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- PDB-6pzf: Crystal structure of human NA-63 Fab in complex with neuraminidas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pzf
タイトルCrystal structure of human NA-63 Fab in complex with neuraminidase from A/Hunan/02650/2016(H7N9)
要素
  • NA-63 Fab heavy chain
  • NA-63 Fab light chain
  • Neuraminidase
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / inhibition mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhu, X. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI117905 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201400024C 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Protection against H7N9 Influenza Virus by Human Anti-N9 Neuraminidase Antibodies.
著者: Xueyong Zhu / Hannah L Turner / Shanshan Lang / Ryan McBride / Sandhya Bangaru / Iuliia M Gilchuk / Wenli Yu / James C Paulson / James E Crowe / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
要旨: Influenza virus neuraminidase (NA) is a major target for small-molecule antiviral drugs. Antibodies targeting the NA surface antigen could also inhibit virus entry and egress to provide host ...Influenza virus neuraminidase (NA) is a major target for small-molecule antiviral drugs. Antibodies targeting the NA surface antigen could also inhibit virus entry and egress to provide host protection. However, our understanding of the nature and range of target epitopes is limited because of a lack of human antibody structures with influenza neuraminidase. Here, we describe crystal and cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of NAs from human-infecting avian H7N9 viruses in complex with five human anti-N9 antibodies, systematically defining several antigenic sites and antibody epitope footprints. These antibodies either fully or partially block the NA active site or bind to epitopes distant from the active site while still showing neuraminidase inhibition. The inhibition of antibodies to NAs was further analyzed by glycan array and solution-based NA activity assays. Together, these structural studies provide insights into protection by anti-NA antibodies and templates for the development of NA-based influenza virus vaccines and therapeutics.
履歴
登録2019年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Neuraminidase
A: Neuraminidase
E: NA-63 Fab light chain
F: NA-63 Fab heavy chain
L: NA-63 Fab light chain
H: NA-63 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,13717
ポリマ－184,0436
非ポリマー5,09411
水1,36976
1
B: Neuraminidase
E: NA-63 Fab light chain
F: NA-63 Fab heavy chain
ヘテロ分子

B: Neuraminidase
E: NA-63 Fab light chain
F: NA-63 Fab heavy chain
ヘテロ分子

B: Neuraminidase
E: NA-63 Fab light chain
F: NA-63 Fab heavy chain
ヘテロ分子

B: Neuraminidase
E: NA-63 Fab light chain
F: NA-63 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)378,69040
ポリマ－368,08612
非ポリマー10,60428
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area51010 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area117150 Å2
手法PISA
2
A: Neuraminidase
L: NA-63 Fab light chain
H: NA-63 Fab heavy chain
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
L: NA-63 Fab light chain
H: NA-63 Fab heavy chain
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
L: NA-63 Fab light chain
H: NA-63 Fab heavy chain
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
L: NA-63 Fab light chain
H: NA-63 Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)377,85828
ポリマ－368,08612
非ポリマー9,77216
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area48720 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area118520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.576, 164.576, 192.575
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

-
要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Neuraminidase


分子量: 43982.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Hunan/02650/2016(H7N9) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Hunan/02650/2016(H7N9)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: R4NFR6*PLUS, exo-alpha-sialidase

-
抗体 , 2種, 4分子 ELFH

#2: 抗体 NA-63 Fab light chain


分子量: 23547.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 NA-63 Fab heavy chain


分子量: 24491.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 , 3種, 5分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1883.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,11,10/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-j1_h2-i1_j2-k1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 82分子

#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M Tris pH 9.0, 10% glycerol, 10% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.8 Å / Num. obs: 63525 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 8.4 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2555 / CC1/2: 0.853 / Rpim(I) all: 0.35 / Rsym value: 0.98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L14, 5IT2, 5V7R

