PDB-6qsz: Crystal structure of the Sir4 H-BRCT domain in complex with Esc1 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qsz

タイトル

Crystal structure of the Sir4 H-BRCT domain in complex with Esc1 pS1450 peptide

要素

Regulatory protein SIR4
Silent chromatin protein ESC1

キーワード

NUCLEAR PROTEIN /

Heterochromatin (ヘテロクロマチン)

機能・相同性

機能・相同性情報

: /

chromosome, telomeric region => GO:0000781 / subtelomeric heterochromatin formation => GO:0031509 / establishment of protein-containing complex localization to telomere / telomere tethering at nuclear periphery / chromatin silencing complex / silent mating-type cassette heterochromatin formation / positive regulation of heterochromatin formation / subtelomeric heterochromatin formation /

nucleosome binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Deshpande, I. / Keusch, J.J. / Challa, K. / Iesmantavicius, V. / Gasser, S.M. / Gut, H.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2019
タイトル: The Sir4 H-BRCT domain interacts with phospho-proteins to sequester and repress yeast heterochromatin.
著者: Deshpande, I. / Keusch, J.J. / Challa, K. / Iesmantavicius, V. / Gasser, S.M. / Gut, H.

履歴

登録	2019年2月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qsz.cif.gz	404.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qsz.ent.gz	347.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qsz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/6qsz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/6qsz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qtmC 6rr0C 6rrvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rr0-7 1mlh-d 2spn-d 7l3u-d 1ofk-d 1n9h-d 3rjn-d 4mdw-d 2hnb-d 3hep-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (3) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (2) #248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (3)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (2)
#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Regulatory protein SIR4

B: Silent chromatin protein ESC1

C: Regulatory protein SIR4

D: Silent chromatin protein ESC1

E: Regulatory protein SIR4

F: Silent chromatin protein ESC1

G: Regulatory protein SIR4

H: Silent chromatin protein ESC1

I: Regulatory protein SIR4

J: Silent chromatin protein ESC1

K: Regulatory protein SIR4

L: Silent chromatin protein ESC1

M: Regulatory protein SIR4

N: Silent chromatin protein ESC1

O: Regulatory protein SIR4

P: Silent chromatin protein ESC1

ヘテロ分子

135 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Regulatory protein SIR4

B: Silent chromatin protein ESC1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, Kd determination by microscale thermophoresis
16.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Regulatory protein SIR4

D: Silent chromatin protein ESC1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Regulatory protein SIR4

F: Silent chromatin protein ESC1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Regulatory protein SIR4

H: Silent chromatin protein ESC1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 2 ポリマー
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5

K: Regulatory protein SIR4

L: Silent chromatin protein ESC1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 2 ポリマー
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6

M: Regulatory protein SIR4

N: Silent chromatin protein ESC1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 2 ポリマー
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7

O: Regulatory protein SIR4

P: Silent chromatin protein ESC1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 2 ポリマー
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8

I: Regulatory protein SIR4

J: Silent chromatin protein ESC1

ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.060, 68.340, 77.810
Angle α, β, γ (deg.)	72.61, 84.10, 87.41
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Regulatory protein SIR4 / Silent information regulator 4 分子量: 15059.491 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fragment, residues 961-1085 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SIR4, ASD1, STE9, UTH2, YDR227W, YD9934.12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 DE3 / 参照: UniProt: P11978
#2: タンパク質・ペプチド	Silent chromatin protein ESC1 / Establishes silent chromatin protein 1 分子量: 1807.777 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: fragment of Q03661, residues 1443-1458 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 参照: UniProt: Q03661
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30% PEG 4000 0.2 M ammonium acetate 0.1 m sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 42465 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 67 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 7.69
反射シェル	解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.291 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.5	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→46.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9367 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9137 / SU R Cruickshank DPI: 0.447 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.394 / SU R_free Blow DPI: 0.249 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.26

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2339	2124	5 %	RANDOM
R_work	0.1893	-	-	-
obs	0.1916	42465	96.53 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.2056 Å²	-0.3485 Å²	-6.7382 Å²
2-	-	-16.3449 Å²	-3.4567 Å²
3-	-	-	11.1393 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.405 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→46.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7999	0	1	182	8182

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	8229	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.14	11077	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2982	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		262	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1104	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		8229	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.49
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.7
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1070	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		3	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		8990	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3141	149	5.01 %
R_work	0.251	2823	-
all	0.2541	2972	-
obs	-	-	96.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4392	-0.8408	-0.1213	1.4646	-0.0523	5.115	-0.0561	-0.0308	0.0335	-0.066	-0.0836	-0.0279	-0.1746	0.0088	0.1397	-0.2004	0.0389	-0.0449	-0.0892	-0.0356	-0.0931	6.0194	-8.4088	5.4389
2	0.4376	0.1069	-1.4723	4.152	1.6893	9.6379	-0.0759	0.195	-0.4194	-0.3645	0.1026	-0.2889	0.6216	-0.0077	-0.0267	-0.0743	-0.0396	0.1434	-0.1499	-0.0082	-0.1514	1.8251	16.4544	39.4262
3	3.8713	-0.7962	-1.7227	1.2831	-0.1101	6.2903	-0.0913	-0.4284	0.0693	0.269	0.0227	-0.1917	-0.1311	0.7656	0.0686	-0.1239	-0.0304	-0.0763	0.0225	0.0003	-0.2234	-21.872	-5.0392	32.5985
4	3.7911	-2.048	-2.7185	1.1704	0.4193	7.7606	-0.1791	0.6911	-0.2193	0.0138	-0.2617	0.1783	0.3447	-0.7773	0.4407	-0.1175	-0.0769	0.0257	0.0037	-0.1188	-0.2134	-44.3435	-9.7072	49.0775
5	4.9613	-0.4589	-0.4721	0.7323	0.3439	3.9071	-0.0157	0.4728	-0.2319	-0.1499	0.0322	0.1121	-0.086	-0.3325	-0.0165	-0.1541	-0.008	-0.0564	-0.0075	0.0057	-0.093	-28.3186	-9.7139	6.0189
6	1.6305	-0.1176	-1.3643	4.5925	-2.1512	4.9156	0.041	-0.187	0.0789	0.4389	0.0804	0.4636	-0.0264	-0.2524	-0.1214	-0.0573	-0.0183	0.116	-0.069	-0.0777	-0.174	1.4261	-33.7349	18.5341
7	3.5145	2.6111	-0.3972	3.1454	-1.2659	6.1959	-0.2296	0.1122	0.3319	-0.0264	0.0801	-0.0514	-0.6738	0.0203	0.1495	-0.0717	0.105	-0.0286	-0.1319	0.0939	-0.1516	-12.7175	6.903	-10.8066
8	2.391	0.3379	-2.2005	3.5516	-1.3505	7.3884	-0.1056	-0.0403	-0.1601	-0.3883	-0.2875	-0.4671	1.1092	0.5793	0.3931	-0.0231	0.1798	0.1304	-0.1517	0.0885	-0.1762	-44.2551	-41.5979	0.5837

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ O\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ E\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ G\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ I\|* }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ K\|* }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ M\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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