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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wts | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the C. sordellii lethal toxin TcsL in complex with SEMA6A | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN/TOXIN / cryoEM (低温電子顕微鏡法) / signaling protein-toxin complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cell adhesion involved in sprouting angiogenesis / semaphorin receptor binding / negative regulation of sprouting angiogenesis / Other semaphorin interactions / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of neuron migration / chemorepellent activity / 神経堤 / host cell cytosol ...negative regulation of cell adhesion involved in sprouting angiogenesis / semaphorin receptor binding / negative regulation of sprouting angiogenesis / Other semaphorin interactions / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of neuron migration / chemorepellent activity / 神経堤 / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / negative chemotaxis / glycosyltransferase activity / semaphorin-plexin signaling pathway / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / cysteine-type peptidase activity / cytoskeleton organization / negative regulation of angiogenesis / host cell endosome membrane / 軸索誘導 / animal organ morphogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nervous system development / toxin activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / 神経繊維 / apoptotic process / host cell plasma membrane / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Paeniclostridium sordellii (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kucharska, I. / Rubinstein, J.L. / Julien, J.P. | ||||||||||||
資金援助 | カナダ, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2020 タイトル: Recognition of Semaphorin Proteins by P. sordellii Lethal Toxin Reveals Principles of Receptor Specificity in Clostridial Toxins. 著者: Hunsang Lee / Greg L Beilhartz / Iga Kucharska / Swetha Raman / Hong Cui / Mandy Hiu Yi Lam / Huazhu Liang / John L Rubinstein / Daniel Schramek / Jean-Philippe Julien / Roman A Melnyk / Mikko Taipale / 要旨: Pathogenic clostridial species secrete potent toxins that induce severe host tissue damage. Paeniclostridium sordellii lethal toxin (TcsL) causes an almost invariably lethal toxic shock syndrome ...Pathogenic clostridial species secrete potent toxins that induce severe host tissue damage. Paeniclostridium sordellii lethal toxin (TcsL) causes an almost invariably lethal toxic shock syndrome associated with gynecological infections. TcsL is 87% similar to C. difficile TcdB, which enters host cells via Frizzled receptors in colon epithelium. However, P. sordellii infections target vascular endothelium, suggesting that TcsL exploits another receptor. Here, using CRISPR/Cas9 screening, we establish semaphorins SEMA6A and SEMA6B as TcsL receptors. We demonstrate that recombinant SEMA6A can protect mice from TcsL-induced edema. A 3.3 Å cryo-EM structure shows that TcsL binds SEMA6A with the same region that in TcdB binds structurally unrelated Frizzled. Remarkably, 15 mutations in this evolutionarily divergent surface are sufficient to switch binding specificity of TcsL to that of TcdB. Our findings establish semaphorins as physiologically relevant receptors for TcsL and reveal the molecular basis for the difference in tissue targeting and disease pathogenesis between highly related toxins. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wts.cif.gz | 235.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wts.ent.gz | 180 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wts.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/6wts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/6wts | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63857.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEMA6A, KIAA1368, SEMAQ / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H2E6 #2: タンパク質 | | 分子量: 63315.875 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1285-1804 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paeniclostridium sordellii (バクテリア) 遺伝子: tcsL, JGS6382_PCS1300041 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: V5T923, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの #3: 多糖 | #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 45.24 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: その他 / 詳細: Dataset was collected with FEI Falcon IV. |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18rc5_3822: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 179188 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6C0B | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 76.11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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