PDB-6t5z: Crystal structure of an AA10 LPMO from Photorhabdus luminescens

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t5z

タイトル

Crystal structure of an AA10 LPMO from Photorhabdus luminescens

要素

Chitin-binding type-4 domain-containing protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / lytic polysaccharide monooxygenase / copper metalloenzyme /

chitin (キチン)

機能・相同性

Cellulose/chitin-binding protein, N-terminal / Lytic polysaccharide mono-oxygenase, cellulose-degrading / Immunoglobulin E-set / COPPER (II) ION / Chitin-binding type-4 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Photorhabdus laumondii subsp. laumondii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6000030918 Å

データ登録者

Munzone, A. / El Kerdi, B. / Reglier, M. / Royant, A. / Simaan, A.J. / Decroos, C.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Characterization of a bacterial copper-dependent lytic polysaccharide monooxygenase with an unusual second coordination sphere.
著者: Munzone, A. / El Kerdi, B. / Fanuel, M. / Rogniaux, H. / Ropartz, D. / Reglier, M. / Royant, A. / Simaan, A.J. / Decroos, C.

履歴

登録	2019年10月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月22日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_site_gen Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.symmetry
改定 1.2	2020年8月12日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t5z.cif.gz	273.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t5z.ent.gz	193.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t5z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/6t5z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2bemS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5etr-1 3lil-d 3dpf-1 5ett-1 2mu1-d 6ipb-2 6w8z-2 1fl0-d 1sy2-d 1g4k-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chitin-binding type-4 domain-containing protein

B: Chitin-binding type-4 domain-containing protein

C: Chitin-binding type-4 domain-containing protein

ヘテロ分子

59.2 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Chitin-binding type-4 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Chitin-binding type-4 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Chitin-binding type-4 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.530, 80.390, 90.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Chitin-binding type-4 domain-containing protein 分子量: 19602.881 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Photorhabdus laumondii subsp. laumondii (strain DSM 15139 / CIP 105565 / TT01) (バクテリア) 株: DSM 15139 / CIP 105565 / TT01 / 遺伝子: plu2352 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7N4I5
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 751 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: precipitant: 0.1 M sodium acetate (pH 5.2), 0.7 M 1,6-hexanediol protein solution: holo-PlAA10 (10 mg/mL) in 50 mM MES (pH 6.5), 0.5 mM CuSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→58.55 Å / Num. obs: 72679 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 14.6170167548 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.6→1.657 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.547 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 7343 / CC_1/2: 0.8 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BEM

2bem

解像度: 1.6000030918→58.5468363761 Å / SU ML: 0.179523023152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34347860769 / 位相誤差: 22.3236217765
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.218069528656	3556	5.01728395062 %
R_work	0.188107113498	67319	-
obs	0.189634216194	70875	95.0181657305 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.9297799847 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6000030918→58.5468363761 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4126	0	6	751	4883

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00612783192797	4390
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.880813158622	5989
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0557442998569	611
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00532827277765	794
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.9887638647	1614

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6000030918-1.6219	0.274016778742	152	0.248957679527	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.8299897994
1.6219-1.6451	0.259494279535	140	0.237030091427	2787	X-RAY DIFFRACTION	99.5239714383
1.6451-1.6697	0.253763797044	153	0.235508448316	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.5242949371
1.6697-1.6957	0.275777498202	146	0.231283887888	2805	X-RAY DIFFRACTION	99.4607347489
1.6957-1.7235	0.306212354888	139	0.25158364593	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.556010929
1.7235-1.7533	0.244250482416	153	0.218801095904	2799	X-RAY DIFFRACTION	99.1269308261
1.7533-1.7852	0.222498019541	143	0.209158510875	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.2866847826
1.7852-1.8195	0.261426604357	142	0.217636481194	2822	X-RAY DIFFRACTION	99.4297215699
1.8195-1.8566	0.271574226124	178	0.202447992058	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.659052165
1.8566-1.897	0.31073974196	119	0.26596005997	2776	X-RAY DIFFRACTION	98.4024473148
1.897-1.9411	0.446219537418	114	0.424348787235	2043	X-RAY DIFFRACTION	73.2925586137
1.9411-1.9897	0.251896628596	142	0.226326037872	2753	X-RAY DIFFRACTION	97.2128945601
1.9897-2.0435	0.193353152465	152	0.185072429915	2785	X-RAY DIFFRACTION	99.4581781239
2.0435-2.1036	0.356958082001	130	0.29788764658	2432	X-RAY DIFFRACTION	86.2335913834
2.1036-2.1715	0.205123216325	153	0.168296794368	2820	X-RAY DIFFRACTION	99.000999001
2.1715-2.2491	0.187300677826	124	0.170606308649	2260	X-RAY DIFFRACTION	96.7925294356
2.2491-2.3392	0.202368507102	101	0.161069324478	2091	X-RAY DIFFRACTION	95.6369982548
2.3392-2.4456	0.194695342984	152	0.16170928052	2794	X-RAY DIFFRACTION	99.3591905565
2.4456-2.5746	0.198276061152	146	0.161440822134	2838	X-RAY DIFFRACTION	99.4335221593
2.5746-2.7359	0.187514582829	147	0.179125103254	2762	X-RAY DIFFRACTION	97.2259358289
2.7359-2.9471	0.212375562897	146	0.163827860331	2815	X-RAY DIFFRACTION	98.4702361157
2.9471-3.2437	0.190609624836	149	0.1691945922	2800	X-RAY DIFFRACTION	97.7137176938
3.2437-3.713	0.199823125777	131	0.156660254646	2554	X-RAY DIFFRACTION	88.3223684211
3.713-4.6777	0.163341127673	141	0.135232117388	2696	X-RAY DIFFRACTION	92.2601626016
4.6777-58.5468363761	0.181663875902	163	0.172140997024	3026	X-RAY DIFFRACTION	99.2839352428

