PDB-3i7f: Aspartyl tRNA synthetase from Entamoeba histolytica

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i7f

タイトル

Aspartyl tRNA synthetase from Entamoeba histolytica

要素

Aspartyl-tRNA synthetase

キーワード

LIGASE / tRNA ligase / apo / ATP-binding / Aminoacyl-tRNA synthetase / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate-tRNA ligase / aspartyl-tRNA aminoacylation / aspartate-tRNA ligase activity / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / RNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Arakaki, T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)

引用

ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the aspartyl-tRNA synthetase from Entamoeba histolytica.
著者: Merritt, E.A. / Arakaki, T.L. / Larson, E.T. / Kelley, A. / Mueller, N. / Napuli, A.J. / Zhang, L. / Deditta, G. / Luft, J. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Zucker, F. / Buckner, F.S. / Van Voorhis, W.C. / Hol, W.G.

履歴

登録	2009年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i7f.cif.gz	199.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i7f.ent.gz	157.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i7f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3i7f_validation.pdf.gz	442.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i7f_full_validation.pdf.gz	469.9 KB	表示
XML形式データ	3i7f_validation.xml.gz	36.5 KB	表示
CIF形式データ	3i7f_validation.cif.gz	50.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/3i7f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/3i7f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1qxp-2 6sed-d 4oet-d 6sec-d 1xd2-d 3dec-d 6se9-d 6zjr-d 1nvw-d 6zju-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (10) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Aspartyl-tRNA synthetase

B: Aspartyl-tRNA synthetase

126 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	247.848, 247.848, 56.295
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B
1	6	A
2	6	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	SER	SER	2	A	A	27 - 165	31 - 169
2	1	ASN	ASN	SER	SER	2	B	B	27 - 165	31 - 169
1	2	GLN	GLN	MET	MET	2	A	A	220 - 397	224 - 401
2	2	GLN	GLN	MET	MET	2	B	B	220 - 397	224 - 401
1	3	VAL	VAL	ARG	ARG	2	A	A	417 - 541	421 - 545
2	3	VAL	VAL	ARG	ARG	2	B	B	417 - 541	421 - 545
1	4	LEU	LEU	GLU	GLU	3	A	A	398 - 416	402 - 420
2	4	LEU	LEU	GLU	GLU	3	B	B	398 - 416	402 - 420
1	5	GLN	GLN	GLU	GLU	3	A	A	10 - 26	14 - 30
2	5	GLN	GLN	GLU	GLU	3	B	B	10 - 26	14 - 30
1	6	VAL	VAL	LYS	LYS	3	A	A	166 - 176	170 - 180
2	6	VAL	VAL	LYS	LYS	3	B	B	166 - 176	170 - 180

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Aspartyl-tRNA synthetase 分子量: 62975.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cleaved 由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 遺伝子: EHI_175050 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4LZN0*PLUS, aspartate-tRNA ligase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 23% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97945 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.851
1	1	K, H, -L	2	0.149

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 31605 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Χ²: 1.152 / Net I/σ(I): 9.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.8-2.9	4.8	0.735	3062	1.072	1	97.6
2.9-3.02	5.9	0.569	3171	1.057	1	99.6
3.02-3.15	6.4	0.398	3189	1.095	1	100
3.15-3.32	6.5	0.283	3158	1.103	1	100
3.32-3.53	6.5	0.196	3197	1.249	1	100
3.53-3.8	6.5	0.134	3155	1.354	1	100
3.8-4.18	6.5	0.092	3149	1.19	1	100
4.18-4.79	6.5	0.072	3199	1.293	1	100
4.79-6.03	6.5	0.063	3168	1.135	1	100
6.03-50	6.4	0.036	3157	0.921	1	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / WR_factor R_free: 0.226 / WR_factor R_work: 0.193 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.815 / SU B: 51.924 / SU ML: 0.413 / SU R Cruickshank DPI: 0.062 / SU R_free: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	1641	5.2 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.202	31597	99.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.47 Å² / B_iso mean: 19.509 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-11.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	22.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7659	0	0	78	7737

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	7827
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5360
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.378	1.975	10612
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.903	3	13073
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.494	5	962
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.953	23.868	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.422	15	1345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.055	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	8618
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.351	1.5	4852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.088	1.5	1918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.696	2	7885
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.256	3	2975
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.091	4.5	2727

