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- PDB-6rz4: Crystal structure of cysteinyl leukotriene receptor 1 in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rz4
タイトルCrystal structure of cysteinyl leukotriene receptor 1 in complex with pranlukast
要素Cysteinyl leukotriene receptor 1,Soluble cytochrome b562,Cysteinyl leukotriene receptor 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / LCP / cysteinyl leukotriene / LTD4 / cyslt1 / cysltr1 / cyslt1r asthma / pranlukast (プランルカスト) / BRIL / sodium site / Cysteinyl Leukotriene Receptor 1
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteinyl leukotriene receptor activity / leukotriene receptor activity / Leukotriene receptors / LTC4-CYSLTR mediated IL4 production / respiratory gaseous exchange by respiratory system / G protein-coupled peptide receptor activity / inflammatory response to antigenic stimulus / neuropeptide signaling pathway / establishment of localization in cell / defense response ...cysteinyl leukotriene receptor activity / leukotriene receptor activity / Leukotriene receptors / LTC4-CYSLTR mediated IL4 production / respiratory gaseous exchange by respiratory system / G protein-coupled peptide receptor activity / inflammatory response to antigenic stimulus / neuropeptide signaling pathway / establishment of localization in cell / defense response / calcium ion transport / 走化性 / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / Potential therapeutics for SARS / electron transfer activity / ペリプラズム / cell surface receptor signaling pathway / iron ion binding / heme binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Cysteinyl leukotriene receptor 1 / Cysteinyl leukotriene receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
プランルカスト / オレイン酸 / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Soluble cytochrome b562 / Cysteinyl leukotriene receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Luginina, A. / Gusach, A. / Marin, E. / Mishin, A. / Brouillette, R. / Popov, P. / Shiryaeva, A. / Besserer-Offroy, E. / Longpre, J.M. / Lyapina, E. ...Luginina, A. / Gusach, A. / Marin, E. / Mishin, A. / Brouillette, R. / Popov, P. / Shiryaeva, A. / Besserer-Offroy, E. / Longpre, J.M. / Lyapina, E. / Ishchenko, A. / Patel, N. / Polovinkin, V. / Safronova, N. / Bogorodskiy, A. / Edelweiss, E. / Liu, W. / Batyuk, A. / Gordeliy, V. / Han, G.W. / Sarret, P. / Katritch, V. / Borshchevskiy, V. / Cherezov, V.
資金援助 ロシア, 米国, カナダ, 3件
組織認可番号国
Russian Science Foundation16-14-10273 ロシア
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM127086 米国
Canadian Institutes of Health ResearchFDN-148413 カナダ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Structure-based mechanism of cysteinyl leukotriene receptor inhibition by antiasthmatic drugs.
著者: Luginina, A. / Gusach, A. / Marin, E. / Mishin, A. / Brouillette, R. / Popov, P. / Shiriaeva, A. / Besserer-Offroy, E. / Longpre, J.M. / Lyapina, E. / Ishchenko, A. / Patel, N. / Polovinkin, ...著者: Luginina, A. / Gusach, A. / Marin, E. / Mishin, A. / Brouillette, R. / Popov, P. / Shiriaeva, A. / Besserer-Offroy, E. / Longpre, J.M. / Lyapina, E. / Ishchenko, A. / Patel, N. / Polovinkin, V. / Safronova, N. / Bogorodskiy, A. / Edelweiss, E. / Hu, H. / Weierstall, U. / Liu, W. / Batyuk, A. / Gordeliy, V. / Han, G.W. / Sarret, P. / Katritch, V. / Borshchevskiy, V. / Cherezov, V.
履歴
登録2019年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年1月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity_src_gen ...atom_site / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_seq_id / _entity_src_gen.host_org_common_name ..._atom_site.auth_seq_id / _entity_src_gen.host_org_common_name / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num
改定 3.02020年4月8日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_poly_seq_scheme ...atom_site / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num ..._atom_site.auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end
改定 3.12022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteinyl leukotriene receptor 1,Soluble cytochrome b562,Cysteinyl leukotriene receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,92313
ポリマ－47,9271
非ポリマー3,99612
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area500 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area20050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.630, 45.350, 86.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cysteinyl leukotriene receptor 1,Soluble cytochrome b562,Cysteinyl leukotriene receptor 1 / CysLTR1 / Cysteinyl leukotriene D4 receptor / LTD4 receptor / G-protein coupled receptor HG55 / ...CysLTR1 / Cysteinyl leukotriene D4 receptor / LTD4 receptor / G-protein coupled receptor HG55 / HMTMF81 / Cytochrome b-562 / CysLTR1 / Cysteinyl leukotriene D4 receptor / LTD4 receptor / G-protein coupled receptor HG55 / HMTMF81


分子量: 47927.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: CYSLTR1, CYSLT1, cybC / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9Y271, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 5種, 28分子

#2: 化合物 ChemComp-KNT / pranlukast / プランルカスト / プランルカスト


分子量: 481.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H23N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: アンタゴニスト*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C21H40O4
#5: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸 / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: crystals had a twiggy shape
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 100 mM sodium citrate pH 6 200-600 mM lithium nitrate 30-38% v/v PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 12749 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 39.62 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.269 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.871 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1278 / CC1/2: 0.642 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDS20161101データ削減
XSCALE20161101データスケーリング
PHASER1.12-2829位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XNW,4EIY

4xnw

4eiy


解像度: 2.7→29.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.878 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.832 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.308 / SU Rfree Blow DPI: 0.333
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 641 5.03 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.229 12755 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6949 Å20 Å215.8184 Å2
2---6.4543 Å20 Å2
3---3.7594 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2999 0 170 16 3185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083258HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.894401HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1088SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes567HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3258HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.07
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion435SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3773SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.96 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2532 152 5.03 %
Rwork0.2513 2868 -
all0.2514 3020 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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