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- PDB-6w6m: Single particle cryoEM structure of V. cholerae Type IV competenc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w6m
タイトルSingle particle cryoEM structure of V. cholerae Type IV competence pilus secretin PilQ
要素Type IV pilus secretin PilQ family protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / secretion system (分泌) / outer membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus assembly / protein secretion by the type II secretion system / protein secretion / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Type IV pilus secretin PilQ / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV pilus secretin PilQ family protein / Fimbrial assembly protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sazinsky, M.H. / Weaver, S.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128674 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: CryoEM structure of the type IVa pilus secretin required for natural competence in Vibrio cholerae.
著者: Sara J Weaver / Davi R Ortega / Matthew H Sazinsky / Triana N Dalia / Ankur B Dalia / Grant J Jensen /
要旨: Natural transformation is the process by which bacteria take up genetic material from their environment and integrate it into their genome by homologous recombination. It represents one mode of ...Natural transformation is the process by which bacteria take up genetic material from their environment and integrate it into their genome by homologous recombination. It represents one mode of horizontal gene transfer and contributes to the spread of traits like antibiotic resistance. In Vibrio cholerae, a type IVa pilus (T4aP) is thought to facilitate natural transformation by extending from the cell surface, binding to exogenous DNA, and retracting to thread this DNA through the outer membrane secretin, PilQ. Here, we use a functional tagged allele of VcPilQ purified from native V. cholerae cells to determine the cryoEM structure of the VcPilQ secretin in amphipol to ~2.7 Å. We use bioinformatics to examine the domain architecture and gene neighborhood of T4aP secretins in Proteobacteria in comparison with VcPilQ. This structure highlights differences in the architecture of the T4aP secretin from the type II and type III secretion system secretins. Based on our cryoEM structure, we design a series of mutants to reversibly regulate VcPilQ gate dynamics. These experiments support the idea of VcPilQ as a potential druggable target and provide insight into the channel that DNA likely traverses to promote the spread of antibiotic resistance via horizontal gene transfer by natural transformation.
履歴
登録2020年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21559
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type IV pilus secretin PilQ family protein
B: Type IV pilus secretin PilQ family protein
C: Type IV pilus secretin PilQ family protein
D: Type IV pilus secretin PilQ family protein
E: Type IV pilus secretin PilQ family protein
F: Type IV pilus secretin PilQ family protein
G: Type IV pilus secretin PilQ family protein
H: Type IV pilus secretin PilQ family protein
I: Type IV pilus secretin PilQ family protein
J: Type IV pilus secretin PilQ family protein
K: Type IV pilus secretin PilQ family protein
L: Type IV pilus secretin PilQ family protein
M: Type IV pilus secretin PilQ family protein
N: Type IV pilus secretin PilQ family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)874,42914
ポリマ－874,42914
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, single particle cryogenic electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area128550 Å2
ΔGint-448 kcal/mol
Surface area275400 Å2

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要素

#1: タンパク質
Type IV pilus secretin PilQ family protein


分子量: 62459.188 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: TND1751 / 参照: UniProt: A0A2V4P274, UniProt: Q9KNV0*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Vibrio cholerae Type IV competence pilus secretin PilQ
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.826 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: TND1751
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris HCl1
2300 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The protein was purified using Ni NTA agarose beads (Anatrace, SUPER-NINTA25) and concentrated to ~1 mg/mL. PilQ was then exchanged into Amphipol A8-35 (0.585 mg for a 3:1 ratio, Anatrace, ...詳細: The protein was purified using Ni NTA agarose beads (Anatrace, SUPER-NINTA25) and concentrated to ~1 mg/mL. PilQ was then exchanged into Amphipol A8-35 (0.585 mg for a 3:1 ratio, Anatrace, A835). BioBeads were used to remove excess DDM and the sample was concentrated to ~0.8 mg/mL
試料支持詳細: Pelco EasiGlow, 20 mA, 60 seconds / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K / 詳細: blot force -6, blot time 4 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 30000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3.7 sec. / 電子線照射量: 1.5 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3808
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFINDCTF補正whole micrographs
5RELIONCTF補正Per particle CtfRefine
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
13RELION３次元再構成
20PHENIX1.16-dev3549モデル精密化
画像処理詳細: MotionCor2 was used for motion correction and dose weighting of 3,808 movies. CTF correction was used to evaluate micrograph quality. 2,510 micrographs were selected for particle picking.
CTF補正詳細: First whole micrograph correction with CtfFind4. Then per particle CTF Refinement in Relion.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 252319
詳細: CryoSPARC blob picking on 2,510 micrographs yielded 3,100,353 potential particles. After inspection in the cryoSPARC GUI, the 252,319 particles were extracted.
対称性点対称性: C14 (14回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100543 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00844226
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.84760046
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.42527146
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0537392
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0067798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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