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- PDB-6xm1: SM Protein Vps45 in Complex with Qa SNARE Tlg2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xm1
タイトルSM Protein Vps45 in Complex with Qa SNARE Tlg2
要素
  • Tlg2 Qa SNARE
  • Vps45
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / MEMBRANE TRAFFICKING / SM PROTEIN / QA SNARE / THERMOPHILE (好熱菌) / SNARE DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane-bounded organelle / SNARE complex / SNAP receptor activity / 細胞内膜系 / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / intracellular membrane-bounded organelle / 生体膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Syntaxin-16 / Sec1-like, domain 1 / Sec1-like, domain 2 / Sec1-like, domain 3a / Sec1-like protein / Sec1-like superfamily / Sec1 family / Syntaxin / SNARE domain / Syntaxin/epimorphin, conserved site ...Syntaxin-16 / Sec1-like, domain 1 / Sec1-like, domain 2 / Sec1-like, domain 3a / Sec1-like protein / Sec1-like superfamily / Sec1 family / Syntaxin / SNARE domain / Syntaxin/epimorphin, conserved site / Syntaxin / epimorphin family signature. / SNARE / Helical region found in SNAREs / t-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Target SNARE coiled-coil homology domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative vacuolar protein sorting-associated protein / Putative late golgi protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Jeffrey, P.D. / Eisemann, T.J. / Hughson, F.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071574 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: The Sec1/Munc18 protein Vps45 holds the Qa-SNARE Tlg2 in an open conformation.
著者: Eisemann, T.J. / Allen, F. / Lau, K. / Shimamura, G.R. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.
履歴
登録2020年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Vps45
B: Tlg2 Qa SNARE
C: Vps45
D: Tlg2 Qa SNARE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,9674
ポリマ－205,9674
非ポリマー00
水32418
1
A: Vps45
B: Tlg2 Qa SNARE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,9842
ポリマ－102,9842
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area34390 Å2
手法PISA
2
C: Vps45
D: Tlg2 Qa SNARE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,9842
ポリマ－102,9842
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area35280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.727, 180.057, 202.086
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain C and (resid 1 through 452 or resid 463 through 469 or resid 483 through 609))
12(chain B and (resid -1 through 78 or (resid 79...
22(chain D and (resid -1 through 200 or resid 251...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETGLYGLYchain AAA1 - 6091 - 609
211METMETGLNGLN(chain C and (resid 1 through 452 or resid 463 through 469 or resid 483 through 609))CC1 - 4521 - 452
221LEULEUGLYGLY(chain C and (resid 1 through 452 or resid 463 through 469 or resid 483 through 609))CC463 - 469463 - 469
231GLYGLYGLYGLY(chain C and (resid 1 through 452 or resid 463 through 469 or resid 483 through 609))CC483 - 609483 - 609
112GLYGLYVALVAL(chain B and (resid -1 through 78 or (resid 79...BB-1 - 781 - 80
122LEULEULEULEU(chain B and (resid -1 through 78 or (resid 79...BB7981
132GLYGLYTHRTHR(chain B and (resid -1 through 78 or (resid 79...BB-1 - 3041 - 278
142GLYGLYTHRTHR(chain B and (resid -1 through 78 or (resid 79...BB-1 - 3041 - 278
152GLYGLYTHRTHR(chain B and (resid -1 through 78 or (resid 79...BB-1 - 3041 - 278
162GLYGLYTHRTHR(chain B and (resid -1 through 78 or (resid 79...BB-1 - 3041 - 278
212GLYGLYILEILE(chain D and (resid -1 through 200 or resid 251...DD-1 - 2001 - 202
222GLNGLNARGARG(chain D and (resid -1 through 200 or resid 251...DD251 - 260225 - 234
232GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid -1 through 200 or resid 251...DD261235
242GLYGLYTHRTHR(chain D and (resid -1 through 200 or resid 251...DD-1 - 3041 - 278
252GLYGLYTHRTHR(chain D and (resid -1 through 200 or resid 251...DD-1 - 3041 - 278
262GLYGLYTHRTHR(chain D and (resid -1 through 200 or resid 251...DD-1 - 3041 - 278
272GLYGLYTHRTHR(chain D and (resid -1 through 200 or resid 251...DD-1 - 3041 - 278

