PDB-6xv5: Crystal structure of penicillin-binding protein 2 from Yersinia p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xv5

タイトル

Crystal structure of penicillin-binding protein 2 from Yersinia pestis in complex with ertapenem

要素

Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Class B PBP / Yersinia pestis / HMM transpeptidase / periplasmic protein / peptidoglycan crosslinking / ertapenem

機能・相同性

機能・相同性情報

serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.673 Å

データ登録者

Pankov, G. / Hunter, W.N. / Dawson, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of penicillin-binding protein 2 from Yersinia pestis
著者: Pankov, G.

履歴

登録	2020年1月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xv5.cif.gz	235.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xv5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xv5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6xv5_validation.pdf.gz	467.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xv5_full_validation.pdf.gz	485.6 KB	表示
XML形式データ	6xv5_validation.xml.gz	42.3 KB	表示
CIF形式データ	6xv5_validation.cif.gz	56.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/6xv5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/6xv5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6tiiSC 6tix S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vw9-1 6tix-2 3a18-2 3a16-2 3a17-3 3a17-2 5okg-2 3ela-d 3a18-1 5ogt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

BBB: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA

AAA: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA

ヘテロ分子

132 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

BBB: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
66 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

AAA: Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
66.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.265, 147.772, 164.523
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains BBB AAA)

#1: タンパク質	Peptidoglycan D,D-transpeptidase MrdA / Penicillin-binding protein 2 / PBP-2 分子量: 66012.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: mrdA, YPO2604 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A384KFW3, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: Crystals were grown in a condition containing 1 uL of 1 mg/mL YpPBP2 (in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM ertapenem) and 2 uL of reservoir solution (0.5 M Na+/K+ tartrate, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.67→109.937 Å / Num. obs: 38541 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 2.701→7.331 Å / R_merge(I) obs: 0.04 / Num. unique obs: 2108 / CC_1/2: 0.999

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TII

6tii

解像度: 2.673→109.937 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 18.456 / SU ML: 0.351 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.461

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2851	1485	4.834 %
R_work	0.213	-	-
all	0.216	-	-
obs	-	30718	77.249 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.799 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.278 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.125 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.402 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.673→109.937 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8499	0	10	149	8658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	8758
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	8142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.279	1.656	11898
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.102	1.578	18881
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.792	5	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.947	21.5	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.737	15	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.948	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	1140
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.118	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9797
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.195	0.2	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	7914
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	4107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	3946
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.077	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.069	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.194	8.218	4288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.191	8.217	4286
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.381	12.314	5357
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.38	12.314	5357
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.658	8.594	4470
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.659	8.592	4467
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.707	12.745	6540
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.707	12.744	6539
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.551	94.13	9693
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.51	94.127	9679
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.112	0.05	16451

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.673-2.742	0.486	15	0.413	154	0.42	2851	0.669	0.697	5.9277	0.42
2.742-2.817	0.269	25	0.362	600	0.358	2866	0.635	0.697	21.8074	0.356
2.817-2.899	0.4	47	0.33	946	0.333	2703	0.733	0.772	36.737	0.326
2.899-2.988	0.339	69	0.293	1509	0.295	2685	0.788	0.823	58.771	0.28
2.988-3.086	0.353	96	0.285	1826	0.288	2582	0.792	0.812	74.4384	0.27
3.086-3.194	0.331	106	0.294	1959	0.296	2491	0.799	0.809	82.8984	0.276
3.194-3.314	0.323	99	0.286	2162	0.288	2476	0.835	0.828	91.3166	0.266
3.314-3.45	0.329	116	0.27	2180	0.273	2296	0.85	0.857	100	0.241
3.45-3.603	0.311	109	0.254	2138	0.257	2247	0.843	0.888	100	0.228
3.603-3.778	0.307	89	0.227	2075	0.23	2164	0.882	0.91	100	0.204
3.778-3.983	0.266	114	0.206	1946	0.209	2060	0.908	0.932	100	0.189
3.983-4.224	0.233	106	0.194	1839	0.196	1945	0.932	0.94	100	0.176
4.224-4.515	0.246	75	0.177	1757	0.18	1832	0.921	0.945	100	0.163
4.515-4.876	0.289	98	0.175	1614	0.181	1712	0.905	0.946	100	0.166
4.876-5.34	0.28	69	0.185	1517	0.189	1586	0.939	0.947	100	0.174
5.34-5.969	0.303	80	0.191	1368	0.196	1448	0.906	0.947	100	0.182
5.969-6.889	0.304	43	0.183	1261	0.187	1304	0.923	0.949	100	0.18
6.889-8.429	0.252	50	0.177	1048	0.18	1098	0.923	0.954	100	0.185
8.429-11.885	0.203	48	0.153	833	0.156	882	0.956	0.973	99.8866	0.171
11.885-109.937	0.374	31	0.305	501	0.308	537	0.877	0.903	99.0689	0.341

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