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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tud | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Y. pestis penicillin-binding protein 3 | ||||||
要素 | Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI | ||||||
キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN / Class B PBP / Yersinia pestis / HMM transpeptidase / periplasmic protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / FtsZ-dependent cytokinesis / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Yersinia pestis (ペスト菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Pankov, G. / Hunter, W.N. / Dawson, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The structure of penicillin-binding protein 3 from Yersinia pestis 著者: Pankov, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tud.cif.gz | 191.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tud.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6tud.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tud_validation.pdf.gz | 442.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6tud_full_validation.pdf.gz | 450.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6tud_validation.xml.gz | 32 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tud_validation.cif.gz | 43 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/6tud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/6tud | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59558.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: ftsI, YPO0549 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q0WJB8, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1 uL of protein (in 20 mM Tris-HCl pH 7.5 150 mM NaCl and 2 mM carbenicillin) at 7 mg/ml and 0.2 uL of precipitant (0.2 M magnesium acetate, 6% gamma-PGA (Na+ form, LM) and 6% PEG8000) ...詳細: 1 uL of protein (in 20 mM Tris-HCl pH 7.5 150 mM NaCl and 2 mM carbenicillin) at 7 mg/ml and 0.2 uL of precipitant (0.2 M magnesium acetate, 6% gamma-PGA (Na+ form, LM) and 6% PEG8000) Crystals were then dehydrated by replacing 50% of the reservoir solution with 50% PEG10000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9196 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9196 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→29.64 Å / Num. obs: 33546 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 50.6 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.15 Å / Rmerge(I) obs: 1.099 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4365 / CC1/2: 0.941 / Rpim(I) all: 0.518 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6SYN 解像度: 3→29.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 26.209 / SU ML: 0.403 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.048 / ESU R Free: 0.398 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 82.519 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→29.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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