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- PDB-6qx9: Structure of a human fully-assembled precatalytic spliceosome (pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qx9
タイトルStructure of a human fully-assembled precatalytic spliceosome (pre-B complex).
要素
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...核内低分子リボ核タンパク質) x 6
  • (Splicing factor 3A subunit ...) x 3
  • (Splicing factor 3B subunit ...) x 5
  • (U1 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 3
  • (U2 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • (U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 3
  • (U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein ...) x 2
  • (U5 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • (U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 7
  • 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
  • AdML pre-mRNA
  • NHP2-like protein 1
  • PHD finger-like domain-containing protein 5A
  • Pre-mRNA-processing factor 6
  • Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
  • Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23
  • RNA-binding protein 42
  • Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
  • Thioredoxin-like protein 4A
  • U1 snRNA
  • U2 snRNA
  • U4 snRNA
  • U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
キーワードSPLICING / RNP complex / RNA (リボ核酸) / protein (タンパク質) / spliceosome (スプライセオソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal snRNP complex / negative regulation of protein refolding / Lsm2-8 complex / U6 snRNA 3'-end binding / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / R-loop processing ...mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal snRNP complex / negative regulation of protein refolding / Lsm2-8 complex / U6 snRNA 3'-end binding / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / R-loop processing / RNA localization / mRNA Splicing - Major Pathway / U4atac snRNA binding / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U11/U12 snRNP / box C/D sno(s)RNA binding / snRNP binding / U6 snRNP / regulation of ATP-dependent activity / PH domain binding / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / 核小体 / U7 snRNP / B-WICH complex / histone pre-mRNA 3'end processing complex / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / box C/D methylation guide snoRNP complex / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / P-body assembly / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pICln-Sm protein complex / U1 snRNP binding / RNA splicing, via transesterification reactions / spliceosomal tri-snRNP complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / P granule / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / U4 snRNA binding / SMN-Sm protein complex / : / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / U2-type prespliceosome assembly / box C/D snoRNP assembly / commitment complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / rRNA modification in the nucleus and cytosol / U2 snRNP / SAGA complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA Polymerase II Transcription Termination / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / U1 snRNP / U3 snoRNA binding / U2-type prespliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / tRNA processing / pre-mRNA 5'-splice site binding / precatalytic spliceosome / nuclear androgen receptor binding / spliceosomal complex assembly / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / mRNA Splicing - Minor Pathway / regulation of RNA splicing / single fertilization / mRNA catabolic process / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / MLL1 complex / mRNA 3'-splice site recognition / mRNA 5'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / U5 snRNA binding / U5 snRNP / regulation of DNA repair / カハール体 / U2 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / U6 snRNA binding / 転写後修飾 / ribonucleoprotein complex binding / pre-mRNA intronic binding / maturation of SSU-rRNA
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA-processing factor 6/Prp1/STA1 / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27kDa protein / RBM42, RNA recognition motif / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoproteins / USP39 / Serine/threonine-protein PRP4, catalytic domain / snRNP70, RNA recognition motif / PRP4-like superfamily / pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like / U1 small nuclear ribonucleoprotein C ...Pre-mRNA-processing factor 6/Prp1/STA1 / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27kDa protein / RBM42, RNA recognition motif / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoproteins / USP39 / Serine/threonine-protein PRP4, catalytic domain / snRNP70, RNA recognition motif / PRP4-like superfamily / pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / PWI domain superfamily / PWI domain / PWI domain profile. / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / Splicing factor 3A subunit 1, ubiquitin domain / SF3B4, RNA recognition motif 2 / Splicing factor SF3a60 binding domain / Splicing factor SF3a60 binding domain / Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Sm-like protein Lsm8 / pre-mRNA processing factor 3 domain / PWI domain / : / Replication stress response SDE2 C-terminal / PWI, domain in splicing factors / Cactus-binding C-terminus of cactin protein / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / Dim1 family / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Mitosis protein DIM1 / Mitosis protein DIM1 / Sm-like protein Lsm7 / PRP1 splicing factor, N-terminal / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 1 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / PRP1 splicing factor, N-terminal / Splicing factor 3A subunit 1 / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / SF3A2 domain / Pre-mRNA-splicing factor SF3a complex subunit 2 (Prp11) / Splicing factor SF3a60 /Prp9 subunit, C-terminal / SF3A3 domain / SF3B4, RNA recognition motif 1 / SF3a60/Prp9 C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor SF3A3, of SF3a complex, Prp9 / Splicing factor 3B, subunit 5 / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / Domain of unknown function DUF382 / Domain of unknown function (DUF382) / Zinc-finger of C2H2 type / : / PHF5-like / PHF5-like protein / PSP, proline-rich / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Splicing factor 3B subunit 1-like / Zinc finger matrin-type profile. / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / ロイシンリッチリピート / NOSIC / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / NOSIC (NUC001) domain