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	822	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	959	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
1	822	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	959	MEDIUM THERMAL	0.08	2
2	937	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	1318	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
2	937	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
2	1318	MEDIUM THERMAL	0.08	2
3	731	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	969	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
3	731	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
3	969	MEDIUM THERMAL	0.09	2
4	111	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
4	119	LOOSE POSITIONAL	0.03	5
4	111	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
4	119	LOOSE THERMAL	0.1	10
5	97	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
5	87	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
5	97	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
5	87	LOOSE THERMAL	0.07	10
6	66	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
6	48	LOOSE POSITIONAL	0.03	5
6	66	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
6	48	LOOSE THERMAL	0.03	10

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.422	119	-
R_work	0.351	2051	-
all	-	2170	-
obs	-	-	93.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7316	0.1213	-0.3451	2.9389	0.657	2.0466	0.0436	0.4195	-0.351	-0.438	-0.0365	-0.1684	0.2058	0.2467	-0.0071	0.2899	0.0847	-0.0428	0.2395	-0.0568	0.1756	10.766	-36.073	-27.85
2	6.5283	-16.2818	-6.8559	31.4614	11.498	2.2884	-0.354	-0.4704	-1.7724	1.0451	-0.3278	2.211	0.5917	0.3335	0.6818	1.7836	0.0024	0.285	0.9714	0.0673	1.0755	4.344	-62.014	-22.748
3	4.6826	-0.289	0.17	0.7163	-0.3819	0.0971	-0.0264	-0.0316	-0.682	0.0191	0.0537	0.2947	0.217	-0.1279	-0.0274	0.411	-0.1305	-0.046	0.2092	-0.0995	0.3878	-19.698	-40.996	-22.251
4	12.4026	-3.8434	1.3509	3.4752	-0.0741	3.771	0.3418	-0.6906	-1.9101	0.1684	0.0513	0.4895	1.1491	0.3298	-0.393	0.5763	-0.1121	-0.1886	0.3203	0.1169	0.8056	-29.722	-47.032	-15.675
5	5.3592	0.0054	-1.5088	0.4674	0.0238	0.8887	0.0622	0.0439	-1.4816	-0.0992	0.0745	0.2333	0.4459	-0.0508	-0.1367	0.6149	-0.147	-0.3262	0.2992	-0.0759	1.1561	-31.746	-54.698	-24.764
6	5.1476	1.5862	0.6848	4.188	0.8073	2.751	0.1229	0.3229	0.2432	-0.2711	-0.0405	0.6024	-0.0471	-0.6336	-0.0824	0.2751	-0.0916	-0.1079	0.5694	0.1677	0.6535	-59.544	-32.505	-22.057
7	-3.3377	2.8612	-1.1714	5.2547	7.6817	3.0828	0.7863	-0.8251	0.3682	0.9384	-0.8656	-0.6268	0.237	-0.1701	0.0793	0.9911	-0.37	0.3127	1.5852	0.3168	1.1318	-53.128	-16.813	-1.433
8	7.0729	-0.6802	0.2836	0.5469	0.6482	0.2797	0.1477	-0.2199	-0.6922	0.2277	-0.0464	0.1101	0.2441	-0.1585	-0.1013	0.3134	-0.1132	-0.0897	0.1396	0.0698	0.3249	-29.007	-32.103	-17.332
9	18.41	-0.1424	-2.5389	8.4524	-3.6079	1.9457	0.0577	-2.0484	0.1709	1.2528	0.3273	1.0151	-0.1315	0.2981	-0.385	0.5023	-0.0122	0.0295	0.3271	-0.0779	0.2922	-16.525	-32.579	-10.843
10	1.3943	-0.5765	0.0532	0.8328	0.0755	1.0427	0.0186	-0.2341	-0.2415	0.1142	0.0778	0.252	0.1493	-0.1537	-0.0964	0.2199	-0.0725	-0.0013	0.1499	0.0469	0.158	-16.237	-20.427	-10.072

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 170
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	171 - 225
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	226 - 268
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	289 - 335
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	336 - 544
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	10 - 167
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	168 - 224
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	225 - 268
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	289 - 338
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	339 - 544

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)