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- PDB-6ygg: NADase from Aspergillus fumigatus complexed with a substrate anologue -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ygg
タイトルNADase from Aspergillus fumigatus complexed with a substrate anologue
要素AfNADase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / NAD+ glycohydrolase (NAD+ヌクレオシダーゼ) / NAD / Ca-binding / homodimer / glycoprotein (糖タンパク質) / benzamide adenine dinucleotide
機能・相同性Tuberculosis necrotizing toxin / Tuberculosis necrotizing toxin / : / NAD+ヌクレオシダーゼ / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / extracellular region / metal ion binding / Chem-DQV / Conidial surface nicotinamide adenine dinucleotide glycohydrolase nadA
機能・相同性情報
生物種Aspergillus fumigatus Af293 (アスペルギルス・フミガーツス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Stromland, O. / Ziegler, M. / Kallio, J.P.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Discovery of fungal surface NADases predominantly present in pathogenic species.
著者: Stromland, O. / Kallio, J.P. / Pschibul, A. / Skoge, R.H. / Hardardottir, H.M. / Sverkeli, L.J. / Heinekamp, T. / Kniemeyer, O. / Migaud, M. / Makarov, M.V. / Gossmann, T.I. / Brakhage, A.A. / Ziegler, M.
履歴
登録2020年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AfNADase
B: AfNADase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,99612
ポリマ－55,3602
非ポリマー3,63610
水8,251458
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8070 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.050, 64.318, 161.007
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 AfNADase


分子量: 27680.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Af293 (アスペルギルス・フミガーツス)
遺伝子: AFUA_6G14470
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q4WL81

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糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 462分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-DQV / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl [(2R,3S,4R,5S)-5-(3-carbamoylphenyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) / BAD


分子量: 662.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H28N6O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate, 0.3 M CaCl2 and 20-25% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91589 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91589 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→48.66 Å / Num. obs: 45536 / % possible obs: 98.52 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1426 / Net I/σ(I): 9.33
反射 シェル解像度: 1.85→1.916 Å / Rmerge(I) obs: 1.658 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / Num. unique obs: 4447 / CC1/2: 0.513

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1292105770

解像度: 1.85→48.66 Å / SU ML: 0.2293 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.7699
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2259 2313 5.08 %
Rwork0.1853 43195 -
obs0.1874 45508 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→48.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3302 0 237 458 3997
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00763654
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00125019
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0677567
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066643
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1081351
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.890.38771320.37462478X-RAY DIFFRACTION97.06
1.89-1.930.34561150.3312477X-RAY DIFFRACTION98.07
1.93-1.970.3361290.28842507X-RAY DIFFRACTION98.21
1.97-2.020.34011510.26132461X-RAY DIFFRACTION97.54
2.02-2.080.25451440.23912469X-RAY DIFFRACTION97.54
2.08-2.140.28541550.222492X-RAY DIFFRACTION98.44
2.14-2.210.27921290.20482509X-RAY DIFFRACTION98.29
2.21-2.290.23151250.19642529X-RAY DIFFRACTION98.52
2.29-2.380.23711390.19022503X-RAY DIFFRACTION98.36
2.38-2.490.27841290.17992541X-RAY DIFFRACTION98.42
2.49-2.620.23431140.17722541X-RAY DIFFRACTION98.85
2.62-2.780.23281240.17632556X-RAY DIFFRACTION98.93
2.78-30.22711550.17742556X-RAY DIFFRACTION99.05
3-3.30.22491290.17052584X-RAY DIFFRACTION99.2
3.3-3.770.2211480.15982597X-RAY DIFFRACTION99.35
3.78-4.750.14561510.13532619X-RAY DIFFRACTION99.64
4.76-48.660.19261440.18312776X-RAY DIFFRACTION99.49
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0754139824964-0.01402549496170.1553359179280.5592764651280.01624752603430.2567133695540.0356625333488-0.00830400270322-0.0287723743485-0.06946164348650.04775980256590.07719799684120.0890795355710.0180652277776-1.79635616214E-90.137687650648-0.0020634021568-0.02764654390720.136588733978-0.0001906541091390.142257754789-23.0600431032-2.61750598881-28.7407623514
20.08396492330030.0384666051801-0.08736855695240.5007638626360.1992704993530.288010038899-0.01256137106510.004055152818590.02261470381330.08559232533880.04541416181410.0400787043649-0.0029332733071-0.00137103325021-2.0778096139E-90.1150621906180.0198024590587-0.005672097708140.142663103507-0.00156598749320.133621761085-19.313814228411.7792362811-11.8177291333
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 26 through 234)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 27 through 235)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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