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.708526563613	0.362055978579	0.0110864048612	0.73741386412	-0.193478154453	1.09402788519	-0.033265749983	-0.0823083418476	0.0204356628525	0.0241582417153	0.0140406063451	0.0356124189913	0.0090855597002	-0.0476087614169	0.00446108081459	0.134275750071	-0.00462699310529	0.00165239709386	0.168657812493	-0.01620447086	0.147787431276	-9.99919742677	-2.19927082922	-37.0888946263
2	5.606087722	1.22202815099	-0.288785656478	3.80625881646	-0.72048630023	3.63325075054	-0.036173187517	0.256928972784	-0.049371615192	-0.238364125533	0.0744008606215	0.224258443733	0.175197047189	-0.302033494791	-0.0441483343916	0.172056484163	-0.001721048027	-0.0217430895961	0.199366542403	-0.00127214881516	0.148759541184	-7.94711510299	-2.28693832833	-47.0750437722
3	0.68491298806	0.118266119831	0.0801289639222	0.950009919818	0.388654043439	3.03850188977	-0.0229343766723	-0.0139905544316	-0.0655853677649	0.107631015691	-0.01805673005	0.00359144861603	0.267794041341	0.130603448297	0.0274874912709	0.121499289294	0.00697037679754	-0.00448324619565	0.149734827602	-0.00661030602264	0.13463576385	-1.15811673236	-5.4489100388	-32.1593746638
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25	0.82419894832	0.133618793275	0.0708182575137	0.993046928533	-0.582894529107	2.60147050592	-0.051366588173	0.0944985799482	-0.0117699018051	-0.0188149935716	0.0628412588127	-0.0160839216668	0.0231069811882	-0.0543075045769	-0.0144339560734	0.125668333439	-0.0126108941345	0.000960233666627	0.126660424335	-0.00541291190447	0.119728265351	2.07587814225	9.2327043063	-63.844834378
26	2.14580555116	-0.655884033114	0.796433289733	5.11930844742	-2.27765354357	4.95416380162	-0.101203515415	-0.0517640275932	-0.0977157440916	0.288680875246	0.321558465245	0.458264482658	0.179788495859	-0.705057949218	-0.178172434451	0.140537296438	-0.00964240351342	0.0195947680662	0.203247971275	-0.00305151818115	0.124147259555	-7.08452857117	11.3914906328	-57.4172368063
27	3.97863560849	0.591261858844	-0.828346629012	2.64428183684	-0.0443334266534	1.40395112471	0.08050533897	-0.40909940984	-0.135805207807	0.407989753406	-0.224019837621	-0.394345428116	-0.0402906452921	0.234371266707	0.137662037775	0.172475950572	-0.0249360337633	-0.0495768786187	0.204050767212	0.0466236545311	0.176391060602	12.1956954003	4.974413287	-50.1613443935
28	5.96042664992	0.595729389981	1.29847235913	2.25182078663	-0.165504996781	2.66837342263	0.0480672030674	-0.0815865908172	-0.402770540272	-0.201972769448	0.0873321243681	-0.0687333532439	0.517780712735	-0.11704651825	-0.122249811426	0.244490131124	-0.0391900472808	0.00274325187794	0.110096315853	-0.0011494898241	0.1454328821	1.28107456658	-2.30525135771	-58.178054842
29	1.10025837324	-0.348139528387	-0.537123229366	0.804140059772	-0.82248467524	1.71101601708	0.0547565194947	-0.0901117635821	-0.0664925367477	0.045935516866	0.00656145122907	-0.0173452248971	0.106589868613	-0.135404970935	-0.0507357691515	0.111227852982	-0.0071840955516	0.0052877793281	0.105462050046	0.0165983631561	0.0966238854405	3.45438944688	8.2421325023	-60.2223914131

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 39 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 50 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 51 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 81 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 82 through 97 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 98 through 124 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 125 through 144 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 145 through 157 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 158 through 170 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 171 through 199 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 26 through 39 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 40 through 50 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 51 through 81 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 82 through 111 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 112 through 124 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 125 through 134 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 135 through 144 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 145 through 157 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 158 through 170 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 171 through 199 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 26 through 39 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 40 through 50 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 51 through 63 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 64 through 73 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 74 through 134 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 135 through 144 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 145 through 157 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 158 through 170 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resid 171 through 199 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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