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- PDB-6trp: Solution Structure of Docking Domain Complex of Pax NRPS: PaxC ND... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6trp
タイトルSolution Structure of Docking Domain Complex of Pax NRPS: PaxC NDD - PaxB CDD
要素Peptide synthetase XpsB,Peptide synthetase XpsB
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / Protein (タンパク質) / NRPS / Docking Domains / Communication-Mediating Domains
機能・相同性
機能・相同性情報


オルニチンラセマーゼ / (2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase / ornithine racemase activity / フェニルアラニンラセマーゼ (ATP加水分解) / O-スクシニル安息香酸CoAリガーゼ / o-succinylbenzoate-CoA ligase activity / phenylalanine racemase (ATP-hydrolyzing) activity / 2,3-dihydroxybenzoate--[aryl-carrier protein] ligase / biosynthetic process / phosphopantetheine binding
類似検索 - 分子機能
チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. ...チオエステル加水分解酵素 / Thioesterase domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide synthetase XpsB / Peptide synthetase XpsB
類似検索 - 構成要素
生物種Xenorhabdus bovienii SS-2004 (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Watzel, J. / Hacker, C. / Duchardt-Ferner, E. / Bode, H.B. / Woehnert, J.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: A New Docking Domain Type in the Peptide-Antimicrobial-Xenorhabdus Peptide Producing Nonribosomal Peptide Synthetase fromXenorhabdus bovienii.
著者: Watzel, J. / Hacker, C. / Duchardt-Ferner, E. / Bode, H.B. / Wohnert, J.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide synthetase XpsB,Peptide synthetase XpsB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8421
ポリマ－9,8421
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8260 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Peptide synthetase XpsB,Peptide synthetase XpsB


分子量: 9841.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenorhabdus bovienii SS-2004 (バクテリア)
遺伝子: XBJ1_2151, XBJ1_2152 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: D3V3G2, UniProt: D3V3G3, (2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate synthase, オルニチンラセマーゼ, フェニルアラニンラセマーゼ (ATP加水分解), O-スクシニル安息香酸CoAリガーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC, 3D b-tr-HN(CA)CB, 3D b-tr-HNCO, 3D HC(C)H-TOCSY
121isotropic22D 1H-15N HSQC, 3D (H)CCH-TOCSY
132isotropic32D 1H-15N HSQC, 3D HBHA(CO)NH, 3D HN(CA)CO, 3D H(CCO)NH
143isotropic42D 1H-15N HSQC, 3D 1H-15N NOESY
152isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic, 3D 1H-13C NOESY aliphatic
162isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic, 3D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1370 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] PaxC NDD 12.5xGS Y-PaxB CDD, 90% H2O/10% D2O15N,13C_sample#190% H2O/10% D2O
solution21620 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] PaxC NDD 12.5xGS Y-PaxB CDD, 90% H2O/10% D2O15N,13C_sample#290% H2O/10% D2O
solution3730 uM [U-99% 15N] PaxC NDD 12.5xGS Y-PaxB CDD, 90% H2O/10% D2O15N_sample#190% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
370 uMPaxC NDD 12.5xGS Y-PaxB CDD[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1620 uMPaxC NDD 12.5xGS Y-PaxB CDD[U-99% 13C; U-99% 15N]2
730 uMPaxC NDD 12.5xGS Y-PaxB CDD[U-99% 15N]3
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: AMBIENT bar / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.97Guentert, Peter精密化
CARA1.8.4.2Keller, Rochus and Wuethrich, Kurtchemical shift assignment
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNデータ解析
UNIO10Herrmann, Thorsten, Guentert, Peter and Wuethrich, Kurtpeak picking
CYANAGuentert, Peter, Mumenthaler, Christian and Wuethrich, Kurtstructure calculation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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