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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tvt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the haemagglutinin mutant (Gln226Leu, Del228) from an H10N7 seal influenza virus isolated in Germany in complex with human receptor analogue 6'-SLN | ||||||
要素 | (Hemagglutinin ...ヘマグルチニン) x 2 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / receptor binding (受容体) / fusion of virus membrane with host plasma membrane | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, J. / Xiong, X. / Purkiss, A. / Walker, P. / Gamblin, S. / Skehel, J.J. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020 タイトル: Hemagglutinin Traits Determine Transmission of Avian A/H10N7 Influenza Virus between Mammals. 著者: Herfst, S. / Zhang, J. / Richard, M. / McBride, R. / Lexmond, P. / Bestebroer, T.M. / Spronken, M.I.J. / de Meulder, D. / van den Brand, J.M. / Rosu, M.E. / Martin, S.R. / Gamblin, S.J. / ...著者: Herfst, S. / Zhang, J. / Richard, M. / McBride, R. / Lexmond, P. / Bestebroer, T.M. / Spronken, M.I.J. / de Meulder, D. / van den Brand, J.M. / Rosu, M.E. / Martin, S.R. / Gamblin, S.J. / Xiong, X. / Peng, W. / Bodewes, R. / van der Vries, E. / Osterhaus, A.D.M.E. / Paulson, J.C. / Skehel, J.J. / Fouchier, R.A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tvt.cif.gz | 300.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tvt.ent.gz | 242.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tvt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/6tvt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6tjwC 6tjyC 6tvaC 6tvbC 6tvcC 6tvdC 6tvfC 6tvrC 6tvsC 6twhC 6twiC 6twsC 6twvC 6txoC 6ty1C 4d00S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 35427.059 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/harbour seal/Germany/1/2014(H10N7)) (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Sf9 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0A7HR51 #2: タンパク質 | 分子量: 20313.389 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/harbour seal/Germany/1/2014(H10N7)) (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): Sf9 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0A7HR51 |
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-糖 , 4種, 7分子
#3: 多糖 | #4: 多糖 | #5: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 6'-sialyl-N-acetyllactosamine | #7: 糖 | |
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-非ポリマー , 2種, 309分子
#6: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% PEG6000, 0.1M bicine pH9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→80.25 Å / Num. obs: 116210 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 5758 / CC1/2: 0.691 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4D00 解像度: 2.2→79.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.188 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 102.93 Å2 / Biso mean: 53.3847 Å2 / Biso min: 28.27 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→79.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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