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- PDB-6wty: Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wty
タイトルPlasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 253245
要素
  • 253245 Fab heavy chain
  • 253245 Fab light chain
  • reticulocyte binding protein 2b
キーワードCELL INVASION / invasion / plasmodium vivax / malaria (マラリア) / antibody complex (抗体)
機能・相同性NBD94 domain / Nucleotide-Binding Domain 94 of RH / Reticulocyte binding protein 2, putative
機能・相同性情報
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.481 Å
データ登録者Chan, L.J. / Dietrich, M.H. / Tham, W.H.
資金援助 オーストラリア, 4件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1160042 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1143187 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1154937 オーストラリア
Wellcome Trust208693/Z/17/Z オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Naturally acquired blocking human monoclonal antibodies to Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b.
著者: Chan, L.J. / Gandhirajan, A. / Carias, L.L. / Dietrich, M.H. / Vadas, O. / Visentin, R. / Franca, C.T. / Menant, S. / Soldati-Favre, D. / Mueller, I. / King, C.L. / Tham, W.H.
履歴
登録2020年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: reticulocyte binding protein 2b
J: reticulocyte binding protein 2b
G: reticulocyte binding protein 2b
C: 253245 Fab light chain
B: 253245 Fab heavy chain
F: 253245 Fab light chain
H: 253245 Fab heavy chain
L: 253245 Fab light chain
A: reticulocyte binding protein 2b
K: 253245 Fab heavy chain
E: 253245 Fab heavy chain
I: 253245 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,63812
ポリマ－342,63812
非ポリマー00
水0
1
D: reticulocyte binding protein 2b
F: 253245 Fab light chain
E: 253245 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6603
ポリマ－85,6603
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
J: reticulocyte binding protein 2b
L: 253245 Fab light chain
K: 253245 Fab heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6603
ポリマ－85,6603
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: reticulocyte binding protein 2b
H: 253245 Fab heavy chain
I: 253245 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6603
ポリマ－85,6603
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: 253245 Fab light chain
B: 253245 Fab heavy chain
A: reticulocyte binding protein 2b


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6603
ポリマ－85,6603
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.559, 78.189, 312.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
reticulocyte binding protein 2b


分子量: 36519.789 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (strain Salvador I) (マラリア 病原虫)
株: Salvador I / 遺伝子: PVX_094255 / プラスミド: pET32a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 / 参照: UniProt: A5K736
#2: 抗体
253245 Fab light chain


分子量: 23470.975 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
253245 Fab heavy chain


分子量: 25668.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.95 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.2 M sodium dihydrogen phosphate pH 4.0, 16% (w/v) PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.48→48.795 Å / Num. obs: 43497 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.388 % / Biso Wilson estimate: 60.59 Å2 / CC1/2: 0.85 / Rmerge(I) obs: 0.772 / Rrim(I) all: 0.857 / Χ2: 0.613 / Net I/σ(I): 2.54 / Num. measured all: 234345
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.48-3.695.0592.8560.5333144703665510.1313.17993.1
3.69-3.945.6352.1330.8437325663466240.2532.35499.8
3.94-4.265.5871.2741.4634311615061410.5231.40999.9
4.26-4.665.4540.8482.1831044571156920.70.9499.7
4.66-5.25.1430.6542.6526573519151670.7180.73299.5
5.2-65.4550.6772.5224859456745570.7170.75399.8
6-7.325.6390.543.1221889388638820.7870.59799.9
7.32-10.245.1780.1937.4915917308030740.9750.21599.8
10.24-48.7955.1320.12510.99283183718090.9870.13998.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W53

5w53


解像度: 3.481→48.701 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1498.83 / 位相誤差: 42.24 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: Pseudo-merohedral twinning was detected. Therefore the structure was refined in the presence of the twinning operator (h, -k, -h-l) yielding an associated twin fraction of 0.15.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3011 2058 4.75 %
Rwork0.2619 41297 -
obs0.2666 43318 98.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.14 Å2 / Biso mean: 74.7432 Å2 / Biso min: 32.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.481→48.701 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19922 0 0 0 19922
残基数----2891
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4848-3.57190.35211100.31272514262480
3.5719-3.66840.32671440.30082921306595
3.6684-3.77630.35841470.29732977312495
3.7763-3.89810.33411430.28622998314195
3.8981-4.03720.34151430.28362917306095
4.0372-4.19870.33611430.27662965310895
4.1987-4.38960.31361520.27272996314895
4.3896-4.62060.30921370.25472948308595
4.6206-4.90960.32211480.25422949309795
4.9096-5.28780.27981390.25272980311995
5.2878-5.81840.30041470.26933010315795
5.8184-6.65680.33011440.28072980312495
6.6568-8.37320.24511450.24093024316995
8.3732-39.02760.25381550.23313118327395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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