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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6qjf | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the third PDZ domain of PSD-95 protein D332P mutant: space group C121, structure 1 | |||||||||
要素 | Disks large homolog 4 | |||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / pdz domain (PDZドメイン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 LGI-ADAM interactions / P2Y1 nucleotide receptor binding / beta-1 adrenergic receptor binding / neuroligin family protein binding / NrCAM interactions / receptor localization to synapse / positive regulation of neuron projection arborization / regulation of grooming behavior / synaptic vesicle maturation / cerebellar mossy fiber ...LGI-ADAM interactions / P2Y1 nucleotide receptor binding / beta-1 adrenergic receptor binding / neuroligin family protein binding / NrCAM interactions / receptor localization to synapse / positive regulation of neuron projection arborization / regulation of grooming behavior / synaptic vesicle maturation / cerebellar mossy fiber / Synaptic adhesion-like molecules / cellular response to potassium ion / protein localization to synapse / vocalization behavior / neuron spine / AMPA glutamate receptor clustering / juxtaparanode region of axon / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / Trafficking of AMPA receptors / dendritic spine morphogenesis / negative regulation of receptor internalization / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / neuron projection terminus / RHO GTPases activate CIT / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / acetylcholine receptor binding / Neurexins and neuroligins / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / cortical cytoskeleton / Signaling by ERBB4 / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / locomotory exploration behavior / regulation of NMDA receptor activity / social behavior / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / 長期増強 / AMPA glutamate receptor complex / neuromuscular process controlling balance / excitatory synapse / D1 dopamine receptor binding / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / positive regulation of synaptic transmission / ionotropic glutamate receptor binding / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / dendrite cytoplasm / synaptic membrane / 学習 / PDZ domain binding / postsynaptic density membrane / 接着結合 / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / neuromuscular junction / establishment of protein localization / 細胞接着 / kinase binding / endocytic vesicle membrane / シナプス小胞 / 細胞結合 / nervous system development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / chemical synaptic transmission / RAF/MAP kinase cascade / scaffold protein binding / postsynaptic membrane / basolateral plasma membrane / protein phosphatase binding / protein-containing complex assembly / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / neuron projection / シナプス / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / 小胞体 / シグナル伝達 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Camara-Artigas, A. | |||||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019 タイトル: Conformational changes in the third PDZ domain of the neuronal postsynaptic density protein 95. 著者: Camara-Artigas, A. / Murciano-Calles, J. / Martinez, J.C. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6qjf.cif.gz | 225.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6qjf.ent.gz | 186.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6qjf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/6qjf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/6qjf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11130.517 Da / 分子数: 4 / 断片: PDZ domain / 変異: D332P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DLG4, PSD95 / プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P78352 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.65 % / Mosaicity: 0.09 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.16 M ammonium dihydrogenphosphate, 50 mM Tris, 20 % glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.96998 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月28日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.96998 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→19.622 Å / Num. obs: 53084 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 15.7 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3K82 解像度: 1.5→19.622 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 20.17 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.61 Å2 / Biso mean: 25.0008 Å2 / Biso min: 8.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→19.622 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
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