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万見
- PDB-6uh8: Crystal structure of DAD2 N242I mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6uh8
タイトルCrystal structure of DAD2 N242I mutant
要素Decreased Apical Dominance 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Strigolactone receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


strigolactone biosynthetic process / secondary shoot formation / hydrolase activity, acting on ester bonds / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Strigolactone esterase D14 family / Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable strigolactone esterase DAD2 / DAD2
類似検索 - 構成要素
生物種Petunia hybrida (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Sharma, P. / Hamiaux, C. / Snowden, K.C.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Royal Society of New ZealandPAF1301 ニュージーランド
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Flexibility of the petunia strigolactone receptor DAD2 promotes its interaction with signaling partners.
著者: Lee, H.W. / Sharma, P. / Janssen, B.J. / Drummond, R.S.M. / Luo, Z. / Hamiaux, C. / Collier, T. / Allison, J.R. / Newcomb, R.D. / Snowden, K.C.
#1: ジャーナル: Curr. Biol. / 年: 2012
タイトル: DAD2 is an alpha/beta hydrolase likely to be involved in the perception of the plant branching hormone, strigolactone.
著者: Hamiaux, C. / Drummond, R.S. / Janssen, B.J. / Ledger, S.E. / Cooney, J.M. / Newcomb, R.D. / Snowden, K.C.
履歴
登録2019年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Decreased Apical Dominance 2
B: Decreased Apical Dominance 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,80316
ポリマ－59,7702
非ポリマー1,03314
水7,927440
1
A: Decreased Apical Dominance 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1974
ポリマ－29,8851
非ポリマー3123
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Decreased Apical Dominance 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,60712
ポリマ－29,8851
非ポリマー72111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area21190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.736, 133.736, 99.764
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 2 - 265 / Label seq-ID: 4 - 267

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Decreased Apical Dominance 2 / DAD2


分子量: 29885.219 Da / 分子数: 2 / 変異: N242I, C89Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Petunia hybrida (ナス科) / 遺伝子: dad2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta Gami 2 / 参照: UniProt: L7MTK5, UniProt: J9U5U9*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 454分子

#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5 1.58-1.72 M MgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953736 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953736 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→45.86 Å / Num. obs: 138411 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.58-1.6118.92.18812877968180.7280.5172.2481.6100
8.65-45.81180.0351603989110.0090.03672.299.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.75 Å45.81 Å
Translation6.75 Å45.81 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.31データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DNP

4dnp


解像度: 1.58→45.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.854 / SU ML: 0.042 / SU R Cruickshank DPI: 0.0752 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.052
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1649 9970 7.2 %RANDOM
Rwork0.138 ---
obs0.1399 128380 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.15 Å2 / Biso mean: 26.861 Å2 / Biso min: 15.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.48 Å20.74 Å20 Å2
2--1.48 Å2-0 Å2
3----4.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→45.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4142 0 58 440 4640
Biso mean--41.07 42.02 -
残基数----528
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0134459
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.741.6296085
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5691.579544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8355560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.71120.324247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.97415696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.061541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021045
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.78238603
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free41.6385313
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded25.25758623
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8537 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 709 -
Rwork0.274 9482 -
all-10191 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00070.0047-0.0010.0341-0.00760.00170.000900.00070.0019-0.00030.0077-0.00030.0001-0.00070.0030.0004-00.00070.00010.087337.6053.173-4.278
20.0545-0.00650.00960.01470.00720.0129-00.00720.00480-0.00140.00110.00010.00060.00140-00.00030.0010.00080.08253.19335.66-10.737
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 265
2X-RAY DIFFRACTION1A301
3X-RAY DIFFRACTION2B2 - 265
4X-RAY DIFFRACTION2B301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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