[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7l3u: Crystal structure of I107E F33Y CuB myoglobin (I107E F33Y L29H F4... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7l3u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of I107E F33Y CuB myoglobin (I107E F33Y L29H F43H sperm whale myoglobin) | ||||||
Components | Myoglobin | ||||||
Keywords | OXYGEN TRANSPORT / globin / oxidase / oxygen binding / oxygen reduction / OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information Oxidoreductases; Acting on other nitrogenous compounds as donors / nitrite reductase activity / sarcoplasm / Oxidoreductases; Acting on a peroxide as acceptor; Peroxidases / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Physeter macrocephalus (sperm whale) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.47 Å | ||||||
Authors | Petrik, I. / Lu, Y. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2021 Title: An Engineered Glutamate in Biosynthetic Models of Heme-Copper Oxidases Drives Complete Product Selectivity by Tuning the Hydrogen-Bonding Network. Authors: Petrik, I.D. / Davydov, R. / Kahle, M. / Sandoval, B. / Dwaraknath, S. / Adelroth, P. / Hoffman, B. / Lu, Y. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7l3u.cif.gz | 100.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7l3u.ent.gz | 62.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7l3u.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7l3u_validation.pdf.gz | 803.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7l3u_full_validation.pdf.gz | 805.8 KB | Display | |
Data in XML | 7l3u_validation.xml.gz | 10.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7l3u_validation.cif.gz | 14 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/7l3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/7l3u | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7kyrC 7l3yC 4fwxS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 17414.064 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: L29H, F33Y, F43H, I107E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Physeter macrocephalus (sperm whale) / Gene: MB / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P02185 |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-HEM / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.07 % / Description: Solid rectangular prism |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.6 Details: 1.5-2.0 mM protein in 20 mM tris sulfate pH 8.0 buffer, mixed 1:1 with crystallization solution composed of 100 mM tris sulfate pH 8.6, 200 mM sodium acetate, and 30% w/v PEG 10000, to yield ...Details: 1.5-2.0 mM protein in 20 mM tris sulfate pH 8.0 buffer, mixed 1:1 with crystallization solution composed of 100 mM tris sulfate pH 8.6, 200 mM sodium acetate, and 30% w/v PEG 10000, to yield a final volume of 150-200uL; this was equilibrated against 30mL of same crystalization solution. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Ambient temp details: LN2 cryostream / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.9786 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jun 4, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.47→50 Å / Num. obs: 25784 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 1.666 / Net I/σ(I): 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4FWX Resolution: 1.47→20.49 Å / SU ML: 0.2046 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.8457 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.47→20.49 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
|