類似検索 - ドメイン・相同性
グアノシン三リン酸 / フィチン酸 / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Splicing factor 3B subunit 1 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase ...グアノシン三リン酸 / フィチン酸 / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Splicing factor 3B subunit 1 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / NHP2-like protein 1 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Thioredoxin-like protein 4A / Splicing factor 3A subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 2 / Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Splicing factor 3B subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 4 / Splicing factor 3A subunit 2 / Splicing factor 3A subunit 1 / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / PHD finger-like domain-containing protein 5A / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Pre-mRNA-processing factor 6 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / RNA-binding protein 42 / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 / Splicing factor 3B subunit 5 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Charenton, C. / Wilkinson, M.E. / Nagai, K.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
European Research CouncilAdG-693087-SPLICE3D 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184330 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Mechanism of 5' splice site transfer for human spliceosome activation.
著者: Clément Charenton / Max E Wilkinson / Kiyoshi Nagai /
要旨: The prespliceosome, comprising U1 and U2 small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) bound to the precursor messenger RNA 5' splice site (5'SS) and branch point sequence, associates with the U4/U6.U5 ...The prespliceosome, comprising U1 and U2 small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) bound to the precursor messenger RNA 5' splice site (5'SS) and branch point sequence, associates with the U4/U6.U5 tri-snRNP to form the fully assembled precatalytic pre-B spliceosome. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the human pre-B complex captured before U1 snRNP dissociation at 3.3-angstrom core resolution and the human tri-snRNP at 2.9-angstrom resolution. U1 snRNP inserts the 5'SS-U1 snRNA helix between the two RecA domains of the Prp28 DEAD-box helicase. Adenosine 5'-triphosphate-dependent closure of the Prp28 RecA domains releases the 5'SS to pair with the nearby U6 ACAGAGA-box sequence presented as a mobile loop. The structures suggest that formation of the 5'SS-ACAGAGA helix triggers remodeling of an intricate protein-RNA network to induce Brr2 helicase relocation to its loading sequence in U4 snRNA, enabling Brr2 to unwind the U4/U6 snRNA duplex to allow U6 snRNA to form the catalytic center of the spliceosome.
履歴
登録2019年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 2.02020年10月7日Group: Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity_poly / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4665
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4665
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: U1 snRNA
6: U6 snRNA
5O: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
B4: Splicing factor 3B subunit 4
13: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
4B: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4
5e: Small nuclear ribonucleoprotein E
I: AdML pre-mRNA
1K: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa
4C: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31
41: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
R: RNA-binding protein 42
1f: Small nuclear ribonucleoprotein F
4e: Small nuclear ribonucleoprotein E
66: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
X: U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein
22: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
5: U5 snRNA
67: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
62: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
2B: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
53: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
A2: Splicing factor 3A subunit 2
B2: Splicing factor 3B subunit 2
2f: Small nuclear ribonucleoprotein F
5C: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
5X: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23
11: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
42: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
1b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
B5: Splicing factor 3B subunit 5
1A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
S: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1
5f: Small nuclear ribonucleoprotein F
5J: Pre-mRNA-processing factor 6
51: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
4D: NHP2-like protein 1
63: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
2b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
2: U2 snRNA
4f: Small nuclear ribonucleoprotein F
B3: Splicing factor 3B subunit 3
1g: Small nuclear ribonucleoprotein G
23: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
5b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
68: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8
43: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
1e: Small nuclear ribonucleoprotein E
5A: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
A3: Splicing factor 3A subunit 3
U: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2
2g: Small nuclear ribonucleoprotein G
5D: Thioredoxin-like protein 4A
52: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
12: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
64: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
2e: Small nuclear ribonucleoprotein E
BP: PHD finger-like domain-containing protein 5A
1C: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
5g: Small nuclear ribonucleoprotein G
K: Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
4b: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
4A: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3
21: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
4g: Small nuclear ribonucleoprotein G
4: U4 snRNA
2A: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
A1: Splicing factor 3A subunit 1,Splicing factor 3A subunit 1,Splicing factor 3A subunit 1
65: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
5B: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
B1: Splicing factor 3B subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,871,62280
ポリマ－2,870,02271
非ポリマー1,6009
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
RNA鎖 , 6種, 6分子 16I524

