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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qvt | ||||||
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タイトル | CMP-Sialic acid bound structure of the human wild type Beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1 (ST6Gal1) | ||||||
要素 | Beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Sialyltransferase / Beta-galactoside alpha-2 / 6-sialyltransferase 1 / ST6Gal1 / N-linked glycosylation (N-結合型グリコシル化) / CMP-Sia / Sialic acid (シアル酸) / Cytidine-5'-monophospho-N-acetylneuraminic / CMP-Neu5Ac / CMP-Sialic acid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-galactoside alpha-(2,6)-sialyltransferase / beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase activity / Maturation of protein 3a / sialyltransferase activity / N-acetylneuraminate metabolic process / シアル酸 / Maturation of protein 3a / N-Glycan antennae elongation / Golgi trans cisterna / Termination of O-glycan biosynthesis ...beta-galactoside alpha-(2,6)-sialyltransferase / beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase activity / Maturation of protein 3a / sialyltransferase activity / N-acetylneuraminate metabolic process / シアル酸 / Maturation of protein 3a / N-Glycan antennae elongation / Golgi trans cisterna / Termination of O-glycan biosynthesis / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of chemotaxis / O-glycan processing / Sialic acid metabolism / negative regulation of macrophage apoptotic process / protein N-linked glycosylation via asparagine / positive regulation of mononuclear cell proliferation / Golgi cisterna membrane / 液性免疫 / Golgi medial cisterna / response to ethanol / Maturation of spike protein / viral protein processing / ゴルジ体 / ゴルジ体 / protein homodimerization activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Harrus, D. / Glumoff, T. | ||||||
資金援助 | フィンランド, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020 タイトル: Unliganded and CMP-Neu5Ac bound structures of human alpha-2,6-sialyltransferase ST6Gal I at high resolution. 著者: Harrus, D. / Harduin-Lepers, A. / Glumoff, T. #1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020 タイトル: Unliganded and CMP-Neu5Ac bound structures of human alpha-2,6-sialyltransferase ST6Gal I at high resolution 著者: Harrus, D. / Harduin-Lepers, A. / Glumoff, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qvt.cif.gz | 133.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qvt.ent.gz | 103.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qvt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/6qvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/6qvt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6qvsC 4js1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.5281/zenodo.3979891 / データの種類: other data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31803.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Compound details: residues 365-371 (chain A) and 132-135, 366-371 (chain B) did not have clear electron density and were not traced 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ST6GAL1, SIAT1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P15907, beta-galactoside alpha-(2,6)-sialyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.62 % / 解説: 30-100 um prism-shaped plates |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.1 M Ammonium Acetate, 10% (w/v) PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976254 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976254 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→48.346 Å / Num. obs: 104377 / % possible obs: 98.73 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.0419 / Rpim(I) all: 0.02626 / Rrim(I) all: 0.04958 / Net I/σ(I): 13.87 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.761 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6138 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 10330 / Rpim(I) all: 0.3763 / Rrim(I) all: 0.7214 / % possible all: 97.78 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4JS1 解像度: 1.7→48.346 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.13 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.38 Å2 / Biso mean: 35.2105 Å2 / Biso min: 15.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→48.346 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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