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万見
- PDB-6vtr: Crystal structure of G16S human Galectin-7 mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vtr
タイトルCrystal structure of G16S human Galectin-7 mutant
要素Galectin-7
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Human Galectin-7 / lactose-furanose
機能・相同性
機能・相同性情報


heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pham, N.T.H. / Calmettes, C. / Doucet, N.
資金援助 カナダ, 米国, 6件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN 2016-05557 カナダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM105978 米国
Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQS)Research Scholar Senior Career Award (281993) カナダ
Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQS)Junior 1 (251848) カナダ
RGPIN-2017-06091 カナダ
Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQS)Doctoral Training scholarship (287239) カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Perturbing dimer interactions and allosteric communication modulates the immunosuppressive activity of human galectin-7.
著者: Pham, N.T.H. / Letourneau, M. / Fortier, M. / Begin, G. / Al-Abdul-Wahid, M.S. / Pucci, F. / Folch, B. / Rooman, M. / Chatenet, D. / St-Pierre, Y. / Lague, P. / Calmettes, C. / Doucet, N.
履歴
登録2020年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-7
B: Galectin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2064
ポリマ－29,9922
非ポリマー2142
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.010, 66.700, 71.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Galectin-7 / / Gal-7 / HKL-14 / PI7 / p53-induced gene 1 protein


分子量: 14995.877 Da / 分子数: 2 / 変異: G16S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS7, PIG1, LGALS7B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47929
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8.0, 20 % PEG 3350, 17.5 % Glycerol
Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月19日 / 詳細: 16 tiled fiber-optic tapers
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal mochochromator (DCM)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.75 Å / Num. obs: 19128 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 9.641 % / Biso Wilson estimate: 43.62 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1.055 / Net I/σ(I): 20.41 / Num. measured all: 184406 / Scaling rejects: 20
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-2.018.8442.3770.8616751320618940.422.52559.1
2.01-2.149.3711.3351.7725003298326680.6861.41289.4
2.14-2.2810.0460.6963.7924642250924530.9210.73397.8
2.28-2.459.9840.4166.1222744233322780.9610.43897.6
2.45-2.649.9830.23810.2419197194819230.9880.25198.7
2.64-2.869.8810.15714.7516235167516430.9940.16698.1
2.86-3.139.8190.08725.8814070144514330.9980.09299.2
3.13-3.459.7760.05138.4911546119911810.9990.05498.5
3.45-3.859.6410.03552.36961210049970.9990.03799.3
3.85-4.359.6360.02961.85745878177410.0399.1
4.35-59.4970.02470.54594563162610.02599.2
5-48.758.9050.02271.55112031267125810.02499.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.94 Å48.75 Å
Translation5.94 Å48.75 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIXdev_2481精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER2.7.12位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1bkz

