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- PDB-6ss2: Structure of arginase-2 in complex with the inhibitory human anti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ss2
タイトルStructure of arginase-2 in complex with the inhibitory human antigen-binding fragment Fab C0021158
要素
  • (Fab C0021158 ...) x 2
  • Arginase-2, mitochondrialアルギナーゼ
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / arginase-2 inhibitor / IgG / antigen-binding fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 4 production / negative regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of defense response to bacterium / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of type 2 immune response / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / negative regulation of interleukin-13 production / regulation of interleukin-1 beta production / 尿素回路 / arginine catabolic process to ornithine ...negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 4 production / negative regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of defense response to bacterium / negative regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / negative regulation of type 2 immune response / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / negative regulation of interleukin-13 production / regulation of interleukin-1 beta production / 尿素回路 / arginine catabolic process to ornithine / アルギナーゼ / arginase activity / 尿素回路 / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of interleukin-17 production / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / ureteric bud development / negative regulation of tumor necrosis factor production / striated muscle contraction / nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of cellular senescence / manganese ion binding / 獲得免疫系 / ミトコンドリアマトリックス / 自然免疫系 / ミトコンドリア / 細胞質
類似検索 - 分子機能
アルギナーゼ / Ureohydrolase, manganese-binding site / Arginase family signature. / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Arginase-2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Burschowsky, D. / Addyman, A. / Fiedler, S. / Groves, M. / Haynes, S. / Seewooruthun, C. / Carr, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC1362/A20263 英国
引用ジャーナル: Mabs
タイトル: Structural and functional characterization of C0021158, a high-affinity monoclonal antibody that inhibits Arginase 2 function via a novel non-competitive mechanism of action.
著者: Austin, M. / Burschowsky, D. / Chan, D.T.Y. / Jenkinson, L. / Haynes, S. / Diamandakis, A. / Seewooruthun, C. / Addyman, A. / Fiedler, S. / Ryman, S. / Whitehouse, J. / Slater, L.H. / ...著者: Austin, M. / Burschowsky, D. / Chan, D.T.Y. / Jenkinson, L. / Haynes, S. / Diamandakis, A. / Seewooruthun, C. / Addyman, A. / Fiedler, S. / Ryman, S. / Whitehouse, J. / Slater, L.H. / Hadjinicolaou, A.V. / Gileadi, U. / Gowans, E. / Shibata, Y. / Barnard, M. / Kaserer, T. / Sharma, P. / Luheshi, N.M. / Wilkinson, R.W. / Vaughan, T.J. / Holt, S.V. / Cerundolo, V. / Carr, M.D. / Groves, M.A.T.
履歴
登録2019年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Arginase-2, mitochondrial
HHH: Fab C0021158 heavy chain (IgG1)
LLL: Fab C0021158 light chain (IgG1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,47142
ポリマ－84,8863
非ポリマー3,58539
水1,06359
1
AAA: Arginase-2, mitochondrial
HHH: Fab C0021158 heavy chain (IgG1)
LLL: Fab C0021158 light chain (IgG1)
ヘテロ分子

AAA: Arginase-2, mitochondrial
HHH: Fab C0021158 heavy chain (IgG1)
LLL: Fab C0021158 light chain (IgG1)
ヘテロ分子

AAA: Arginase-2, mitochondrial
HHH: Fab C0021158 heavy chain (IgG1)
LLL: Fab C0021158 light chain (IgG1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,413126
ポリマ－254,6599
非ポリマー10,754117
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area43650 Å2
ΔGint-766 kcal/mol
Surface area93610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.061, 149.061, 123.287
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Arginase-2, mitochondrial / アルギナーゼ / Arginase II / Kidney-type arginase / Non-hepatic arginase / Type II arginase


分子量: 37100.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARG2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P78540, アルギナーゼ

-
抗体 , 2種, 2分子 HHHLLL

#2: 抗体 Fab C0021158 heavy chain (IgG1)


分子量: 24647.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Amino acids are numbered according to the Kabat numbering scheme.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEU1.3 fab / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Variant (発現宿主): ExpiCHO
#3: 抗体 Fab C0021158 light chain (IgG1)


