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- PDB-6q8i: Nterminal domain of human SMU1 in complex with human REDmid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q8i
タイトルNterminal domain of human SMU1 in complex with human REDmid
要素
  • (Protein Red) x 2
  • WD40 repeat-containing protein SMU1
キーワードSPLICING / Splicing factor / minimal RED-SMU1 complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to kinetochore / U2-type precatalytic spliceosome / precatalytic spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA splicing, via spliceosome / 紡錘体 / mitotic cell cycle ...protein localization to kinetochore / U2-type precatalytic spliceosome / precatalytic spliceosome / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / mRNA splicing, via spliceosome / 紡錘体 / mitotic cell cycle / 染色体 / nuclear speck / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Protein RED, C-terminal / RED-like, N-terminal / Protein Red-like / RED-like protein C-terminal region / RED-like protein N-terminal region / WD40 repeat-containing protein SMU1 / LisH-like dimerisation domain / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. ...Protein RED, C-terminal / RED-like, N-terminal / Protein Red-like / RED-like protein C-terminal region / RED-like protein N-terminal region / WD40 repeat-containing protein SMU1 / LisH-like dimerisation domain / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Red / WD40 repeat-containing protein SMU1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Tengo, L. / Le Corre, L. / Fournier, G. / Ashraf, U. / Busca, P. / Rameix-Welti, M.-A. / Gravier-Pelletier, C. / Ruigrok, R.W.H. / Jacob, Y. / Vidalain, P.-O. ...Tengo, L. / Le Corre, L. / Fournier, G. / Ashraf, U. / Busca, P. / Rameix-Welti, M.-A. / Gravier-Pelletier, C. / Ruigrok, R.W.H. / Jacob, Y. / Vidalain, P.-O. / Pietrancosta, N. / Naffakh, N. / McCarthy, A.A. / Crepin, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Destabilization of the human RED-SMU1 splicing complex as a basis for host-directed antiinfluenza strategy.
著者: Ashraf, U. / Tengo, L. / Le Corre, L. / Fournier, G. / Busca, P. / McCarthy, A.A. / Rameix-Welti, M.A. / Gravier-Pelletier, C. / Ruigrok, R.W.H. / Jacob, Y. / Vidalain, P.O. / Pietrancosta, N. ...著者: Ashraf, U. / Tengo, L. / Le Corre, L. / Fournier, G. / Busca, P. / McCarthy, A.A. / Rameix-Welti, M.A. / Gravier-Pelletier, C. / Ruigrok, R.W.H. / Jacob, Y. / Vidalain, P.O. / Pietrancosta, N. / Crepin, T. / Naffakh, N.
履歴
登録2018年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD40 repeat-containing protein SMU1
B: WD40 repeat-containing protein SMU1
C: Protein Red
D: Protein Red
E: WD40 repeat-containing protein SMU1
F: WD40 repeat-containing protein SMU1
G: Protein Red
H: Protein Red
I: WD40 repeat-containing protein SMU1
J: WD40 repeat-containing protein SMU1
K: Protein Red
L: Protein Red
M: WD40 repeat-containing protein SMU1
N: WD40 repeat-containing protein SMU1
O: Protein Red
P: Protein Red


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)986,93816
ポリマ－986,93816
非ポリマー00
水0
1
A: WD40 repeat-containing protein SMU1
B: WD40 repeat-containing protein SMU1
C: Protein Red
D: Protein Red


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,7304
ポリマ－246,7304
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9980 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area22800 Å2
手法PISA
2
E: WD40 repeat-containing protein SMU1
F: WD40 repeat-containing protein SMU1
G: Protein Red
H: Protein Red


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,7304
ポリマ－246,7304
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9590 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area22890 Å2
手法PISA
3
I: WD40 repeat-containing protein SMU1
J: WD40 repeat-containing protein SMU1
K: Protein Red
L: Protein Red


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,7474
ポリマ－246,7474
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9980 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area22910 Å2
手法PISA
4
M: WD40 repeat-containing protein SMU1
N: WD40 repeat-containing protein SMU1
O: Protein Red
P: Protein Red


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,7304
ポリマ－246,7304
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9280 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area23400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.983, 68.163, 145.296
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
WD40 repeat-containing protein SMU1 / Smu-1 suppressor of mec-8 and unc-52 protein homolog


分子量: 57673.797 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMU1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2TAY7
#2: タンパク質
Protein Red / Cytokine IK / IK factor / Protein RER


分子量: 65691.445 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IK, RED, RER / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13123
#3: タンパク質 Protein Red / Cytokine IK / IK factor / Protein RER


分子量: 65707.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IK, RED, RER / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13123

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.0-7.5, 8-10 % PEG 8K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→49 Å / Num. obs: 39441 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 74.61 Å2 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 3.17→3.25 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 2828 / Rrim(I) all: 1.146 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Q8F

