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- PDB-6t0e: The glucuronoyl esterase OtCE15A S267A variant from Opitutus terr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t0e
タイトルThe glucuronoyl esterase OtCE15A S267A variant from Opitutus terrae in complex with benzyl D-glucuronoate and D-glucuronate
要素glucuronoyl esterase OtCE15A
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Esterase (エステラーゼ) / Complex / Biomass (バイオマス)
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold / alpha-D-glucopyranuronic acid / benzyl alpha-D-glucopyranuronate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / トリメチルアミン-N-オキシド / Putative acetyl xylan esterase
機能・相同性情報
生物種Opitutus terrae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Mazurkewich, S. / Navarro Poulsen, J.C. / Larsbrink, J. / Lo Leggio, L.
資金援助 スウェーデン, デンマーク, 2件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0027698 デンマーク
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural and biochemical studies of the glucuronoyl esteraseOtCE15A illuminate its interaction with lignocellulosic components.
著者: Mazurkewich, S. / Poulsen, J.N. / Lo Leggio, L. / Larsbrink, J.
履歴
登録2019年10月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glucuronoyl esterase OtCE15A
B: glucuronoyl esterase OtCE15A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,60665
ポリマ－92,2652
非ポリマー5,34163
水7,422412
1
A: glucuronoyl esterase OtCE15A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,45138
ポリマ－46,1331
非ポリマー3,31837
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: glucuronoyl esterase OtCE15A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,15527
ポリマ－46,1331
非ポリマー2,02226
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.719, 87.611, 173.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 glucuronoyl esterase OtCE15A


分子量: 46132.547 Da / 分子数: 2 / 変異: S267A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Opitutus terrae (strain DSM 11246 / JCM 15787 / PB90-1) (バクテリア)
株: DSM 11246 / JCM 15787 / PB90-1 / 遺伝子: Oter_0116 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B1ZMF4

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糖 , 2種, 3分子

#2: 糖 ChemComp-GCU / alpha-D-glucopyranuronic acid / alpha-D-glucuronic acid / D-glucuronic acid / glucuronic acid / α-D-グルコピラヌロン酸 / グルクロン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpAaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-M55 / benzyl alpha-D-glucopyranuronate / Benzyl D-glucuronoate


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 284.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H16O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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非ポリマー , 9種, 472分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物
ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド / トリメチルアミン-N-オキシド


分子量: 75.110 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO
#11: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Enzyme mixed 50/50 with reservoir solution containing JCSG+ screen solution G4: 0.2 M Trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris pH 8.5, and 20 % w/v PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→44.45 Å / Num. obs: 63514 / % possible obs: 98.98 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 33.05 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1589 / Rpim(I) all: 0.04436 / Rrim(I) all: 0.1651 / Net I/σ(I): 12.25
反射 シェル解像度: 1.89→1.96 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 5944 / CC1/2: 0.403 / Rpim(I) all: 0.6206 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.15.2_3472位相決定
PHENIX1.15.2_3472精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6gs0

6gs0


解像度: 1.89→44.45 Å / SU ML: 0.2534 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.5575
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2155 1988 3.14 %
Rwork0.1622 --
obs0.1638 63362 98.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→44.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6081 0 344 412 6837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01056649
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1218976
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0623930
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00791175
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.80482389
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.940.36541170.33993664X-RAY DIFFRACTION83.71
1.94-1.990.37331430.28044406X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.050.27291420.24854360X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.110.24871410.21464379X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.190.29171430.19154397X-RAY DIFFRACTION99.93
2.19-2.280.24811410.17834376X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.380.20991430.16824429X-RAY DIFFRACTION99.89
2.38-2.510.2111420.16784384X-RAY DIFFRACTION99.28
2.51-2.660.23471430.16234400X-RAY DIFFRACTION99.54
2.66-2.870.25321410.15724402X-RAY DIFFRACTION98.85
2.87-3.160.19791450.14914448X-RAY DIFFRACTION99.87
3.16-3.610.1791450.13624476X-RAY DIFFRACTION99.98
3.61-4.550.16291470.12524528X-RAY DIFFRACTION100
4.55-44.450.22711550.16774725X-RAY DIFFRACTION99.61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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