5l14

5it2

5v7r


解像度: 2.8→49.8 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 3291 5.18 %
Rwork0.2031 --
obs0.2055 63487 96.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12606 0 332 76 13014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00913315
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25218189
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9839286
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072052
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082289
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7963-2.83620.44951030.34071968X-RAY DIFFRACTION77
2.8362-2.87850.38621150.32052070X-RAY DIFFRACTION81
2.8785-2.92350.37291050.31662137X-RAY DIFFRACTION83
2.9235-2.97140.3824960.32562277X-RAY DIFFRACTION88
2.9714-3.02270.33311260.30422380X-RAY DIFFRACTION92
3.0227-3.07760.37211470.32012446X-RAY DIFFRACTION96
3.0776-3.13680.37181340.30812517X-RAY DIFFRACTION98
3.1368-3.20080.33551160.28092574X-RAY DIFFRACTION99
3.2008-3.27040.29781580.26772534X-RAY DIFFRACTION99
3.2704-3.34650.29671550.25822556X-RAY DIFFRACTION100
3.3465-3.43010.30631340.2452610X-RAY DIFFRACTION100
3.4301-3.52290.28021450.22342554X-RAY DIFFRACTION100
3.5229-3.62650.2641340.22032595X-RAY DIFFRACTION100
3.6265-3.74350.24631580.21932563X-RAY DIFFRACTION100
3.7435-3.87730.24261310.19542605X-RAY DIFFRACTION100
3.8773-4.03240.23931190.17662614X-RAY DIFFRACTION100
4.0324-4.21590.22441610.1662570X-RAY DIFFRACTION100
4.2159-4.4380.18861500.15212604X-RAY DIFFRACTION100
4.438-4.71590.17411530.14442611X-RAY DIFFRACTION100
4.7159-5.07960.1891580.14012597X-RAY DIFFRACTION100
5.0796-5.59020.23331440.15762641X-RAY DIFFRACTION100
5.5902-6.39770.21411370.17592656X-RAY DIFFRACTION100
6.3977-8.05490.2471520.18582694X-RAY DIFFRACTION100
8.0549-49.80760.21751600.18892823X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69440.1706-0.19411.1278-0.18611.538-0.0368-0.26140.15650.0757-0.10590.4526-0.1944-0.15410.18580.2486-0.01120.06440.3671-0.14270.742258.8963-0.988794.9821
20.7842-0.2633-0.97080.7124-0.64342.5108-0.1138-0.1551-0.2282-0.2562-0.07730.10230.1183-0.0360.25230.2309-0.01670.03070.3397-0.06110.765969.1582-10.877981.9494
30.585-0.1267-0.25770.9365-0.26981.1765-0.22620.05560.14270.04930.0221-0.16340.12950.05970.18420.284-0.03990.05670.2948-0.06280.712570.5765-10.003291.01
41.8679-1.06590.33981.05921.06583.7614-0.0307-0.0008-0.686-0.0197-0.09420.17170.1295-0.05220.07350.293-0.06010.17870.3299-0.0040.727669.9912-23.472994.3843
51.30070.26710.16521.54171.47433.46740.03870.123-0.24620.25960.1272-0.1550.4455-0.3412-0.0850.2681-0.06390.24590.4206-0.1310.870559.511-22.683894.593
61.89130.03410.77820.0676-0.35882.2777-0.13380.1382-0.24940.0424-0.30870.27560.4938-0.14210.32330.4349-0.15110.2370.4268-0.18910.968655.0501-26.231296.3484
73.78951.25251.02873.21980.53470.9151-0.06230.19250.00160.4844-0.2930.53520.474-0.6089-0.11620.2489-0.18570.17570.526-0.26461.009348.1705-16.222693.1538
81.32330.09791.36020.32750.67962.297-0.1865-0.1267-0.1947-0.0118-0.260.1993-0.04-0.34430.2170.2903-0.12490.16730.5815-0.29120.869842.5561-16.707392.354
91.45520.8378-0.01590.4573-0.21461.0915-0.21340.08570.12270.0282-0.08980.30080.2143-0.49360.23650.2815-0.03040.02560.4247-0.1840.772549.2212-7.124786.2534
102.6893-0.4868-1.60841.1011-0.12782.0495-0.14880.1924-0.072-0.133-0.21030.4709-0.1341-0.43470.32250.2384-0.0237-0.0220.34-0.14570.722857.43712.642180.8934
111.41370.4490.00891.19960.79221.0767-0.04050.3234-0.136-0.1150.1020.1091-0.0350.23990.03930.6435-0.01060.04910.48760.03220.40777.184-22.31275.3874
