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- PDB-6s1c: P3221 crystal form of the Ctf18-1-8/Pol2(1-528) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s1c
タイトルP3221 crystal form of the Ctf18-1-8/Pol2(1-528) complex
要素
  • Chromosome transmission fidelity protein 18
  • Chromosome transmission fidelity protein 8
  • DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
  • Sister chromatid cohesion protein DCC1
キーワードREPLICATION (DNA複製) / DNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / PCNA loader / protein complex (タンパク質複合体)
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / 遺伝子変換 / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / Ctf18 RFC-like complex / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / SUMO binding / maintenance of DNA trinucleotide repeats / DNA replication proofreading / Activation of the pre-replicative complex ...maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / 遺伝子変換 / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / Ctf18 RFC-like complex / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / SUMO binding / maintenance of DNA trinucleotide repeats / DNA replication proofreading / Activation of the pre-replicative complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / nuclear replication fork / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / error-prone translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / DNA複製 / double-strand break repair via homologous recombination / 塩基除去修復 / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / mitotic cell cycle / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / mRNA binding / クロマチン / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Chromosome transmission fidelity protein 8 / Ctf8 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / : / DNA polymerase family B, thumb domain ...Chromosome transmission fidelity protein 8 / Ctf8 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / Sister chromatid cohesion protein DCC1 / Chromosome transmission fidelity protein 8 / Chromosome transmission fidelity protein 18
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.1 Å
データ登録者Grabarczyk, D.B.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationGR 5152/3-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2020
タイトル: Ctf18-RFC and DNA Pol ϵ form a stable leading strand polymerase/clamp loader complex required for normal and perturbed DNA replication.
著者: Katy Stokes / Alicja Winczura / Boyuan Song / Giacomo De Piccoli / Daniel B Grabarczyk /
要旨: The eukaryotic replisome must faithfully replicate DNA and cope with replication fork blocks and stalling, while simultaneously promoting sister chromatid cohesion. Ctf18-RFC is an alternative PCNA ...The eukaryotic replisome must faithfully replicate DNA and cope with replication fork blocks and stalling, while simultaneously promoting sister chromatid cohesion. Ctf18-RFC is an alternative PCNA loader that links all these processes together by an unknown mechanism. Here, we use integrative structural biology combined with yeast genetics and biochemistry to highlight the specific functions that Ctf18-RFC plays within the leading strand machinery via an interaction with the catalytic domain of DNA Pol ϵ. We show that a large and unusually flexible interface enables this interaction to occur constitutively throughout the cell cycle and regardless of whether forks are replicating or stalled. We reveal that, by being anchored to the leading strand polymerase, Ctf18-RFC can rapidly signal fork stalling to activate the S phase checkpoint. Moreover, we demonstrate that, independently of checkpoint signaling or chromosome cohesion, Ctf18-RFC functions in parallel to Chl1 and Mrc1 to protect replication forks and cell viability.
履歴
登録2019年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
E: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
B: Sister chromatid cohesion protein DCC1
C: Chromosome transmission fidelity protein 8
D: Chromosome transmission fidelity protein 18
F: Sister chromatid cohesion protein DCC1
G: Chromosome transmission fidelity protein 8
H: Chromosome transmission fidelity protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,3988
ポリマ－251,3988
非ポリマー00
水0
1
A: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
B: Sister chromatid cohesion protein DCC1
C: Chromosome transmission fidelity protein 8
D: Chromosome transmission fidelity protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,6994
ポリマ－125,6994
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
F: Sister chromatid cohesion protein DCC1
G: Chromosome transmission fidelity protein 8
H: Chromosome transmission fidelity protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,6994
ポリマ－125,6994
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.334, 126.334, 378.427
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNGLNGLN(chain 'A' and (resid 29 through 90 or resid 113...AA29 - 5954 - 84
121GLYGLYGLUGLU(chain 'A' and (resid 29 through 90 or resid 113...AA77 - 90102 - 115
131GLYGLYTYRTYR(chain 'A' and (resid 29 through 90 or resid 113...AA113 - 138138 - 163
141VALVALSERSER(chain 'A' and (resid 29 through 90 or resid 113...AA149 - 166174 - 191
151SERSERLEULEU(chain 'A' and (resid 29 through 90 or resid 113...AA192 - 205217 - 230
161TYRTYRGLNGLN(chain 'A' and (resid 29 through 90 or resid 113...AA245 - 523270 - 548
271ASNASNGLNGLN(chain 'E' and (resid 29 through 59 or resid 77 through 524))EB29 - 5954 - 84
281GLYGLYGLUGLU(chain 'E' and (resid 29 through 59 or resid 77 through 524))EB77 - 90102 - 115
291GLYGLYTYRTYR(chain 'E' and (resid 29 through 59 or resid 77 through 524))EB113 - 138138 - 163
2101VALVALSERSER(chain 'E' and (resid 29 through 59 or resid 77 through 524))EB149 - 166174 - 191
2111SERSERLEULEU(chain 'E' and (resid 29 through 59 or resid 77 through 524))EB192 - 205217 - 230
2121TYRTYRGLNGLN(chain 'E' and (resid 29 through 59 or resid 77 through 524))EB245 - 523270 - 548
1132SERSERASNASN(chain 'B' and (resid 2 through 201 or resid 252 through 380))BC2 - 1202 - 120
1142VALVALSERSER(chain 'B' and (resid 2 through 201 or resid 252 through 380))BC143 - 171143 - 171
1152CYSCYSLEULEU(chain 'B' and (resid 2 through 201 or resid 252 through 380))BC178 - 201178 - 201
1162LEULEULYSLYS(chain 'B' and (resid 2 through 201 or resid 252 through 380))BC252 - 307252 - 307
1172LYSLYSARGARG(chain 'B' and (resid 2 through 201 or resid 252 through 380))BC311 - 380311 - 380
2182SERSERASNASNchain 'F'FF2 - 1202 - 120
2192VALVALSERSERchain 'F'FF143 - 171143 - 171
2202CYSCYSLEULEUchain 'F'FF178 - 201178 - 201
2212LEULEULYSLYSchain 'F'FF252 - 307252 - 307
2222LYSLYSARGARGchain 'F'FF311 - 380311 - 380
1233PROPROILEILEchain 'C'CD2 - 1322 - 132
2243PROPROILEILEchain 'G'GG2 - 1322 - 132
1254ILEILEGLUGLUchain 'D'DE718 - 74110 - 33
2264ILEILEGLUGLUchain 'H'HH718 - 74110 - 33

