PDB-6t1g: Streptavidin variants harbouring an artificial organocatalyst bas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t1g

タイトル

Streptavidin variants harbouring an artificial organocatalyst based cofactor

要素

Streptavidin

ストレプトアビジン

キーワード

Biotin-binding protein / artificial cofactor /

streptavidin (ストレプトアビジン) /

catalyst

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Lechner, H. / Hocker, B.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: An Artificial Cofactor Catalyzing the Baylis-Hillman Reaction with Designed Streptavidin as Protein Host*.
著者: Lechner, H. / Emann, V.R. / Breuning, M. / Hocker, B.

履歴

登録	2019年10月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年5月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6t1g.cif.gz	136.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6t1g.ent.gz	91.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t1g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/6t1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/6t1g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6t1eC 6t1kC 6t2lC 6t2yC 6t2zC 6t30C 6t31C 6t32C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4clw-d 4oz2-d 4oyi-d 4oyo-d 4clz-d 3wpv-3 6hei-d 4clu-d 2wsw-d 4ts5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

ヘテロ分子

33.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Streptavidin

B: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

B: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
67.6 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.226, 55.226, 168.478
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22
Space group name Hall	P4cw2c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+3/4 #3: y,-x,z+1/4 #4: x,-y,-z+1/2 #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z+1/4 #8: -y,-x,-z+3/4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-322- HOH
2	1	B-416- HOH

#1: タンパク質	Streptavidin / ストレプトアビジン分子量: 16468.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-HL9 / 5-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-~{N}-(1-pyridin-4-ylpiperidin-4-yl)pentanamide 分子量: 403.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₉N₅O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Na-citrate 0.1 M pH 5.5, 40% PEG 600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→46.19 Å / Num. obs: 21439 / % possible obs: 99.37 % / 冗長度: 14.1 % / B_iso Wilson estimate: 31.81 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.16
反射シェル	解像度: 1.9→1.966 Å / Num. unique obs: 2055 / CC_1/2: 0.519

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: wildtype streptavidin with artificial cofactor

解像度: 1.9→46.19 Å / SU ML: 0.2742 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.3171

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2502	1069	5 %
R_work	0.2041	-	-
obs	0.2065	21391	99.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1895	0	60	156	2111

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0134	2034
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.7706	2780
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0833	301
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0079	354
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.4557	1452