121.2508-0.68860.58991.5246-0.17430.89340.08250.274-0.0419-0.3182-0.00160.30050.0635-0.0205-0.16560.4715-0.0259-0.09460.5026-0.01320.225469.5001-10.373814.1419
131.1055-0.0557-0.31121.4713-1.06922.5691-0.05060.4539-0.2331-0.11070.22250.11370.294-0.0724-0.20190.5506-0.0537-0.14210.5342-0.04510.361255.8353-11.14837.1424
141.00050.39370.0551.9267-0.06630.8687-0.02150.3214-0.3122-0.24080.16490.30310.0184-0.1228-0.12730.6334-0.0892-0.16060.6115-0.06940.369556.5061-28.84986.4755
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202.84160.06331.35141.25690.92274.9485-0.064-0.75561.1178-0.3184-0.13710.1978-0.7715-0.22650.19960.5053-0.15820.04490.7906-0.20441.028516.4412-13.897166.7378
214.41291.30870.48165.67120.58143.03430.099-0.05990.7618-0.2673-0.41280.0226-0.0148-0.1790.26730.6531-0.0994-0.20560.60040.10560.63926.1481-30.163742.1825
224.4541.19531.56133.31260.6812.9537-0.20910.64160.7729-0.52650.08670.3684-0.31830.17210.15940.737-0.102-0.06010.66450.08690.55333.2794-28.406642.9014
236.90683.8381.45054.05090.58235.5339-0.68041.04430.6777-1.74050.14430.22250.05230.30790.50440.95330.0546-0.23511.10670.23480.85375.6144-27.047232.8925
242.12750.5421.25213.3068-0.27112.90970.2454-1.06650.1925-0.3199-0.17220.25840.8193-0.9072-0.07220.502-0.8915-0.0091.4207-0.22010.674919.7255-30.744579.9661
251.5630.62491.66520.71510.52161.85450.9701-0.8483-0.0413-0.0345-0.5261-0.15730.5956-0.4816-0.28920.5741-0.3938-0.06080.86640.02020.594115.4519-35.740261.8332
261.6352-0.9355-1.42171.2234-1.1867.92-0.4335-0.2829-0.3068-0.026-0.2847-0.12421.05250.5640.37680.97640.0747-0.02890.66550.07321.097559.6949-65.92831.1556
271.6324-0.6264-0.84182.8599-0.90163.5810.1908-0.3329-0.4049-0.0959-0.1151-0.0855-0.0393-0.1337-0.09850.5515-0.0535-0.27560.6386-0.02360.837559.405-54.90929.2031
282.86430.8943-1.53880.8108-0.60285.1186-0.031-0.5314-0.28360.0356-0.0637-0.22430.19420.33810.15050.65010.1235-0.20310.60720.10030.920361.0457-56.375432.682
291.3010.3882-2.0391.4950.72514.55340.0687-0.5596-0.38780.12070.2914-0.25850.40980.5759-0.19460.71020.0396-0.2840.9051-0.05360.868355.0739-60.779234.1628
301.54560.75910.3261.57270.22431.57050.1084-1.1445-1.42120.69140.10110.0540.76980.2874-0.05331.0985-0.0715-0.24871.02940.57811.28235.7096-65.698858.0589
310.6765-0.5467-0.31761.08261.72963.5351-0.0825-1.4149-1.56810.647-0.07140.29071.0499-0.1458-0.0411.6178-0.1799-0.53191.1950.60891.459936.2208-75.2257.1904
326.40571.9431-0.13352.65230.23112.30640.2541-0.3839-1.05860.34650.03560.07380.2443-0.0209-0.21440.97760.0789-0.17480.90060.34250.941638.9687-64.191953.1469
332.69680.00690.02451.77960.93791.85440.1164-1.0037-1.04450.83260.03070.37040.9685-1.1073-0.39111.4281-0.3556-0.21391.91741.06181.532234.233-71.901864.8263
341.79820.74670.1151.8725-0.54741.68360.2651-1.2614-0.67840.7971-0.0842-0.15030.1617-0.5482-0.26791.7939-0.1429-0.26171.46140.77441.060638.3682-65.913267.7284
351.9249-0.5863-1.01121.6312-1.4773.19840.0904-0.0291-0.0846-0.0180.32460.7968-0.2106-0.683-0.24290.6830.0446-0.20020.73550.06130.996833.4645-56.272425.7616
363.6611.0868-0.46342.8396-1.6124.7277-0.23260.2262-0.0294-0.1060.26990.67440.1657-0.5741-0.09390.6779-0.1182-0.22620.5654-0.02490.772642.1652-55.996517.3918
374.19940.26520.87210.8555-0.66455.8941-0.38730.65160.1346-0.7450.65371.35560.6997-1.3263-0.3760.7417-0.2004-0.27190.86530.16740.755236.4814-58.857118.1408
383.62792.8943-3.03585.3666-3.64879.7664-0.330.5070.4635-0.43250.77110.3593-0.1655-0.4732-0.42960.5243-0.0953-0.08550.6082-0.10150.735248.7541-50.433322.334
391.90790.17440.08320.96990.40182.9061-0.10620.0689-0.15880.6085-0.00060.02880.061-0.04070.20310.8177-0.0486-0.05710.56220.20390.713430.7701-60.146345.381