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / DNA polymerase II subunit A


分子量: 62516.250 Da / 分子数: 2 / 変異: D290A, E292A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: POL2, DUN2, YNL262W, N0825 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21951, DNAポリメラーゼ
#2: タンパク質 Sister chromatid cohesion protein DCC1 / Defective in sister chromatid cohesion protein 1


分子量: 44133.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DCC1, YCL016C, YCL16C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25559
#3: タンパク質 Chromosome transmission fidelity protein 8


分子量: 15189.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CTF8, YHR191C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38877
#4: タンパク質・ペプチド Chromosome transmission fidelity protein 18


分子量: 3859.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CTF18, CHL12, YMR078C, YM9582.03C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49956

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaCl, 14% PEG 20000, 0.1 M HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.1→19.97 Å / Num. obs: 8632 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 453.45 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 6.1→6.82 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2471 / CC1/2: 0.362 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M8O, 5OKC and 5OKI

4m8o

5okc

5oki


解像度: 6.1→19.97 Å / SU ML: 1.4327 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.5751
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3326 840 9.78 %Random selection
Rwork0.2746 ---
obs0.28 8593 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 511.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.1→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14378 0 0 0 14378
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003214713
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.738619892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04822184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00562540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.53618864
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
6.1-6.470.43251430.39471247X-RAY DIFFRACTION99.78
6.47-6.950.41531460.37771261X-RAY DIFFRACTION100
6.95-7.610.46161340.34221278X-RAY DIFFRACTION100
7.61-8.640.35131330.29651292X-RAY DIFFRACTION100
8.64-10.60.30911530.25281302X-RAY DIFFRACTION100
10.6-19.970.29421310.24521373X-RAY DIFFRACTION99.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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