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Vps45 / / Putative vacuolar protein sorting-associated protein


分子量: 70799.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S539
#2: タンパク質 Tlg2 Qa SNARE / Putative late golgi protein


分子量: 32183.934 Da / 分子数: 2 / Fragment: 1-310 with 201-228 loop deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SGW7
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.5 mg/ml protein in well buffer, consisting of 0.1 M HEPES pH 8.0, 0.1 M NaCl, 11% (v/v) 2-propanol, and 5 mM TCEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.68 Å / Num. obs: 53946 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.8-2.8912.31.885550745210.7310.5491.9611.498.9
11.54-29.6812.10.031019984110.0090.03247.994.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.17_3644精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XJL

6xjl


解像度: 2.8→29.68 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2482 2676 4.96 %
Rwork0.1944 51270 -
obs0.1972 53946 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 265.13 Å2 / Biso mean: 93.3649 Å2 / Biso min: 30.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→29.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11532 0 0 18 11550
Biso mean---60.64 -
残基数----1487
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5399X-RAY DIFFRACTION7.284TORSIONAL
12C5399X-RAY DIFFRACTION7.284TORSIONAL
21B1552X-RAY DIFFRACTION7.284TORSIONAL
22D1552X-RAY DIFFRACTION7.284TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.850.32581370.290626232760100
2.85-2.90.35351240.283726532777100
2.9-2.960.35031450.289526782823100
2.96-3.030.38371410.287626202761100
3.03-3.10.2951520.259827092861100
3.1-3.170.35531330.242126312764100
3.17-3.260.27011190.219727422861100
3.26-3.350.28381180.214426452763100
3.35-3.460.25871720.215326712843100
3.46-3.590.27591450.219526442789100
3.59-3.730.28181470.226226842831100
3.73-3.90.24911330.190627272860100
3.9-4.10.26481380.173926702808100
4.1-4.360.1811230.155227092832100
4.36-4.690.19451650.14627002865100
4.7-5.170.19911380.156227402878100
5.17-5.910.25331380.175727622900100
5.91-7.420.24511530.217927752928100
7.42-29.680.22721550.17422887304299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.23872.04921.26016.35320.5374.3039-0.056-0.4476-0.40170.92070.0931-0.42720.34310.3980.01740.51130.17760.01440.56010.06240.4547-18.0858-44.858221.7544
22.3171.1703-0.81814.0423-1.06742.803-0.32280.0350.1558-0.50910.26350.36120.2768-0.1364-0.04440.48360.0325-0.14750.40050.05150.6111-27.0917-37.94674.2193
32.1660.62980.84085.9623-1.30272.2083-0.2505-0.12420.41340.0790.41831.17370.0531-0.2743-0.24570.55930.0531-0.22460.50890.07350.8782-31.3887-26.94522.7674
46.0139-0.7584-1.07865.2170.26133.08-0.009-0.37630.11130.2108-0.1555-0.2908-0.18630.18760.16720.5722-0.0093-0.20940.4829-0.08180.754-10.1056-17.562814.4147
52.2275-0.24690.0711.6733-1.91648.5759-0.2972-0.56340.33810.8512-0.23320.1745-1.16810.7010.51540.9412-0.1044-0.20350.699-0.20940.9289-6.9003-8.050927.3208
62.6756-0.19380.05045.28540.21043.7789-0.18780.34330.8299-0.77710.080.3567-0.65840.03970.10850.8431-0.1399-0.24080.49630.20950.8483-13.5601-12.3277-12.5899
70.30230.05710.0125.1529-0.71022.4848-0.3840.23911.0167-0.49430.31161.4525-0.2124-0.50330.04620.62050.0165-0.2380.5480.13891.1938-32.6401-19.29280.1176
85.8551-1.5744-4.43774.51451.50876.4512-0.10370.08210.3752-0.11870.1861-0.02950.23420.0164-0.1820.4599-0.1039-0.18970.36460.10060.7191-18.9111-26.4055-4.9366
93.46662.27391.59572.78692.58413.8990.8657-1.09490.42331.1342-0.63690.03110.3777-0.0175-0.24721.2231-0.14060.06441.0974-0.00860.8426-15.0339-34.510943.7263
104.0956-2.03383.86967.5411-5.04965.1334-0.16850.4554-0.5305-1.2958-0.36590.53650.7002-0.59550.54691.1532-0.052-0.10791.3759-0.00590.9579-0.7083-12.893961.9324
114.6353.57392.29445.7997-2.39236.81250.3319-1.00810.37392.4747-0.318-0.4710.41661.25090.01641.05880.064-0.17280.9612-0.11590.6758-6.6828-29.749726.015