402.50580.2995-0.04642.27790.51272.04360.0845-0.2935-0.13890.56020.1837-0.2343-0.0384-0.4767-0.3760.82820.0686-0.21890.70320.23890.86130.3686-52.614951.1093
413.8967-0.07060.87153.6791-1.91073.35950.4822-0.24870.3305-0.30710.46280.7048-0.7241-0.7486-0.57210.8040.1573-0.13680.62370.1341.03122.8597-53.117551.3886
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 83:111 )B83 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 112:157 )B112 - 157
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 158:190 )B158 - 190
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 191:218 )B191 - 218
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 219:246 )B219 - 246
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 247:280 )B247 - 280
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 281:302 )B281 - 302
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 303:338 )B303 - 338
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 339:440 )B339 - 440
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 441:468 )B441 - 468
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 83:112 )A83 - 112
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 113:190 )A113 - 190
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 191:232 )A191 - 232
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 233:353 )A233 - 353
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN A AND RESID 354:468 )A354 - 468
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN E AND RESID 1:14 )E1 - 14
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN E AND RESID 15:38 )E15 - 38
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN E AND RESID 39:61 )E39 - 61
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN E AND RESID 62:90 )E62 - 90
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN E AND RESID 91:113 )E91 - 113
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN E AND RESID 114:150 )E114 - 150
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN E AND RESID 151:198 )E151 - 198
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN E AND RESID 199:214 )E199 - 214
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN F AND RESID 1:60 )F1 - 60
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN F AND RESID 61:228 )F61 - 228
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN L AND RESID 1:14 )L1 - 14
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN L AND RESID 15:61 )L15 - 61
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN L AND RESID 62:90 )L62 - 90
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN L AND RESID 91:113 )L91 - 113
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN L AND RESID 114:150 )L114 - 150
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN L AND RESID 151:163 )L151 - 163
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN L AND RESID 164:186 )L164 - 186
33X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN L AND RESID 187:198 )L187 - 198
34X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN L AND RESID 199:214 )L199 - 214
35X-RAY DIFFRACTION35( CHAIN H AND RESID 1:16 )H1 - 16
36X-RAY DIFFRACTION36( CHAIN H AND RESID 17:63 )H17 - 63
37X-RAY DIFFRACTION37( CHAIN H AND RESID 64:95 )H64 - 95
38X-RAY DIFFRACTION38( CHAIN H AND RESID 96:106 )H96 - 106
39X-RAY DIFFRACTION39( CHAIN H AND RESID 107:184 )H107 - 184
40X-RAY DIFFRACTION40( CHAIN H AND RESID 185:215 )H185 - 215
41X-RAY DIFFRACTION41( CHAIN H AND RESID 216:228 )H216 - 228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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