6q8f


解像度: 3.17→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.869 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.502
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1940 4.92 %RANDOM
Rwork0.256 ---
obs0.257 39441 90.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 132.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--22.1794 Å20 Å25.0498 Å2
2--14.7258 Å20 Å2
3---7.4536 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.7 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.17→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13701 0 0 0 13701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00813902HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9818866HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4826SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes349HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1982HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13902HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.71
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.43
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1899SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15260SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 141 4.81 %
Rwork0.252 2789 -
all0.253 2930 -
obs--92.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.00262.35150.15289.17430.72381.42330.03640.1514-0.0681-0.0358-0.02630.49910.0625-0.3555-0.01010.87950.07-0.0530.2245-0.04490.0621-53.3897-4.973-54.2743
21.80790.97260.42852.36020.73813.137-0.1189-0.5588-0.30870.79120.2196-1.43210.20450.3378-0.10071.5320.1461-0.28170.37140.00950.6967-27.80068.2694-33.146
31.05413.1103-1.406111.00622.48150.2769-0.24010.22870.1893-0.11840.34280.48740.0098-0.0585-0.10271.15960.03110.08680.24810.07630.1826-40.647-0.1759-62.7712
47.2-4.2911.97541.6277-2.66727.0718-0.0318-0.6785-0.38380.13860.1347-0.2528-0.0122-0.1405-0.10290.83180.03310.09760.4369-0.06710.5208-45.636714.4685-33.8011
52.3998-2.23360.49398.6932-0.64470.3505-0.057-0.1587-0.00320.05710.1593-0.6157-0.13830.204-0.10220.8892-0.0580.00570.2754-0.02180.0735-53.629-29.1461-16.6707
63.0249-0.83381.34622.59662.64313.8195-0.41070.9509-0.0004-0.5888-0.13691.5323-0.1785-0.96360.54761.8268-0.4545-0.06821.00420.05820.7414-82.2232-15.0343-31.233
7-0.2866-1.2220.16088.0575-5.19651.3981-0.10470.0810.08330.47470.2497-0.0458-0.2302-0.0072-0.1451.297-0.16850.0440.4153-0.02060.3555-58.4407-18.9204-20.0286
86.36261.50092.41721.28362.72039.0152-0.08430.7011-0.4581-0.64780.15640.1918-0.26020.5981-0.07211.15340.04510.04670.30530.01410.4395-72.8727-14.6854-18.1579
91.25410.77030.87268.54661.88731.64770.0613-0.30790.17850.172-0.2270.6448-0.2387-0.41180.16570.773-0.0202-0.35850.56210.00690.6314-19.1291-13.83445.6285
103.7362-1.15014.66110.6052-0.61127.8758-0.33110.39160.1844-0.69590.1427-0.4049-0.89270.51930.18831.6383-0.2649-0.270.23760.07240.5662-25.3588-26.6005-27.6612
114.7538-0.6925-0.65095.51514.4992-0.7850.04490.2842-0.08070.2126-0.1152-0.2884-0.0585-0.20240.07031.15940.0266-0.47090.41890.06030.5503-5.5602-17.3243-2.8841
124.53780.751-0.56920.13741.14884.9847-0.1167-0.81320.21710.1947-0.1361-0.1598-0.7377-0.02020.25291.2847-0.1925-0.32590.3795-0.04360.4765-33.5482-32.0243-11.7456
136.5695-2.66022.48791.251-2.39583.8270.02170.55880.6786-0.07-0.0726-0.3829-0.01590.71320.05092.2578-0.1607-0.45111.3278-0.00941.3147-84.6557-38.6046-72.8165
144.71011.1624.42423.96031.15055.27480.2409-0.9464-0.24410.22520.3477-0.6876-0.0313-0.8466-0.58861.91590.1446-0.30870.9540.0711.4199-82.2035-51.3159-38.9829
153.4543-1.45874.53585.18870.26174.49920.2690.42380.3291-0.6186-0.5414-1.8232-0.384-0.21830.27241.79560.0298-0.30070.86-0.22331.6611-98.6319-41.0608-66.5164
16-0.72-1.53353.46065.92087.46525.43890.79680.4480.2887-1.5272-1.78040.3311-0.2255-1.08190.98362.3201-0.03-0.10451.3510.03190.9621-73.0982-57.291-53.7784
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|3 - A|189 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|3 - B|188 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|207 - C|257 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|211 - D|257 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|3 - E|188 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|3 - F|188 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|208 - G|257 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|211 - H|257 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|3 - I|188 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|2 - J|188 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|206 - K|257 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|211 - L|257 }
13X-RAY DIFFRACTION13{ M|3 - M|188 }
14X-RAY DIFFRACTION14{ N|3 - N|188 }
15X-RAY DIFFRACTION15{ O|207 - O|257 }
16X-RAY DIFFRACTION16{ P|211 - P|257 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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