123.6988-0.4382-0.98735.9542-1.3035.2430.1750.66240.1322-0.9031-0.2162-0.6058-0.19840.51930.12810.45610.01540.07870.57-0.01670.43818.742341.187-24.03
131.8109-0.83440.13134.0222-1.78822.4883-0.09230.08430.01920.18180.17050.28-0.2231-0.1143-0.08420.3565-0.02910.04860.374-0.02720.4522-0.245139.3444-7.1844
141.35730.16030.74941.7917-0.12866.2495-0.06930.2897-0.5677-0.30430.0608-0.16760.66120.51270.04020.62760.10360.08620.5103-0.12390.805417.061311.0252-16.2527
155.24461.2560.93115.69850.65833.01710.3365-0.7647-0.59440.7617-0.33040.18460.40340.1568-0.040.6730.0110.00790.34390.11130.562212.0615.33614.0939
162.19531.0460.51275.01470.19642.6321-0.09520.0215-0.77330.28940.20721.07190.3228-0.3865-0.14630.6172-0.0880.06720.59260.05820.9809-8.693614.43211.4982
173.17280.68131.80783.79980.62874.28070.03040.0322-0.3071-0.041-0.0460.24780.14110.0123-0.13860.38630.02650.08910.28020.01130.57883.333423.90650.268
183.5365-1.0162-1.95182.83163.08943.82760.65671.1175-0.1726-1.4435-0.63540.2112-0.69280.1351-0.01011.19210.3496-0.251.21940.22570.55643.181642.6938-37.9863
194.5138-0.05852.71015.0897-0.21021.84950.58511.1133-1.6427-2.17190.4257-0.0317-0.15871.4578-0.67641.50370.13830.15052.344-0.4640.955316.382530.2961-53.1362
202.8854-1.5418-4.32841.15952.56765.59980.3983-0.0993-0.0742-0.8286-0.69610.42-0.1214-0.85750.57130.96340.1891-0.0981.1776-0.06360.693816.379927.6948-45.4795
219.8445-5.2282-6.56917.63553.82384.405-0.6125-0.21630.72080.63260.4354-0.05590.4321-0.4713-0.00920.91990.09390.0261.0129-0.11340.9325.523313.7288-61.5701
227.67761.7722-7.42810.4177-1.71797.18660.81943.348-1.4993-2.464-1.26110.89450.2565-2.27630.38171.52530.43650.01181.3489-0.4011.586517.603324.5382-33.9529
239.8267-3.3948-1.78974.22323.91723.89230.1762.0046-0.5533-1.90980.0622-0.6259-0.40040.1156-0.12430.76040.05690.03280.653-0.06250.623820.148433.4897-22.8187
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 122 )A1 - 122
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 123 through 212 )A123 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 213 through 246 )A213 - 246
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 247 through 294 )A247 - 294
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 295 through 359 )A295 - 359
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 360 through 493 )A360 - 493
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 494 through 572 )A494 - 572
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 573 through 609 )A573 - 609
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid -1 through 199 )B-1 - 199
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 200 through 282 )B200 - 282
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 283 through 304 )B283 - 304
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 84 )C1 - 84
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 85 through 246 )C85 - 246
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 247 through 389 )C247 - 389
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 390 through 475 )C390 - 475
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 476 through 547 )C476 - 547
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 548 through 609 )C548 - 609
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid -1 through 107 )D-1 - 107
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 108 through 159 )D108 - 159
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 160 through 253 )D160 - 253
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 254 through 282 )D254 - 282
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 283 through 290 )D283 - 290
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 291 through 304 )D291 - 304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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