327816126
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.410.41761400.37477063X-RAY DIFFRACTION99.92
3.41-3.530.43311420.3537143X-RAY DIFFRACTION99.97
3.53-3.670.38591420.33577097X-RAY DIFFRACTION99.97
3.67-3.840.37011410.30587139X-RAY DIFFRACTION100
3.84-4.040.34251420.27687159X-RAY DIFFRACTION99.99
4.04-4.290.27241420.24857159X-RAY DIFFRACTION99.97
4.29-4.620.28321420.21687139X-RAY DIFFRACTION100
4.62-5.090.2581420.19777166X-RAY DIFFRACTION100
5.09-5.820.27131430.21147215X-RAY DIFFRACTION99.93
5.82-7.330.30031440.23267248X-RAY DIFFRACTION100
7.33-48.260.20161460.17117359X-RAY DIFFRACTION99.3
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.809485043230.2018179102520.8345843508686.61937101343-1.123544988274.991095057950.006909107288950.0461623903581.06590366506-0.337265646804-0.0429981550136-0.140859586761-0.6346793326230.1422926947490.03013866165491.61700426455-0.1778792063260.02063496494170.7552289023320.06033538634631.02881979895-23.401890339940.0867549193-77.4890585659
25.84187251605-3.530590480823.419605297748.95018721814-5.970613647118.95162453446-0.2439986132860.55486068498-0.254288434449-0.054139237830.043467697831-0.2703634714030.0836813930717-0.01287254135680.1705317285761.12121288905-0.07215311580880.1678297605810.82067881033-0.1717639000790.765151860512-24.27649709089.27022170964-54.0197124424
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2A140 - 236
3X-RAY DIFFRACTION3A237 - 361
4X-RAY DIFFRACTION4A362 - 468
5X-RAY DIFFRACTION5A469 - 568
6X-RAY DIFFRACTION6A569 - 605
7X-RAY DIFFRACTION7A606 - 670
8X-RAY DIFFRACTION8C832 - 934
9X-RAY DIFFRACTION9(resid 935:982 or resid 1321:1392) and chain C
10X-RAY DIFFRACTION10C983 - 1320
11X-RAY DIFFRACTION11G1 - 132
12X-RAY DIFFRACTION12B20 - 139
13X-RAY DIFFRACTION13B140 - 236
14X-RAY DIFFRACTION14B237 - 361
15X-RAY DIFFRACTION15B362 - 468
16X-RAY DIFFRACTION16B469 - 568
17X-RAY DIFFRACTION17B569 - 605
18X-RAY DIFFRACTION18B606 - 670
19X-RAY DIFFRACTION19D832 - 934
20X-RAY DIFFRACTION20(resid 935:982 or resid 1321:1392) and chain D
21X-RAY DIFFRACTION21D983 - 1320
22X-RAY DIFFRACTION22H1 - 132
23X-RAY DIFFRACTION23E1574 - 1744
24X-RAY DIFFRACTION24F1574 - 1744
25X-RAY DIFFRACTION25(resid 1393:1414 and chain C) and (resid 1462:1573 and chain E)
26X-RAY DIFFRACTION26(resid 1393:1414 and chain D) and (resid 1462:1573 and chain F)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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