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- PDB-6t2y: Streptavidin variants harbouring an artificial organocatalyst bas... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6t2y | ||||||
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Title | Streptavidin variants harbouring an artificial organocatalyst based cofactor | ||||||
![]() | Streptavidin | ||||||
![]() | Biotin-binding protein / artificial cofactor / streptavidin / catalyst | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lechner, H. / Hocker, B. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: An Artificial Cofactor Catalyzing the Baylis-Hillman Reaction with Designed Streptavidin as Protein Host*. Authors: Lechner, H. / Emann, V.R. / Breuning, M. / Hocker, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 135.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 88.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 909.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 910.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 17.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6t1eSC ![]() 6t1gC ![]() 6t1kC ![]() 6t2lC ![]() 6t2zC ![]() 6t30C ![]() 6t31C ![]() 6t32C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
| ||||||||||||
Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 16488.902 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.82 Å3/Da / Density % sol: 32.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2M di-Sodium hydrogen phosphate 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 25, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→47.54 Å / Num. obs: 41969 / % possible obs: 97.74 % / Redundancy: 7.6 % / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 4.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.864 Å / Num. unique obs: 4149 / CC1/2: 0.229 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6t1e Resolution: 1.8→47.54 Å / SU ML: 0.2956 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 25.8768
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→47.54 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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