#1: RNA鎖 U1 snRNA /


分子量: 52697.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: RNA鎖 U6 snRNA /


分子量: 34098.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#8: RNA鎖 AdML pre-mRNA


分子量: 15279.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)
#17: RNA鎖 U5 snRNA /


分子量: 37254.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#32: RNA鎖 U2 snRNA /


分子量: 60170.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#45: RNA鎖 U4 snRNA /


分子量: 46997.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

+
U5 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 5O5B

#3: タンパク質 U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / U5-40K / 38 kDa-splicing factor / Prp8-binding protein / hPRP8BP / U5 snRNP-specific 40 kDa protein ...U5-40K / 38 kDa-splicing factor / Prp8-binding protein / hPRP8BP / U5 snRNP-specific 40 kDa protein / WD repeat-containing protein 57


分子量: 39359.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96DI7
#49: タンパク質 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 ...Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 kDa protein / U5-200KD


分子量: 244823.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75643, ヘリカーゼ

+
Splicing factor 3B subunit ... , 5種, 5分子 B4B2B5B3B1

#4: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 4 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 49 kDa subunit / Spliceosome-associated protein 49 / SAP 49


分子量: 44436.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15427
#22: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 2 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 145 kDa subunit / SF3b145 / Spliceosome-associated protein 145 / SAP 145


分子量: 100377.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13435
#26: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 5 / SF3b5 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 10 kDa subunit


分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BWJ5
#33: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 3 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein ...Pre-mRNA-splicing factor SF3b 130 kDa subunit / SF3b130 / STAF130 / Spliceosome-associated protein 130 / SAP 130


分子量: 135718.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15393
#50: タンパク質 Splicing factor 3B subunit 1 / Pre-mRNA-splicing factor SF3b 155 kDa subunit / SF3b155 / Spliceosome-associated protein 155 / SAP 155


分子量: 146024.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75533

+
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 24分子 135323435e4e1e2e411151211f2f5f4f224252121g2g5g4g

#5: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 13940.308 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318
#7: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / SmE


分子量: 10817.601 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62304
#11: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / Sm-D autoantigen / snRNP core protein D1


分子量: 13310.653 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314
#13: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / SmF


分子量: 9734.171 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62306
#16: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 13551.928 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316
#34: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / SmG


分子量: 8508.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308

+
U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ... , 3種, 3分子 4B4C4A

#6: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / PRP4 homolog / hPrp4 / U4/U6 snRNP 60 kDa protein / WD splicing factor Prp4


分子量: 58536.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43172
#10: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Pre-mRNA-processing factor 31 / Serologically defined breast cancer antigen NY-BR-99 / U4/U6 snRNP ...Pre-mRNA-processing factor 31 / Serologically defined breast cancer antigen NY-BR-99 / U4/U6 snRNP 61 kDa protein / hPrp31


分子量: 55528.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WWY3
#44: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / hPrp3 / U4/U6 snRNP 90 kDa protein


分子量: 77669.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43395

+
U1 small nuclear ribonucleoprotein ... , 3種, 3分子 1K1A1C

#9: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa / snRNP70


分子量: 51683.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08621
#27: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A


分子量: 31319.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09012
#42: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein C / U1C


分子量: 17415.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09234

+
タンパク質 , 11種, 14分子 RX5C5X1b2b5b4b5J4D5A5DBPK

#12: タンパク質 RNA-binding protein 42 / RNA-binding motif protein 42


分子量: 50477.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BTD8
#15: タンパク質 U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein / U4/U6.U5-27K / Nucleic acid-binding protein RY-1 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated 27 kDa protein / ...U4/U6.U5-27K / Nucleic acid-binding protein RY-1 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated 27 kDa protein / 27K / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 3


分子量: 18915.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WVK2
#23: タンパク質 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP- ...Elongation factor Tu GTP-binding domain-containing protein 2 / SNU114 homolog / hSNU114 / U5 snRNP-specific protein / 116 kDa / U5-116 kDa


