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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r37 | ||||||
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タイトル | T. brucei FPPS in complex with 2-(5-chlorobenzo[b]thiophen-3-yl)acetic acid | ||||||
要素 | Farnesyl pyrophosphate synthaseジメチルアリルtransトランスフェラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / sterol biosynthesis (ステロイド) / farnesyl diphosphate synthase / Trypanosoma brucei (ブルーストリパノソーマ) / homodimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / isoprenoid biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Muenzker, L. / Petrick, J.K. / Schleberger, C. / Jahnke, W. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Thesis / 年: 2019 タイトル: Targeting Trypanosoma brucei FPPS by Fragment-based drug discovery 著者: Muenzker, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6r37.cif.gz | 149.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6r37.ent.gz | 117.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6r37.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/6r37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r3/6r37 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42169.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GP is an expression-tag 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86C09 |
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#2: 化合物 | ChemComp-3N2 / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-DMS / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.17 % / 解説: thin needles |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.12 M Cesium chloride, 12 %w/v PEG 3350, 12 % v/v DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99996 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99996 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→52.628 Å / Num. obs: 21086 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 18.2 % / Biso Wilson estimate: 56.15 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.083 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 19.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.136 Å / 冗長度: 17.4 % / Rmerge(I) obs: 4.686 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1075 / CC1/2: 0.466 / Rpim(I) all: 1.135 / Rrim(I) all: 4.827 / Rsym value: 4.686 / % possible all: 98.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ryp 解像度: 2.1→52.628 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU R Cruickshank DPI: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.268 / SU Rfree Blow DPI: 0.198 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.195
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原子変位パラメータ | Biso max: 219.29 Å2 / Biso mean: 92.83 Å2 / Biso min: 44.87 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.41 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→52.628 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.11 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 3.2875 Å / Origin y: 11.8605 Å / Origin z: -11.2889 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|* } |