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.98	0.4033	128	0.3461	2418	X-RAY DIFFRACTION	97.7
1.98-2.09	0.4045	130	0.3003	2472	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.09-2.22	0.3148	131	0.2609	2487	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.22-2.39	0.2753	131	0.2398	2499	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.39-2.63	0.2662	133	0.22	2537	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.63-3.01	0.272	134	0.1911	2544	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.01-3.8	0.2164	136	0.1824	2595	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.8-46.19	0.2129	146	0.1753	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.54765760206	-0.931432037678	1.14632563363	0.714104882506	-0.56433357286	3.23239060697	-0.280320124205	-0.472828576889	0.468382753471	1.14076541985	-0.0456429384901	-0.452719959032	-0.0749368010494	0.845046160517	0.0269233559267	0.862886206888	-0.0902170556032	-0.135125070946	1.0120296941	-0.189367808874	0.756979284407	-13.1945860842	34.8515586301	16.8702192172
2	0.0458795494117	-0.127772069287	0.267704680502	0.188808534144	-0.417761270503	0.957739270679	0.0379463629836	0.282076867423	0.558991534596	0.208447232897	-0.0616093732968	-0.652347632168	-0.677810104435	0.49823935564	-0.0429434810041	0.375328417761	0.00885255832114	0.00403023312109	0.446155577056	-0.0104567425807	0.425428244357	-11.6472716283	20.3229955393	1.62940916387
3	0.451978702237	0.443842460923	0.628684471201	0.666873367694	1.12694263027	1.98196590692	-0.452247608474	0.150861938793	0.103255097809	-0.263203690414	-0.185928066401	0.663951547816	-0.299554999902	-0.0237720669182	-0.117029975352	0.409075227952	-0.00855085704797	0.0463980766094	0.169019585538	0.0502460445717	0.280558371586	-17.913145463	26.7615455872	3.31789158716
4	0.952993771801	-0.0484398320781	0.318817937925	1.03924914487	-0.131759369763	0.276056595428	0.184456234105	0.136027632916	0.345953392478	-0.248520601279	0.0716137127414	-0.390494843182	-0.233060770359	0.196289874865	0.00028348636109	0.421576062553	0.0164310830466	0.0509940391582	0.360843987524	0.0232004052644	0.409328254548	-19.1189732619	22.7961190336	-5.71535000508
5	0.23490824566	-0.0697292814529	-0.143154766382	0.05053004113	-0.0170614420479	0.169016067337	-0.0628901606476	-1.39064592434	0.501350867112	0.263469394784	0.477257304113	-0.443906366955	0.0414661115511	0.722400505479	0.00555849151085	0.5021737361	0.0581509534567	-0.00754583239372	0.544421412709	-0.00276029977602	0.364514763065	-20.8053504519	18.5845888823	18.6640314001
6	0.620805284409	-0.0514533013566	0.198248297679	0.873803220327	0.541597412508	0.378373417489	-0.154147238772	0.111437692972	0.106813942357	-0.13177908079	-0.109787768111	-0.116051959817	-0.515361671999	0.244668819879	-0.00566112764861	0.375433180907	-0.0178359211396	0.0133209379795	0.374578102205	0.0234124275675	0.337587032373	-22.2421154983	19.1552431901	-5.15040705965
7	1.31753889792	-0.481562116586	-0.603100668945	2.13279089165	0.180837369396	0.92175639903	-0.0742241028401	-0.187156181394	0.777412873859	0.173854568217	-0.27939958704	-0.341096869709	0.243513012015	0.611150993415	-0.0167403123178	0.312743833065	0.0111996443938	-0.0463728576441	0.372259335547	0.00800659800928	0.270070103225	-17.6201754619	13.0413180487	2.68954263117
8	0.132784730761	-0.0451254321719	-0.0371981058867	0.126554430047	-0.0627374920087	0.0910132060272	0.00807134353388	0.186474522202	0.107920489083	-1.19804735848	0.117752607405	0.838042762036	0.421756563704	-0.54137077344	0.00263214977565	0.537604742405	-0.055563597521	-0.0972358444728	0.429457690534	-0.0121970364391	0.433669127319	-35.317985978	6.32296190294	-14.9224117965
9	1.29609842022	0.052228291775	-0.177345172652	1.01414090451	0.47606174688	0.595706604275	-0.357015738258	0.106652765849	-0.827799402682	-0.255904164373	0.330279712173	-0.704763320391	0.133002841902	0.467600864987	-0.0203549467049	0.38338972412	-0.0286968895025	0.00801894959627	0.504620367012	0.0895798834907	0.387154220673	-13.7619021819	12.706577512	-1.12827599798
10	1.40331753199	0.190369303865	0.559373175941	2.95523535093	-0.112400867302	0.740253021023	0.10340348372	0.0847076605049	-0.161376061899	-0.00124564178381	-0.110698834202	-0.303226224179	0.49319410589	0.223152488681	-0.000349446789781	0.510038314005	0.0500345740725	0.0319125491097	0.398813439522	0.0273299098946	0.437449533983	-16.9768427342	-12.7327892502	1.83503923654
11	0.908989187773	0.264837457671	0.282894576869	1.11071309611	0.369733772193	0.947363844211	-0.182571078086	-0.233916814535	-0.307281096827	0.236968968341	-0.269602534396	-0.100684958484	0.384456061148	0.142766420991	-0.0179829817918	0.503909346829	0.0382884291189	0.0436478942367	0.35699897907	0.0503798878605	0.355077497442	-24.5563567744	-9.66843740043	6.6889488878
12	0.267028913444	-0.409110622515	0.330867228526	1.76335795837	0.741390546139	1.38260344636	0.313867520669	-0.279614166399	0.277973787127	-0.0314495262879	-0.0786754704921	-0.454688681841	-0.0814415973345	0.587808931948	0.00160910594676	0.345051010306	0.0525016226128	0.0882179469575	0.38036493714	0.022493935026	0.385965309772	-17.1121720337	-3.44076056056	1.14228141127
13	1.01448366633	1.20506470469	-0.133456322319	2.41817666849	-0.496003228893	1.41630783754	-0.0535131962433	0.111096992088	0.218467892768	0.421258811152	-0.119815812648	0.188991811915	-0.204876724452	-0.313310701399	0.00846686376046	0.412215346513	-0.0767025154147	0.0154319684802	0.323714155783	0.0216074090907	0.213188650439	-27.3463157828	-0.145069869546	7.58923873251

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 13 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 27 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 28 through 37 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 38 through 60 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 61 through 70 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 71 through 97 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 98 through 112 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 113 through 122 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 123 through 135 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 11 through 70 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 71 through 97 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 98 through 112 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 113 through 133 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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