分子量: 23137.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Amino acids are numbered according to the Kabat numbering scheme. Residue 10 would not be present in the Kabat scheme, but due to problems with non-continuous numbering in L-peptides, we ...詳細: Amino acids are numbered according to the Kabat numbering scheme. Residue 10 would not be present in the Kabat scheme, but due to problems with non-continuous numbering in L-peptides, we included it. Therefore, residues 2-10 should be read as 1-9, per Kabat.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pEU1.3 fab / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Variant (発現宿主): ExpiCHO

-
非ポリマー , 4種, 98分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystallisation condition: 2 M (NH4)2SO4 Seed condition (approx. final conc.) 20 mM MIB (malonate, imidazole, boric acid) 4% glycerol 2% PEG4000 9 mM NaNO3 9 mM Na2HPO4 9 mM (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
Reflection twin
タイプCrystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
pseudo-merohedral11H, K, L10.8011
pseudo-merohedral22K, H, -L20.1989
反射解像度: 2.4→45.37 Å / Num. obs: 39908 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.72 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4198 / CC1/2: 0.36 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SS4, 6SRX

6ss4

6srx


解像度: 2.4→45.368 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 10.443 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.058 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2842 1976 4.952 %
Rwork0.2538 --
all0.255 --
obs-39901 99.88 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.969 Å20 Å20 Å2
2--1.969 Å20 Å2
3----3.938 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.368 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5680 0 207 59 5946
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0135993
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4131.6388128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1371.5712664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5365752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50922.55251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.5515915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1361528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021153
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2980
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1720.24965
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1560.22718
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0730.22835
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0380.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1990.225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2120.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.180.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0263.2383017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0233.2383016
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7044.8543766
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.7044.8553767
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3933.4772975
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1223.372906
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5935.1274361
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4184.9694260
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.40537.65996
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.33837.5645986
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.4620.7691600.8472818X-RAY DIFFRACTION100
2.462-2.530.7831300.7692737X-RAY DIFFRACTION99.9303
2.53-2.6030.721390.7112643X-RAY DIFFRACTION99.8923
2.603-2.6830.8761300.6212573X-RAY DIFFRACTION99.9261
2.683-2.770.5551150.4942525X-RAY DIFFRACTION99.6226
2.77-2.8670.4091450.3992381X-RAY DIFFRACTION99.9209
2.867-2.9750.3751400.3342348X-RAY DIFFRACTION100
2.975-3.0960.3171290.2822200X-RAY DIFFRACTION99.8285
3.096-3.2330.3121130.2412151X-RAY DIFFRACTION99.8677
3.233-3.390.241860.1912089X-RAY DIFFRACTION99.9081
3.39-3.5720.2131110.1831932X-RAY DIFFRACTION100
3.572-3.7870.197880.1721870X-RAY DIFFRACTION99.847
3.787-4.0470.166740.1541754X-RAY DIFFRACTION100
4.047-4.3680.1751000.1411603X-RAY DIFFRACTION99.9413
4.368-4.780.165730.1351501X-RAY DIFFRACTION99.7465
4.78-5.3370.131690.1381349X-RAY DIFFRACTION99.5088
5.337-6.1490.174470.161194X-RAY DIFFRACTION99.8391
6.149-7.4960.202500.1631026X-RAY DIFFRACTION100
7.496-10.460.194580.176768X-RAY DIFFRACTION99.7585
10.46-45.3680.31190.232463X-RAY DIFFRACTION99.793
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.84450.14940.31891.41060.17521.6565-0.0104-0.1096-0.13440.11850.04160.08950.1376-0.0934-0.03110.02190.00170.01180.01990.03360.1948-10.4685-21.269910.8871
20.39190.180.81150.23330.11573.1571-0.11940.27770.0142-0.20630.1414-0.0902-0.15430.2397-0.02210.26-0.02340.02060.30580.00510.3648-19.8956-19.3957-43.1582
30.42990.3760.82720.68330.46361.9416-0.14190.01480.0757-0.14480.0517-0.0131-0.3137-0.10660.09020.11170.0116-0.02550.12930.00270.3227-34.4796-12.6966-38.6427
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA22 - 341
2X-RAY DIFFRACTION2ALLHHH1 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3ALLLLL2 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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