登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wug |
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タイトル | Crystal Structure of S. pombe Rai1 in complex with 3'-FADP |
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要素 | Decapping nuclease din1 |
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キーワード | HYDROLASE / FAD / 3'-FADP / RNA / cap / decapping / Rai1 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
5'-hydroxyl dinucleotide hydrolase activity / RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / Las1 complex / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / mRNA processing ...5'-hydroxyl dinucleotide hydrolase activity / RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / Las1 complex / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / mRNA processing / GDP binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol類似検索 - 分子機能 RAI1-like / RAI1 like PD-(D/E)XK nuclease / RAI1-like family類似検索 - ドメイン・相同性 |
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生物種 | Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å |
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データ登録者 | Doamekpor, S.K. / Tong, L. |
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資金援助 | 米国, 1件 組織 | 認可番号 | 国 |
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National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM) | R35GM118093 | 米国 |
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020 タイトル: DXO/Rai1 enzymes remove 5'-end FAD and dephospho-CoA caps on RNAs. 著者: Doamekpor, S.K. / Grudzien-Nogalska, E. / Mlynarska-Cieslak, A. / Kowalska, J. / Kiledjian, M. / Tong, L. |
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履歴 | 登録 | 2020年5月4日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2020年5月20日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2020年6月24日 | Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last |
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改定 1.2 | 2023年10月18日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id |
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改定 1.3 | 2023年11月15日 | Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 |
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