[日本語] English
万見
- PDB-6qn1: T=4 quasi-symmetric bacterial microcompartment particle -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qn1
タイトルT=4 quasi-symmetric bacterial microcompartment particle
要素
  • BMC domain-containing protein
  • Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / bacterial microcompartment / protein shell / GRM2 type microcompartment / EutN / ccmK / PduA
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial microcompartment
類似検索 - 分子機能
Ethanolamine utilization protein EutN/carboxysome shell vertex protein CcmL / EutN/Ccml superfamily / Ethanolamine utilisation protein EutN/carboxysome / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC
類似検索 - ドメイン・相同性
BMC domain-containing protein / Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Kalnins, G.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Encapsulation mechanisms and structural studies of GRM2 bacterial microcompartment particles.
著者: Gints Kalnins / Eva-Emilija Cesle / Juris Jansons / Janis Liepins / Anatolij Filimonenko / Kaspars Tars /
要旨: Bacterial microcompartments (BMCs) are prokaryotic organelles consisting of a protein shell and an encapsulated enzymatic core. BMCs are involved in several biochemical processes, such as choline, ...Bacterial microcompartments (BMCs) are prokaryotic organelles consisting of a protein shell and an encapsulated enzymatic core. BMCs are involved in several biochemical processes, such as choline, glycerol and ethanolamine degradation and carbon fixation. Since non-native enzymes can also be encapsulated in BMCs, an improved understanding of BMC shell assembly and encapsulation processes could be useful for synthetic biology applications. Here we report the isolation and recombinant expression of BMC structural genes from the Klebsiella pneumoniae GRM2 locus, the investigation of mechanisms behind encapsulation of the core enzymes, and the characterization of shell particles by cryo-EM. We conclude that the enzymatic core is encapsulated in a hierarchical manner and that the CutC choline lyase may play a secondary role as an adaptor protein. We also present a cryo-EM structure of a pT = 4 quasi-symmetric icosahedral shell particle at 3.3 Å resolution, and demonstrate variability among the minor shell forms.
履歴
登録2019年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年2月12日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics / Item: _em_imaging_optics.phase_plate

