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- PDB-4dnp: Crystal Structure of DAD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dnp
タイトルCrystal Structure of DAD2
要素DAD2
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


strigolactone biosynthetic process / secondary shoot formation / hydrolase activity, acting on ester bonds / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / Probable strigolactone esterase DAD2
類似検索 - 構成要素
生物種Petunia hybrida (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Hamiaux, C.
引用ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2012
タイトル: DAD2 Is an alpha/beta Hydrolase likely to Be Involved in the Perception of the Plant Branching Hormone, Strigolactone
著者: Hamiaux, C. / Drummond, R.S. / Janssen, B.J. / Ledger, S.E. / Cooney, J.M. / Newcomb, R.D. / Snowden, K.C.
履歴
登録2012年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DAD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1083
ポリマ－29,8611
非ポリマー2462
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: DAD2
ヘテロ分子

A: DAD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2156
ポリマ－59,7222
非ポリマー4934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area22060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.260, 129.260, 129.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
詳細This protein behaves as a monomer on gel filtration column

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要素

#1: タンパク質 DAD2


分子量: 29861.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: gene was codon optimized for E.coli expression / 由来: (組換発現) Petunia hybrida (ナス科) / 遺伝子: dad2 / プラスミド: pDEST566 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta gami 2 / 参照: UniProt: J9U5U9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-DTV / (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.1
詳細: (NH4)2HPO4 0.6M, pH 7.1, vapor diffusion, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.979417 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→40.876 Å / Num. all: 19684 / Num. obs: 19684 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.7 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rsym value: 0.126 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.15-2.2722.10.4587.76282828480.458100
2.27-2.4220.3529.75920426920.352100
2.4-2.57220.26512.35545625210.265100
2.57-2.7821.90.215.55182623670.2100
2.78-3.0421.80.14220.84750921810.142100
3.04-3.421.60.11527.24337020050.115100
3.4-3.9321.30.09832.93691717320.098100
3.93-4.81200.07736.63000214970.077100
4.81-6.821.90.0835.42566611700.08100
6.8-40.876210.05640.4141216710.05699.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 32.08 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å40.88 Å
Translation2.5 Å40.88 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→40.876 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.2082 / WRfactor Rwork: 0.1658 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8912 / SU B: 8.332 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.1778 / SU Rfree: 0.1607 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2106 1006 5.1 %RANDOM
Rwork0.167 18665 --
obs0.1692 19671 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.69 Å2 / Biso mean: 26.5934 Å2 / Biso min: 8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.161 Å0.178 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→40.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2064 0 14 182 2260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222137
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4911.9552904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9613.0013474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9215264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.14722.5100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.76215332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0051519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7661.51310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2071.5533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47122111
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.53827
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.054.5792
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 79 -
Rwork0.175 1372 -
all-1451 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -44.594 Å / Origin y: -43.472 Å / Origin z: 8.513 Å
111213212223313233
T0.1078 Å20.0304 Å2-0.0818 Å2-0.0499 Å20.001 Å2--0.0911 Å2
L3.0324 °2-0.395 °20.278 °2-1.4501 °2-0.1872 °2--1.2537 °2
S-0.153 Å °-0.2391 Å °0.1327 Å °0.0647 Å °0.0455 Å °-0.0938 Å °-0.1377 Å °0.021 Å °0.1076 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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