分子量: 95968.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15029
#24: タンパク質 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 / 100 kDa U5 snRNP-specific protein / DEAD box protein 23 / PRP28 homolog / U5-100kD


分子量: 95785.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX23 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BCY123 / 参照: UniProt: Q9BUQ8, ヘリカーゼ
#25: タンパク質
Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / snRNP-B / Sm protein B/B' / SmB/B'


分子量: 24642.131 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14678
#29: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 6


分子量: 97004.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q91YR7*PLUS
#30: タンパク質 NHP2-like protein 1 / High mobility group-like nuclear protein 2 homolog 1 / OTK27 / SNU13 homolog / hSNU13 / U4/U6.U5 ...High mobility group-like nuclear protein 2 homolog 1 / OTK27 / SNU13 homolog / hSNU13 / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein SNU13 / U4/U6.U5 tri-snRNP 15.5 kDa protein


分子量: 14191.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55769
#36: タンパク質 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 220 kDa U5 snRNP-specific protein / PRP8 homolog / Splicing factor Prp8 / p220


分子量: 271508.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P2Q9
#39: タンパク質 Thioredoxin-like protein 4A / DIM1 protein homolog / Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein / Thioredoxin-like U5 snRNP ...DIM1 protein homolog / Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein / Thioredoxin-like U5 snRNP protein U5-15kD


分子量: 16807.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83876
#41: タンパク質 PHD finger-like domain-containing protein 5A / PHD finger-like domain protein 5A / Splicing factor 3B-associated 14 kDa protein / SF3b14b


分子量: 11644.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7RTV0
#43: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog / PRP4 kinase / PRP4 pre-mRNA-processing factor 4 homolog


分子量: 117264.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q13523, non-specific serine/threonine protein kinase

+
U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 7分子 66676263686465

#14: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6


分子量: 9139.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62312
#18: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7


分子量: 11617.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UK45
#19: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Protein G7b / Small nuclear ribonuclear protein D homolog / snRNP core Sm-like protein Sm-x5


分子量: 10847.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y333
#31: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3


分子量: 11859.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62310
#35: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8


分子量: 10410.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95777
#40: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / Glycine-rich protein / GRP


分子量: 15375.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y4Z0
#48: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5


分子量: 9945.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y4Y9

+
U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 2B2A

#20: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 snRNP B''


分子量: 25524.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08579
#46: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A'


分子量: 28456.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09661

+
Splicing factor 3A subunit ... , 3種, 3分子 A2A3A1

#21: タンパク質 Splicing factor 3A subunit 2 / SF3a66 / Spliceosome-associated protein 62 / SAP 62


分子量: 24340.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15428
#37: タンパク質 Splicing factor 3A subunit 3 / SF3a60 / Spliceosome-associated protein 61 / SAP 61


分子量: 58934.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12874
#47: タンパク質 Splicing factor 3A subunit 1,Splicing factor 3A subunit 1,Splicing factor 3A subunit 1 / SF3a120 / Spliceosome-associated protein 114 / SAP 114


分子量: 71619.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15459

+
U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein ... , 2種, 2分子 SU

#28: タンパク質 U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / SNU66 homolog / hSnu66 / Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 1 / hSART-1 / U4/U6. ...SNU66 homolog / hSnu66 / Squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 1 / hSART-1 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated 110 kDa protein


分子量: 90414.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43290
#38: タンパク質 U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2 / Inactive ubiquitin-specific peptidase 39 / SAD1 homolog / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated 65 kDa protein / 65K


分子量: 64408.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q53GS9

+
非ポリマー , 4種, 9分子

#51: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#52: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#53: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#54: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸 / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Fully-assembled precatalytic spliceosome (pre-B complex).COMPLEX#1-#500MULTIPLE SOURCES
2Fully-assembled precatalytic spliceosome (pre-B complex).COMPLEX#1-#7, #9-#14, #16, #18-#23, #27-#50, #25-#26, #15, #171NATURAL
3Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23COMPLEX#241RECOMBINANT
4AdML pre-mRNACOMPLEX#81RECOMBINANT
分子量値: 3.0 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
34Human adenovirus 2 (ヒトアデノウイルス)10515
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
24synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.9
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHepes KOH1
250 mMKCl1
31 mMDTT1
40.2 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸1
試料濃度: 1.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2Gautomatch粒子像選択
3EPU画像取得
5GctfCTF補正
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1130953
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86146 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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