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- PDB-6rwt: Crystal structure of the Cbp3 homolog from Brucella abortus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rwt
タイトルCrystal structure of the Cbp3 homolog from Brucella abortus
要素Ubiquinol-cytochrome C chaperone
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / Respiratory chain (電子伝達系) / Complex III (ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ) / Assembly factor / Mitochondrial translation
機能・相同性Ubiquinol-cytochrome c chaperone, CBP3 / Ubiquinol-cytochrome c chaperone, CBP3-related / Ubiquinol-cytochrome c chaperone / Ubiquinol-cytochrome C chaperone / 酢酸塩 / Ubiquinol-cytochrome C chaperone
機能・相同性情報
生物種Brucella abortus NCTC 8038 (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Masuyer, G. / Ndi, M. / Ott, M. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council2018-03406 スウェーデン
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for the interaction of the chaperone Cbp3 with newly synthesized cytochromebduring mitochondrial respiratory chain assembly.
著者: Ndi, M. / Masuyer, G. / Dawitz, H. / Carlstrom, A. / Michel, M. / Elofsson, A. / Rapp, M. / Stenmark, P. / Ott, M.
履歴
登録2019年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquinol-cytochrome C chaperone
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1107
ポリマ－20,7591
非ポリマー3516
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.418, 55.909, 97.585
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C chaperone


分子量: 20758.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella abortus NCTC 8038 (ウシ流産菌)
遺伝子: BAUG_1320 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M1WEU8
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.43 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% v/v polyethylene glycol 8000, 0.1 M TRIS pH 8.0, 0.2 M magnesium chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→44.4 Å / Num. obs: 46643 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.42→1.44 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 1.906 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2242 / CC1/2: 0.608 / Rpim(I) all: 0.575 / Rrim(I) all: 1.992 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.42→44.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 2.925 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20127 2223 4.8 %RANDOM
Rwork0.16845 ---
obs0.17004 44132 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.538 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2--0.85 Å20 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→44.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1437 0 22 224 1683
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191548
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.181.9712093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92533385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4445194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.74622.94978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.1315268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1751517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021771
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5612.31760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5042.301757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9733.45958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9793.454959
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8592.688788
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8582.688788
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2433.9051136
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.37829.5521812
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.37829.5631813
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.13133018
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.3775160
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.05253060
LS精密化 シェル解像度: 1.42→1.457 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 160 -
Rwork0.372 3139 -
obs--97.09 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.2203 Å / Origin y: 15.3003 Å / Origin z: 15.6417 Å
111213212223313233
T0.0077 Å2-0.0045 Å2-0.0036 Å2-0.0092 Å20.002 Å2--0.0023 Å2
L0.0915 °2-0.0118 °20.0198 °2-0.3931 °20.0994 °2--0.1161 °2
S0.0049 Å °0.0017 Å °0.0017 Å °-0.0317 Å °-0.0064 Å °0.0247 Å °0.0122 Å °-0.0143 Å °0.0015 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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