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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x7j | ||||||
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タイトル | fucose-bound structure of Marinomonas primoryensis PA14 carbohydrate-binding domain | ||||||
要素 | Antifreeze protein不凍タンパク質 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / fucose-MpPA14 complex / PA14 domain / carbohydrate-binding protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Marinomonas primoryensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.97 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, S. / Davies, P.L. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2021 タイトル: Structural Basis of Ligand Selectivity by a Bacterial Adhesin Lectin Involved in Multispecies Biofilm Formation. 著者: Guo, S. / Vance, T.D.R. / Zahiri, H. / Eves, R. / Stevens, C. / Hehemann, J.H. / Vidal-Melgosa, S. / Davies, P.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6x7j.cif.gz | 141.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6x7j.ent.gz | 104.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6x7j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/6x7j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/6x7j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6x7tC 6x7xC 6x7yC 6x7zC 6x8aC 6x8dC 6x8yC 6x95C 6x9mC 6x9pC 6xa5C 6xacC 6xaqC 5j6yS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 19459.730 Da / 分子数: 1 / 断片: carbohydrate-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Marinomonas primoryensis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A1YIY3 |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 糖 | ChemComp-FUL / |
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#5: 糖 | ChemComp-FUC / |
-非ポリマー , 3種, 358分子
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7 詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M HEPES (pH 7), 20% (v/v) polyethylene glycol 3350 and 30 % (w/v) fucose |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97996 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97996 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.96→39.69 Å / Num. obs: 106862 / % possible obs: 96.87 % / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 7.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 21.6 |
反射 シェル | 解像度: 0.96→1 Å / Rmerge(I) obs: 1.124 / Num. unique obs: 7858 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5j6y 解像度: 0.97→39.69 Å / SU ML: 0.1003 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 11.4915 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 11.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.97→39.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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