1bkz


解像度: 2.3→48.75 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2558 1164 9.88 %
Rwork0.2031 10616 -
obs0.2084 11780 98.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.77 Å2 / Biso mean: 60.8482 Å2 / Biso min: 26.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→48.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2093 0 14 55 2162
Biso mean--53.9 47.4 -
残基数----266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022184
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5772965
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004403
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.031320
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3-2.40470.34081350.2913129398
2.4047-2.53150.34591460.2845128998
2.5315-2.69010.35271420.2833130298
2.6901-2.89770.30181420.2605130799
2.8977-3.18930.30471470.2357132499
3.1893-3.65070.25741390.1978132399
3.6507-4.59890.19571530.1663135199
4.5989-48.750.23241600.1692142799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.853-1.8357-2.03618.9405-2.43173.1668-0.37420.25550.26840.60280.56250.29950.18371.6004-0.21440.726-0.1088-0.05650.5076-0.20610.546226.768-2.93490.7825
24.7808-0.58471.11346.52364.7768.9092-0.27220.30561.2364-0.35540.37760.3833-1.09681.0535-0.22460.69540.03770.12790.45020.13650.570524.80042.2647-14.8596
33.2534-1.78280.65562.8983-0.17430.8007-0.128-0.180.26130.16950.0861-0.3606-0.11440.02240.06710.37760.04240.00810.49070.01010.419523.8961-14.2882-1.5888
46.00983.9891-4.00264.26-1.02094.30190.2349-0.81881.77081.27071.0436-0.44640.01460.5013-1.27670.8230.02210.07630.8341-0.16181.087715.35692.60980.6442
53.2215-0.03210.57951.88610.67873.92990.14580.1829-0.02230.0856-0.19170.00710.0668-0.17170.03680.333-0.0260.00050.37520.02080.396713.9558-15.0324-3.7269
66.2887-2.73880.46611.0828-0.04342.65370.29230.30510.0357-0.2499-0.16490.01080.0781-0.1725-0.1490.3955-0.09080.03640.37770.02270.419115.5663-15.6603-5.4495
76.359-1.6991-0.3116.24170.38112.3017-0.02451.70630.4034-0.2827-0.1210.0532-0.34130.11080.12970.342-0.03050.02110.53290.08910.398621.4046-9.5182-15.481
82.1116-3.7949-1.03439.0996-0.6959.99630.44060.73330.0343-0.4316-1.0657-0.72190.00550.00770.75720.5014-0.05890.06450.51990.02620.43121.5885-18.7631-15.2474
95.1-0.1406-2.46457.917-1.73261.97150.30060.54040.6032-0.8293-0.10360.56950.1042-0.026-0.13920.43670.0534-0.03510.57780.27370.612813.0245-4.3193-14.433
107.5606-3.14052.86236.3471-0.55574.7932-0.43680.30910.22450.08161.49091.1495-0.7905-0.2798-0.94410.4629-0.08940.08130.67160.07780.639219.78761.0005-4.9807
111.2127-1.44021.40573.1011-0.97834.90690.06190.10240.260.09070.00430.1417-0.29320.1787-0.01660.3922-0.0334-0.00960.49770.02260.458829.3286-10.5311-2.0672
122.4901-3.11870.58836.38280.03354.59370.02420.1095-1.0419-1.71570.29680.71241.5943-0.431-0.16591.8375-0.38250.08080.8165-0.01190.944931.6892-17.6637-32.7995
131.0396-0.3438-1.17835.736-1.09565.00350.05520.1364-0.6178-0.56980.46220.87960.3711-1.1512-0.35450.4756-0.174-0.01260.85460.08260.505527.0773-9.5554-24.4357
144.6881-0.1692-0.49991.47450.53920.2089-0.65560.2751-0.2748-2.269-0.7838-1.94772.27711.24870.82811.07030.28650.55140.81660.37051.141844.7721-14.4654-25.8765
152.18381.09240.47792.49432.27116.32170.29720.6193-0.9501-2.1502-0.3577-1.08912.2745-0.00430.05961.6090.03240.30220.78790.0580.690438.9658-9.1464-35.8851
161.0818-0.5895-0.64520.28440.31850.39130.86970.3788-0.2884-0.1411-2.2769-2.87350.38522.17430.63330.6770.21060.10911.34140.58711.493252.1452-6.1825-24.2102
173.79021.2507-2.98293.64272.1647.971-0.3980.6013-0.9902-0.8874-0.22-0.03760.6915-0.39630.4740.9731-0.06690.31770.5966-0.00670.670640.9458-2.0794-36.7401
183.9001-1.1412-0.33723.6325-1.2970.5662-0.6379-0.02470.3383-0.873-0.4662-1.26031.250.24650.80590.64-0.03450.10620.61110.20990.661546.6344-1.4025-26.9561
192.2504-0.07950.10084.6769-0.06074.2982-0.39310.1971-0.02540.08160.0086-0.74890.2510.1440.35220.4799-0.00840.09220.55460.18840.579938.7804-8.3585-19.2117
205.5170.87930.45272.57430.0953.50790.0351-0.09050.188-0.73770.3436-0.08760.6941-0.7086-0.34730.5863-0.11620.05480.48050.12470.357435.1319-1.2427-26.4794
212.1241-0.47732.11426.682-3.85939.02020.08140.68710.2506-2.1257-0.6384-0.6391.31461.70540.73711.7915-0.14740.23060.818-0.05430.713935.4932-14.3337-32.9701
227.0424-0.2402-1.30792.46240.48534.37080.22880.0087-0.4378-0.5662-0.4667-0.79630.63530.4080.11070.72060.01920.17170.64430.06390.584838.0175-19.1349-22.8021
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:10)A2 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 11:17)A11 - 17
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 18:37)A18 - 37
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 38:45)A38 - 45
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 46:64)A46 - 64
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 65:87)A65 - 87
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 88:101)A88 - 101
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 102:107)A102 - 107
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 108:116)A108 - 116
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 117:122)A117 - 122
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 123:135)A123 - 135
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 4:11)B4 - 11
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 12:20)B12 - 20
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 21:39)B21 - 39
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 40:51)B40 - 51
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 52:60)B52 - 60
17X-RAY DIFFRACTION17(chain B and resid 61:67)B61 - 67
18X-RAY DIFFRACTION18(chain B and resid 68:80)B68 - 80
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 81:102)B81 - 102
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 103:118)B103 - 118
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 119:124)B119 - 124
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 125:135)B125 - 135

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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