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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t8h | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the DNA-bound PolD-PCNA processive complex from P. abyssi | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION (DNA複製) / PCNA (増殖細胞核抗原) / DP2 / PolD / DP1 / PIP-box | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 エキソデオキシリボヌクレアーゼI / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / intein-mediated protein splicing / DNA catabolic process / DNA polymerase processivity factor activity / regulation of DNA replication / DNA-templated DNA replication / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Pyrococcus abyssi (古細菌) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.77 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Madru, C. / Raia, P. / Hugonneau Beaufet, I. / Pehau-Arnaudet, G. / England, P. / Lindhal, E. / Delarue, M. / Carroni, M. / Sauguet, L. | ||||||||||||
資金援助 | フランス, スウェーデン, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structural basis for the increased processivity of D-family DNA polymerases in complex with PCNA. 著者: Clément Madru / Ghislaine Henneke / Pierre Raia / Inès Hugonneau-Beaufet / Gérard Pehau-Arnaudet / Patrick England / Erik Lindahl / Marc Delarue / Marta Carroni / Ludovic Sauguet / 要旨: Replicative DNA polymerases (DNAPs) have evolved the ability to copy the genome with high processivity and fidelity. In Eukarya and Archaea, the processivity of replicative DNAPs is greatly enhanced ...Replicative DNA polymerases (DNAPs) have evolved the ability to copy the genome with high processivity and fidelity. In Eukarya and Archaea, the processivity of replicative DNAPs is greatly enhanced by its binding to the proliferative cell nuclear antigen (PCNA) that encircles the DNA. We determined the cryo-EM structure of the DNA-bound PolD-PCNA complex from Pyrococcus abyssi at 3.77 Å. Using an integrative structural biology approach - combining cryo-EM, X-ray crystallography, protein-protein interaction measurements, and activity assays - we describe the molecular basis for the interaction and cooperativity between a replicative DNAP and PCNA. PolD recruits PCNA via a complex mechanism, which requires two different PIP-boxes. We infer that the second PIP-box, which is shared with the eukaryotic Polα replicative DNAP, plays a dual role in binding either PCNA or primase, and could be a master switch between an initiation and a processive phase during replication. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6t8h.cif.gz | 446.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6t8h.ent.gz | 359.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6t8h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/6t8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/6t8h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA polymerase ... , 2種, 4分子 ECDA
#1: タンパク質 | 分子量: 29471.764 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 遺伝子: pcn, PYRAB13790, PAB1465 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UYX8 #2: タンパク質 | | 分子量: 69408.008 Da / 分子数: 1 / Mutation: H451A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 株: GE5 / Orsay / 遺伝子: polB, PYRAB01210, PAB2266 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9V2F3, DNAポリメラーゼ, エキソデオキシリボヌクレアーゼI |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 B
#3: タンパク質 | 分子量: 144762.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V2F4*PLUS, DNAポリメラーゼ |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 PT
#4: DNA鎖 | 分子量: 5519.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#5: DNA鎖 | 分子量: 7717.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 5分子
#6: 化合物 | ChemComp-FE / |
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#7: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 310 kDa/nm / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 5mA current / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 4C | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 3500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4602 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 詳細: Indicated in the M&M | ||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 149200 / 対称性のタイプ: POINT |