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4595
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4595
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
AB: BMC domain-containing protein
AC: BMC domain-containing protein
AD: BMC domain-containing protein
AE: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
AF: BMC domain-containing protein
AG: BMC domain-containing protein
AH: BMC domain-containing protein
AI: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
AJ: BMC domain-containing protein
AK: BMC domain-containing protein
AL: BMC domain-containing protein
AM: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
AN: BMC domain-containing protein
AO: BMC domain-containing protein
AP: BMC domain-containing protein
AQ: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
AR: BMC domain-containing protein
AS: BMC domain-containing protein
AT: BMC domain-containing protein
AU: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
AV: BMC domain-containing protein
AW: BMC domain-containing protein
AX: BMC domain-containing protein
AY: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
AZ: BMC domain-containing protein
BA: BMC domain-containing protein
BB: BMC domain-containing protein
BC: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
BD: BMC domain-containing protein
BE: BMC domain-containing protein
BF: BMC domain-containing protein
BG: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
BH: BMC domain-containing protein
BI: BMC domain-containing protein
BJ: BMC domain-containing protein
BK: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
BL: BMC domain-containing protein
BM: BMC domain-containing protein
BN: BMC domain-containing protein
BO: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
BP: BMC domain-containing protein
BQ: BMC domain-containing protein
BR: BMC domain-containing protein
BS: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
BT: BMC domain-containing protein
BU: BMC domain-containing protein
BV: BMC domain-containing protein
BW: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
BX: BMC domain-containing protein
BY: BMC domain-containing protein
BZ: BMC domain-containing protein
CA: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
CB: BMC domain-containing protein
CC: BMC domain-containing protein
CD: BMC domain-containing protein
CE: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
CF: BMC domain-containing protein
CG: BMC domain-containing protein
CH: BMC domain-containing protein
CI: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
CJ: BMC domain-containing protein
CK: BMC domain-containing protein
CL: BMC domain-containing protein
CM: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
CN: BMC domain-containing protein
CO: BMC domain-containing protein
CP: BMC domain-containing protein
CQ: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
CR: BMC domain-containing protein
CS: BMC domain-containing protein
CT: BMC domain-containing protein
CU: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
CV: BMC domain-containing protein
CW: BMC domain-containing protein
CX: BMC domain-containing protein
CY: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
CZ: BMC domain-containing protein
DA: BMC domain-containing protein
DB: BMC domain-containing protein
DC: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
DD: BMC domain-containing protein
DE: BMC domain-containing protein
DF: BMC domain-containing protein
DG: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
DH: BMC domain-containing protein
DI: BMC domain-containing protein
DJ: BMC domain-containing protein
DK: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
DL: BMC domain-containing protein
DM: BMC domain-containing protein
DN: BMC domain-containing protein
DO: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
DP: BMC domain-containing protein
DQ: BMC domain-containing protein
DR: BMC domain-containing protein
DS: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
DT: BMC domain-containing protein
DU: BMC domain-containing protein
DV: BMC domain-containing protein
DW: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
DX: BMC domain-containing protein
DY: BMC domain-containing protein
DZ: BMC domain-containing protein
EA: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
EB: BMC domain-containing protein
EC: BMC domain-containing protein
ED: BMC domain-containing protein
EE: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
EF: BMC domain-containing protein
EG: BMC domain-containing protein
EH: BMC domain-containing protein
EI: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
EJ: BMC domain-containing protein
EK: BMC domain-containing protein
EL: BMC domain-containing protein
EM: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
EN: BMC domain-containing protein
EO: BMC domain-containing protein
EP: BMC domain-containing protein
EQ: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
ER: BMC domain-containing protein
ES: BMC domain-containing protein
ET: BMC domain-containing protein
EU: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
EV: BMC domain-containing protein
EW: BMC domain-containing protein
EX: BMC domain-containing protein
EY: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
EZ: BMC domain-containing protein
FA: BMC domain-containing protein
FB: BMC domain-containing protein
FC: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
FD: BMC domain-containing protein
FE: BMC domain-containing protein
FF: BMC domain-containing protein
FG: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
FH: BMC domain-containing protein
FI: BMC domain-containing protein
FJ: BMC domain-containing protein
FK: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
FL: BMC domain-containing protein
FM: BMC domain-containing protein
FN: BMC domain-containing protein
FO: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
FP: BMC domain-containing protein
FQ: BMC domain-containing protein
FR: BMC domain-containing protein
FS: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
FT: BMC domain-containing protein
FU: BMC domain-containing protein
FV: BMC domain-containing protein
FW: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
FX: BMC domain-containing protein
FY: BMC domain-containing protein
FZ: BMC domain-containing protein
GA: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
GB: BMC domain-containing protein
GC: BMC domain-containing protein
GD: BMC domain-containing protein
GE: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
GF: BMC domain-containing protein
GG: BMC domain-containing protein
GH: BMC domain-containing protein
GI: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
GJ: BMC domain-containing protein
GK: BMC domain-containing protein
GL: BMC domain-containing protein
GM: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
GN: BMC domain-containing protein
GO: BMC domain-containing protein
GP: BMC domain-containing protein
GQ: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
GR: BMC domain-containing protein
GS: BMC domain-containing protein
GT: BMC domain-containing protein
GU: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
GV: BMC domain-containing protein
GW: BMC domain-containing protein
GX: BMC domain-containing protein
GY: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
GZ: BMC domain-containing protein
HA: BMC domain-containing protein
HB: BMC domain-containing protein
HC: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
HD: BMC domain-containing protein
HE: BMC domain-containing protein
HF: BMC domain-containing protein
HG: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
HH: BMC domain-containing protein
HI: BMC domain-containing protein
HJ: BMC domain-containing protein
HK: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
HL: BMC domain-containing protein
HM: BMC domain-containing protein
HN: BMC domain-containing protein
HO: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
HP: BMC domain-containing protein
HQ: BMC domain-containing protein
HR: BMC domain-containing protein
HS: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
HT: BMC domain-containing protein
HU: BMC domain-containing protein
HV: BMC domain-containing protein
HW: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
HX: BMC domain-containing protein
HY: BMC domain-containing protein
HZ: BMC domain-containing protein
IA: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
IB: BMC domain-containing protein
IC: BMC domain-containing protein
ID: BMC domain-containing protein
IE: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
IF: BMC domain-containing protein
IG: BMC domain-containing protein
IH: BMC domain-containing protein
II: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
IJ: BMC domain-containing protein
IK: BMC domain-containing protein
IL: BMC domain-containing protein
IM: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
IN: BMC domain-containing protein
IO: BMC domain-containing protein
IP: BMC domain-containing protein
IQ: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
IR: BMC domain-containing protein
IS: BMC domain-containing protein
IT: BMC domain-containing protein
IU: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
IV: BMC domain-containing protein
IW: BMC domain-containing protein
IX: BMC domain-containing protein
IY: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
IZ: BMC domain-containing protein
JA: BMC domain-containing protein
JB: BMC domain-containing protein
JC: Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL
JD: BMC domain-containing protein
JE: BMC domain-containing protein
JF: BMC domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,453,538240
ポリマ－2,453,538240
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 ...
Carbon dioxide concentrating mechanism protein CcmL / Ethanolamine utilization protein EutN (BMC-P)


分子量: 9962.463 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ccmL, SAMEA4873648_04509 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A486QTH6
#2: タンパク質 ...
BMC domain-containing protein / Ethanolamine utilization polyhedral-body-like protein EutM / Propanediol utilization protein PduA / ...Ethanolamine utilization polyhedral-body-like protein EutM / Propanediol utilization protein PduA / Propanediol utilization protein PduJ


分子量: 10309.946 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J4R4X1

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: T=4 quasi-symmetric bacterial microcompartment particle
タイプ: COMPLEX
詳細: Bacterial microcompartment particle made by coexpression of shell proteins
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 2.45 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMNaCl塩化ナトリウム1
220 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample was purified with gel filtration
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291 K / 詳細: blot for 4 seconds before plunging

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1400 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 1316
電子光学装置位相板: VOLTA PHASE PLATE
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2EPU画像取得
4RELION3CTF補正
7UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
11RELION3分類
12RELION3３次元再構成
19REFMAC5.8.0238モデル精密化
20PHENIX1.16-3549モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 62533
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45915 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 149.892 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
14N8X

4n8x

AA1
24QIV

4qiv

AB1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る