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- PDB-6s1h: Crystal Structure of DYRK1A with small molecule inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s1h
タイトルCrystal Structure of DYRK1A with small molecule inhibitor
要素Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1ADYRK1A
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Kinase (キナーゼ) / catalytic domain / phosphorylated (リン酸化)
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator ...histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation / G0 and Early G1 / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cytoskeletal protein binding / tubulin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / positive regulation of RNA splicing / peptidyl-threonine phosphorylation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / tau protein binding / 概日リズム / peptidyl-tyrosine phosphorylation / : / nervous system development / actin binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / transcription coactivator activity / 細胞骨格 / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / 神経繊維 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 樹状突起 / positive regulation of DNA-templated transcription / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KQZ / Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Sorrell, F.J. / Henderson, S.H. / Redondo, C. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Kinase Scaffold Repurposing in the Public Domain
著者: Sorrell, F.J. / Henderson, S.H. / Elkins, J.M. / Ward, S.
履歴
登録2019年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7958
ポリマ－42,0821
非ポリマー7147
水9,620534
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area15730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.630, 69.680, 67.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.800, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-633-

HOH

21A-1069-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / DYRK1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / hMNB


分子量: 42081.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-KQZ / ~{N},~{N}-dimethyl-4-(1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)pyrimidin-2-amine


分子量: 239.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H13N5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.8M ammonium sulfate -- 0.1M citrate pH 5.7 -- 0.2M sodium/potassium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→30.11 Å / Num. obs: 174657 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 523518
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.05-1.081.70.6341096165480.5090.5880.868147
4.7-30.113.20.047700121830.9950.030.05628.498.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4mq1

4mq1


解像度: 1.05→30.113 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1545 8962 5.13 %
Rwork0.1404 165690 -
obs0.1411 174652 91.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.13 Å2 / Biso mean: 19.5206 Å2 / Biso min: 7.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.05→30.113 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2740 0 76 534 3350
Biso mean--23.28 30.54 -
残基数----340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063093
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0314208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.129434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007569
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1131181
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.05-1.06190.43731220.40512521264342
1.0619-1.07440.34491610.33812973313450
1.0744-1.08750.31552240.29043394361857
1.0875-1.10130.28772210.25513927414866
1.1013-1.11580.22362410.22734453469475
1.1158-1.13110.21542800.19625018529883
1.1311-1.14720.18923350.17695498583392
1.1472-1.16440.17953380.16295806614498
1.1644-1.18260.1723280.15745907623599
1.1826-1.2020.15943720.151659306302100
1.202-1.22270.16093330.143959546287100
1.2227-1.24490.15962910.137560476338100
1.2449-1.26890.16383230.135559856308100
1.2689-1.29480.15313110.13159826293100
1.2948-1.32290.14913170.129559876304100
1.3229-1.35370.13623290.126860326361100
1.3537-1.38750.14783040.128159496253100
1.3875-1.42510.1433170.12560186335100
1.4251-1.4670.13273200.124359886308100
1.467-1.51430.1483600.121659646324100
1.5143-1.56850.12743090.120960336342100
1.5685-1.63120.13833140.11860296343100
1.6312-1.70550.13043000.123160186318100
1.7055-1.79540.15353070.131560226329100
1.7954-1.90790.14683370.128559756312100
1.9079-2.05510.13873060.131660476353100
2.0551-2.26190.14872940.124160416335100
2.2619-2.5890.14233240.132760106334100
2.589-3.26130.15223280.14960496377100
3.2613-30.12580.16433160.15136133644999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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