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- PDB-6tvn: Crystal Structure of 5-bromoindoline-2,3-dione covalently bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tvn
タイトルCrystal Structure of 5-bromoindoline-2,3-dione covalently bound to the PH domain of Bruton's tyrosine kinase
要素Tyrosine-protein kinase BTK
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / BTK / Covalent fragments / surface entrophy reduction / crystal engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of B cell cytokine production / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / regulation of B cell apoptotic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / histamine secretion by mast cell / positive regulation of synoviocyte proliferation ...regulation of B cell cytokine production / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / regulation of B cell apoptotic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / histamine secretion by mast cell / positive regulation of synoviocyte proliferation / neutrophil homeostasis / cellular response to molecule of fungal origin / positive regulation of type I hypersensitivity / cellular response to interleukin-7 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / phospholipase activator activity / negative regulation of interleukin-10 production / B cell activation / negative regulation of B cell proliferation / Fc-epsilon receptor signaling pathway / phospholipase binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / mesoderm development / positive regulation of immunoglobulin production / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of B cell proliferation / cell maturation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / calcium-mediated signaling / apoptotic signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / G beta:gamma signalling through BTK / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / cellular response to reactive oxygen species / positive regulation of interleukin-6 production / peptidyl-tyrosine phosphorylation / G alpha (12/13) signalling events / positive regulation of tumor necrosis factor production / DAP12 signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle / G alpha (q) signalling events / protein tyrosine kinase activity / Potential therapeutics for SARS / response to lipopolysaccharide / 獲得免疫系 / intracellular signal transduction / 脂質ラフト / protein phosphorylation / 自然免疫系 / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3ドメイン ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3ドメイン / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
5-bromanyl-1,3-dihydroindol-2-one / Tyrosine-protein kinase BTK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Brear, P. / Wagstaff, J. / Hyvonen, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of 1-methylindoline-2,3-dione covalently bound to the PH domain of Bruton's tyrosine kinase mutant R28C
著者: Brear, P. / Fischer, G. / May, M. / Pantelejevs, T. / Mathieu, R. / Rossmann, M. / Wagstaff, J. / Blaszczyk, B. / Hyvonen, M.
履歴
登録2020年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase BTK
B: Tyrosine-protein kinase BTK
C: Tyrosine-protein kinase BTK
D: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,96214
ポリマ－79,8044
非ポリマー1,15810
水61334
1
A: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2534
ポリマ－19,9511
非ポリマー3023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2283
ポリマ－19,9511
非ポリマー2772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2283
ポリマ－19,9511
非ポリマー2772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2534
ポリマ－19,9511
非ポリマー3023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.775, 65.400, 79.752
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Tyrosine-protein kinase BTK / Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase


分子量: 19950.949 Da / 分子数: 4 / 断片: PH DOMAIN AND BTK MOTIF / 変異: C145A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTK, AGMX1, ATK, BPK / プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q06187, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-NYQ / 5-bromanyl-1,3-dihydroindol-2-one / 5-ブロモインドリン-2-オン


分子量: 212.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6BrNO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.36 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS 8.5 pH, 32.5% w/v PEG 3350, 200mM MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→66.45 Å / Num. obs: 30254 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 50.62 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 201455 / Scaling rejects: 301
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.31-2.376.61.6591457222240.5350.7011.8041.5100
10.33-66.456.10.03622403690.9990.0160.0435.399.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BTK

1btk


解像度: 2.31→66.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU R Cruickshank DPI: 0.393 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.362 / SU Rfree Blow DPI: 0.238 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.247
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1494 4.96 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.227 30112 99.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 136.23 Å2 / Biso mean: 53.75 Å2 / Biso min: 12.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.4849 Å20 Å2-3.1081 Å2
2---3.4123 Å20 Å2
3---6.8972 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.31→66.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5124 0 50 36 5210
Biso mean--68.59 34.63 -
残基数----615
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1897SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes127HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes790HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5341HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd5SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion664SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5848SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5341HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7210HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.69
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3657 149 5.09 %
Rwork0.3122 2781 -
all0.3149 2930 -
obs--98.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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